Endnote 作為撰寫 SCI 論文的必備工具，在實際使用中還會有一些問題出現，並且相當使人抓狂，現將常見的問題及解決方法說明如下。
安裝及使用常見問題
1. 安裝版本問題。安裝版本問題（Windows-Office-EndNote）。最新版Endnote X8 只能安裝在 windows 7 以上，XP 不支持。Word 2016 只能關聯 X8。EndNote X7 可以關聯 Word 2010, Word 2013，EndNote X5 只能關聯 Word 2010。
建議 X8-Word 2016/2013 或 X7-Word 2013 或X5-Word 2010，X5 與 X7，X8 會有版本兼容問題而導致顯示不正常。
目前推薦 X7-Word 2013 組合，功能夠用強大,是最常見的配製工。但 X5-Word 2010 速度更快，配置低的電腦建議使用。
2. 與 Word關聯問題。一般安裝馬上完成時，會有提示是否對Word進行配置，選擇是，一般都會成功，安裝好後 Word中會出現工具條（圖 1）。沒有出現該工具條時，在相應安裝目錄下（C:\Program Files\EndNote X7，或者 C:\Program Files （x86）\EndNote X7）找到」Configure EndNote.exe」文件並且雙擊。
慢著！在運行程序之前，務必關閉Word，並且相應 Windows 帳號要有管理員權限。
有些單位帳號使用權限不足而導致關聯Word失敗，只能與計算機管理員聯繫。
還有一些情況，已經出現 Endnote X7 工具條，但點擊後出現「沒有註冊的類」的提示，也屬於沒有配置成功，重新運行配置程序還是無法解決時，只要先運行 Endnote，再在Word 中點擊 Endnote X7，就可以了，只是多了一個步驟。
3. Endnote 庫的問題。安裝好後新建一個庫，這個庫的文件名自己取，把它保存到方便找到的盤和目錄。
【敲黑板！重點！】這個庫包括名稱相同的一個文件和一個文件夾（圖 2），這兩個你必須同時拷貝，放在 U 盤隨身攜帶，只要在安裝有 Endnote 的電腦上，打開「自己取名字.enl」，裡面包含你所有的文獻。
注：網上還有 Endnote X7 綠色免安裝版，放 U 盤裡，配合自己的文獻庫，移動辦公那就一個爽字。
4. 建立 Group 的問題。每個作者不止一篇論文，那麼可以建立不同的 Group，對應一篇論文，把所有這篇論文相關的文獻全部放在這個 Group 裡面，方便管理，相當於 Windows 的一個文件夾，所有的 Groups 全部在上面的「自己取名字.enl」和「自己取名字.Data」這兩個之中。
另外，點擊工具欄上的圖標（圖 3 粗箭頭），使你自己的 Group 和在線搜索同時出現在左側欄中，在 pubmed 上搜索到的文獻，可以直接拖到相應的 Group 中。
建議大家不要在 Endnote 裡用關鍵詞搜索 pubmed 文獻，因為沒有 pubmed 那麼智能，經常發生搜索不到或結果與 pubmed 不符合的情況。
在 Pubmed 檢索出的文獻較多時，按照黃小兵的方法在 pubmed 上導出，再在 Endnote 導入，少量或單個文獻可在 pubmed 上查到 PMID，再在 Endnote 裡在線搜索 PMID，這個是 pubmed 文獻身份證，唯一代碼，一查一個準。
性能提升秘籍，增加實用性
1. 寫 SCI 文獻，一般不會少於 20 篇參考文獻，我們在插入文獻或者修改論文時，必然伴隨著文獻在論文中順序的改變，每次改動就會出現如此畫風（圖 X）。這個等待時間隨著插入文獻數的增加而增加，此時電腦進入假死狀態，相當使人抓狂，如果你沒耐心而亂點鼠標，企圖妄想加快速度，Duang，就會變成真死機，Word文檔被破壞，如果還沒有保存，那就要徹底爆走了。
想解決這個問題，第一種方法是關閉即時格式化（圖Y），第二種方法詳見可參考EndNote 標註不這麼做，導師修改時怕是要氣哭
2. 關於參考文獻格式的修改，想補充一點以進一步提升性能。Endnote 所有文獻格式文件均放在 C:\Program Files\EndNote X7\Styles（或 C:\Program Files （x86）\EndNote X7\Styles）目錄下。
常規有近 6 000 個格式文件，在選擇時會有比較長的讀取等待時間，老機器又會造成假死機，建議把這個目錄裡的文件全部移出到備份目錄，僅留下需要用的格式文件，本人留下的是 Numberd.ens，就是圖 4a 中的風格，這個格式最常見。
需要另外格式時，查看雜誌社網站，均會有說明用哪種格式，找到對應文件，拷貝到 Styles 目錄中，再在 Endnote 中選擇就 OK 了，如果要作少量修改，可以點擊 Edit - Output Style – Edit 「…」（圖 7），修改後的格式文件也放在這個目錄裡，你可以拷貝出來，放 U 盤隨身攜帶。這些工作都可以在論文全部完成後集中進行，以免寫作時分心。
3. 歐洲雜誌投稿時要求把表圖都放在論文的最後，作為附錄形式，那麼插入的參考文獻就在所有的圖表後面了，而我們想把參考文獻放在論文文本的最後面，但是要在附錄圖表之前。
這個問題 Endnote 配合Word完美解決。我們只需要在Word表圖附錄的第一頁開頭位置插入一個分節符號（圖 8a）， 再在 Endnote 中編輯相應的格式文件，點擊 sections（分節設置）（圖 7），選擇其中的 「Create a bibliography for each section」（圖 8b），這樣 Endnote 就會把參考文獻插入在分節符的前面那一頁的最後，即表圖附錄的前面。
分節同樣特別適合於編撰書籍，因為每一個章節最後都要附上參考文獻。
4.【敲黑板！重點！】論文中插入文獻之前必須去除重複文獻，最好在導入文獻庫後馬上進行，在菜單中選擇 references – find duplicates，會自動查找重複的文獻，彈出對話框，選擇保留其中一個。
一般選擇「#數字」小的那個，因為那是最早加入的文獻，很有可能已經被引用，把它刪除就會出現錯誤。如果沒有去除文獻，很容易出現問題，即同一篇當成兩篇不同的文獻在論文不同位置被引用，最後的參考文獻列表中出現兩篇相同的文獻。這種低級錯誤投稿時必須避免。
經驗總結
1. Windows-Office-EndNote 三者之間版本要匹配。
2. 建立兩者有效的關聯。
3. 保管好庫（一個文件 ：XXX.enl；一個文件夾：XXX.Data），同時放 U 盤實現移動辦公。
4. 保管好自己的格式文件（XXX.ens），放 U 盤實現移動辦公。
5. 給每一篇論文建立一個不同的 Group。
6. 去除重複文獻。
7. 選擇兩項功能，更改後臺符號，提升效率，節省時間，消滅當機。
8. 利用Word分節符號，更改參考文獻插入位置。
9. 看完以上內容，導師在喊你回去做實驗啦。
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