無論是計算機軟件專利還是軟件著作權，都屬於核心知識產權所保護的範疇。申請成功後都能拿到政府相應的補貼。但著作權和專利是兩種不同的知識產權形式，所以採用兩種不同的保護形式獲得的效果也會有所不同。
二者法律依據不同
軟件的著作權保護依據《著作權法》和《計算機軟件保護條例》。
軟件的專利保護依據《專利法》，具體審查標準參見國家知識產權局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發明專利申請審查若干問題”。
二者保護原則不同
軟件著作權是在軟件創作完成後自動產生的，也是自願進行軟件著作權登記，登記的目的是體現公證的效力，主要用於聲明著作權權屬，後續維權時的證據力度更大，是APP上架的必備品，如果申請高企還可享受最高30%稅收減免和最高200萬的政府補貼。
軟件專利則必須向專利局提出申請才能獲得保護，因此必須要積極申請，且專利制度也是以“用公開換保護”為原則。
保護期限和維護費用不同
軟件著作權保護期為作者終生及其死亡後50年，截止於作者死亡後第五十年的12月31日；
如果是合作開發的軟件，截止於最後死亡的作者死亡後第50年的12月31日。
法人及其它組織的作品，其法律規定的相關著作權的保護期為50年。
費用方面只會繳納前期的申請費，後續不會有維護的費用。
一般來說軟件專利是申請發明專利，保護期限從申請日起算20年。
而發明專利每年都需要繳納年費，過期不繳納即視為放棄專利權。
申請通過率不同
軟件著作權實行的是登記制，只要形式審查時提交的材料符合要求，並且不違反《著作權法》的規定即可獲權，登記通過率很高。
軟件專利需要經過形式審查和實際審查。一般純軟件型的專利不易獲權，通過軟硬件結合的方式會提高其授權率，但總得來說通過率相對要低。
下證週期不同
軟件著作權可以不用公開就受到保護，並且能夠讓創作者更快地獲得著作權保護，採用加急申請軟件著作權6~12工作日就可以拿到證書，而且是不成功全額退款的。這樣的時效性能夠幫助著作權人快速搶佔市場，拿到政府相應的資助。
軟件專利是以公開換保護，發明專利申請時間是1~2年，一般不能採取加急形式。 而軟件的進步迭代相對來說是較快的，所以在申請的過程中的有可能就會錯過軟件市場。
軟件專利和軟件著作權並不是水火不容的關係，相反，其實是相輔相成的。對一個軟件系統最好的知識產權其實是搭建起全套的知識產權保護體系，用專利保護想法、軟著保護代碼、商標保護名字、版權保護LOGO，這樣的保護才能全方位的保護軟件權利，帶來更長遠的經濟效益！
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