自從蒙元滅宋以來，對於蒙元的正統地位問題，歷來爭議不斷。作為中國歷史上最後一個漢人正統王朝，明朝人對於前朝蒙元的看法，也經歷一個從肯定到否定的轉變過程。
明太祖朱元璋
明朝初年，對於蒙元王朝的正統地位，無論官方還是民間都是給予肯定的。在洪武元年正月頒佈的《 即位詔 》中，明朝官方表明了對前朝正統地位的認可："朕惟中國之君，自宋運既終，天命真人於沙漠，入中國為天下主，傳及子孫，百有餘年。"將元世祖稱為"天命真人"，無異於承認其政權擁有"天命"，具有正統性。此外，明太祖下令編修《元史》，將元朝列為正統，並在洪武六年將元世祖入祀歷代帝王廟，地位與唐太宗宋太祖等相等，也是明朝初年官方承認元朝正統地位的明確表現。特別是成書於洪武初年的官修《元史》， 完全是將蒙元當作中國歷史上的正統王朝來看待，該書不僅承認元世祖建立的元朝的正統地位，甚至將其正統性上溯到了成吉思汗建立的大蒙古國，首卷即為《太祖紀》。
在民間，初刻於宣德七年《資治通鑑節要續編》， 是明朝前期最為流行的一 部歷史教科書，該書序言就明言："以宋為統，遼金分書之，元則直續宋統。"此書主張元承宋統的正統譜系，與明初官方的蒙元史觀是吻合的。
明初之所以認可蒙元的正統地位，是因為明初的正統觀看重的是"混一寰宇"的"大一統"，對於統治者奪取政權的方式和民族身份並不關注。但是，到了明中後期，主流的正統觀則開始強調華夷之辨，強調正統的"正"。
這一思潮起源於明初的名臣方孝孺。他在《釋統 》一文中寫道："取之不以正，使全有天下，亦不可為正；夷狄而僭中國，治如苻堅，亦不可繼統矣。"根據此"夷狄不得為正統"的理論，方孝孺否定了蒙元的正統地位，但當時他的主張並不受人待見，被普遍嘲笑。
方孝儒
土木堡之變後，明朝人的民族情緒開始高漲，對於華夷之辨日益重視，方孝孺的主張漸漸成為了主流觀點。成化年間，丘濬作《世史正綱》， 明確表示繼承方孝孺的觀點，否定元朝正統，聲稱要"嚴內夏外夷之限，以為萬世大防，故以《世史》為名。" 在該書之中，有一段對遼朝耶律德光的論述，很能表現出該書的正統觀念。作者說"後代的人們，在議論元朝時，總是以元朝曾經統一中國為由，就把它與漢唐並列為正統，這是什麼歪理邪說？耶律德光也曾經佔領過中原一段時間，忽必烈與他，都是同樣的夷狄，只不過佔據的地盤大小不同而已，僅因為地盤大小的不同，就論定一個算正統，一個算非正統，這不是以功利的角度去論斷是非嗎？這樣的觀念豈能符合春秋大義？"
不過，在成化年間的官方史書中，雖然開始有了華夷之辨的觀念，但只是比《元史》的立場後退了一步，並未徹底否認元朝正統。當時的官方史書，認為宋朝滅亡之前的元朝不是正統，宋亡之後的元朝才是正統。因此在宋亡之前都以宋年號紀年，直到宋朝滅亡後，才以元朝年號紀年。
明朝人對於蒙元正統性看法的根本轉變，是嘉靖年間的事情。嘉靖皇帝下令將元世祖像從歷代帝王廟中移走搗毀，將配祀孔廟的元朝大儒吳澄等以"大節有虧"名義逐出，又下詔重修元史，雖未修成，已經昭示了官方態度的徹底轉變。成書於嘉靖二十五年的王洙《宋史質》， 則是最能代表當時士人徹底否定蒙元正統態度的一部史書。作者主張"胡元者，趙宋之閏位"，書中將元朝國號、年號、皇帝諡號等全部削去不表，對於元朝皇帝直呼其名，不稱皇帝，表示這是為了"辯人類而明天道也。"為了徹底否定蒙元正統，王洙還直接以明統繼宋，追尊明太祖之高祖為德祖元皇帝，在南宋少帝之後繼為正統，將宋明之間的元朝徹底抹去。
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