公元1392年，大明王朝皇太子朱標病逝，朱允炆被立為皇長孫。朱允炆自小就熟讀詩書，跟隨在身邊的文人志士也都是懷著理想主義的人物。性情同其父親一般溫順，心胸大度，寬懷對人。朱元璋死後，朱允炆在南京即位，當時他只有二十一歲。而關於建文帝朱允炆的進一步詳細的情況已經沒有可信的資料。他在位時國內發展狀況也已經無從考證，因為建文帝時期的檔案已經全部被毀。
建文帝朱允炆有三位心腹，他們分別是黃子澄、齊泰與方孝孺。這三位儒家師傅傾心輔佐建文帝從政。黃子澄在當時備受尊敬，於明太祖在位時就已經擔任過數職，現在被朱允炆封為翰林學士。齊泰對經書大有研究，被建文帝封為兵部尚書並參與國政。方孝孺是有名的思想家與文學家，不像其他幾位那樣那麼早進入官場，大器晚成能夠形容他的一生。
建文帝朱允炆最後的結局是撲朔迷離的。燕王起兵叛亂，那時南京城內皇宮大院大火瀰漫，而幾具燒焦的屍體已經無法辨認，有太監說是皇帝，皇后等人的遺骸。但建文帝最後到底是生是死沒有人知道。
建文帝皇后姓馬，死於朱棣發動的“靖難之役”。建文帝的馬皇后名為恩惠。公元1396年，馬氏為朱允炆生下了長子朱文奎。同年十月份，馬氏被封為皇太孫妃。
公元1402年，建文帝朱允炆的皇叔朱棣以“清君側”為名，率兵攻入南京。攻入南京之時，朱允炆已經下令放火火燒皇宮，之後建文帝下落不明，而建文帝皇后馬氏則自焚而死。因為馬皇后之死是在“靖難之變”中發生，正是這個特殊的背景，所以後世歷代史料中都很少提到馬皇后的事情。而有關馬皇后的事蹟是從《明史·后妃傳》、《諸王傳》及《罪惟錄》等書中的隻言片語中提煉出來，因此馬皇后的身影才一步步被揭開。
當時燕王朱棣進入南京之後，搜索宮殿三天三夜，目的就是要找到建文帝的屍體。宮人最終從灰燼中扒出一具屍體，這具屍體面目全非，連是男是女也分不清，就連朱棣本人也禁不住流下同情的淚水。然而這具屍體是真的是建文帝嗎？這具屍體的真實身份是建文帝皇后馬氏。在這場骨肉相殘的戰亂中，建文帝馬皇后成了明朝第一個殉國的皇后，而其他妃嬪不是被燕王殺死就是葬身火海，很少有人逃出宮。因此能夠在史冊記載的名列中只有皇后馬氏一人。
靖難之變之後，朱棣成了明成祖，然而建文帝朱允炆卻下落不明。那麼建文帝留下了後代了嗎？史書記載建文帝朱允炆實際上有兩個兒子，長子名為朱文奎，次子名為朱文圭。
朱文奎出生之後，朱元璋說：“日月皆終，大凶之象。”於是朱文奎很不討朱元璋的喜歡。建文元年時，朱文奎被立為皇太子。建文四年，朱棣叛亂舉兵進攻南京之後，建文帝不知去向，而建文帝的兒子朱文奎也一起消失不見，很有可能是建文帝帶著朱文奎一起逃跑了。
朱文圭是朱允炆的第二個兒子。當時朱棣實行“清君側”，率領軍隊攻破南京時，朱文圭只有兩歲，後來明成祖將其長期關在廣安宮內。明英宗復辟之後，不忍心再將建庶人（朱文圭）幽禁，於是想要將其釋放。明英宗當天就奏明太后，但是明英宗身邊的人害怕建庶人出來會有變故，但明英宗表示一切看天命。於是英宗下令讓建庶人住在鳳陽修建好的房屋裡，還給建庶人娶妻生子。這一舉動是明英宗的明智之舉，太監到鳳陽宮告訴建庶人，建庶人聽後非常高興。朱文圭被放出來的時候已經五六十歲了，因為他自小就被幽閉在宮中，沒有與外部接觸導致他連牛馬也不認識，實際上跟一個小孩子差不多。不久以後，朱文圭便逝世了。
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