馬皇后在影視劇中給人的印象十分深刻，在大明王朝的歷史上也十分著名。在朱元璋還沒有當皇帝前，她跟隨朱元璋南征北戰，得到了朱元璋的喜愛。後來，被封為皇后，馬皇后出身並不算高貴，但是他的養父卻十分有名，是元末明初著名的農民起義軍領袖郭子興。後來朱元璋投靠了郭子興的農民軍。在投軍後，他的勇猛機智，屢建戰功受到了郭子興的賞識。於是決定把自己的養女嫁給朱元璋，結婚後，兩人感情深厚。馬氏也成了朱元璋身邊的賢內助。
據記載，在朱元璋還未稱帝前，馬皇后曾經幾次救了她的丈夫。有次，朱元璋被郭子興關禁閉，禁止有人給他送食物。馬皇后知道後偷偷給朱元璋做了燒餅，但因為被義母撞見而把餅藏在懷裡，等拿出時胸上的肉已經被燙焦。義母深受感動，幫她勸郭子興才釋放了朱元璋。此外還有傳聞，朱元璋有次戰敗受傷，也是馬皇后揹著她逃跑才能活命。
朱元璋當上皇帝后，把馬氏封為皇后，她的賢名越加為人所知。馬皇后在宮內，一方面繼續親自照料皇帝飯食，寬待每一位皇子。另一方面，為了不給朱元璋添加煩事，對他的妃子也悉心關照，對宮女也寬厚仁慈。
有一次，一位宮女惹惱了朱元璋，朱元璋十分生氣，對宮女大聲責備。馬皇后知道後，表面上順從皇帝的意思，要嚴懲這個宮女，但她又對朱元璋說道：“作帝王的不因喜怒而隨意的賞罰。”讓朱元璋十分受用。
馬皇后被後世稱讚最多的就是賢與慈。她成為皇后仍然未忘過去勤儉和樸素的美德，帶著後宮的公主和嬪妃粗茶淡飯、縫補舊衣。雖然身處皇宮，馬皇后也十分關係百姓生活，她時常為朱元璋出謀劃策，建議他減輕刑罰、重用人才，是丈夫的賢內助。因此，朱元璋和她的感情一直極好，沒有因為當上了皇帝有了嬪妃而減少。
馬皇后因病逝世，而且她在病重時一直不肯就醫和吃藥。1382年，馬皇后在睡覺時突然得病而且很嚴重。她是朱元璋的原配妻子，與他同甘共苦幾十年，兩人感情一直極好。所以，得知皇后生病的消息後，朱元璋十分著急，命令太醫一定要治好她，然而馬皇后就是不肯吃藥，朱元璋強迫。此後不久，馬皇后在病痛中去世。馬皇后解釋不服藥的理由時，說，死生有命，她如果真的要死即使扁鵲在世也救不活她。如果她服下太醫開的藥但是沒有好轉，她知道皇帝一定會怪罪太醫甚至殺了他們。不忍心太醫為自己無辜而死，所以她寧願自己病死。
從她不服藥的故事可知，馬皇后的病的確非常嚴重，她自知時日無多，知道太醫不可能救得了她。此外，馬皇后的內心慈愛，所以她死後的諡號裡除了“孝”，還有一個“慈”字。在朱元璋還在起義時，她勸朱元璋戰爭歸戰爭，不要擾民，更不要濫殺無辜;身為皇后，更是多次勸阻做事衝動的朱元璋，因她減免刑罰的人許多，既有軍人、官員，也有平民百姓。據說，朱元璋曾經讓重刑犯來修築城牆，他們也是因馬皇后的善良才得以全部赦免。馬皇后是中國歷史上著名的皇后之一，不僅是皇帝的賢內助也是天下百姓的國母。死前不服藥對於母儀天下的馬皇后而已只是一件小事而已，不過對於朱元璋而言則要大得多，因為他失去了摯愛。
1382年，馬皇后病逝，享年51歲，此後悲痛的明太祖朱元璋不再立後。馬皇后因病而死的，具體所患何病史書上沒有記載，只說是她在睡覺時得病，不過記載了她從患病到去世的故事。知道馬皇后得病後，一直和她感情甚篤的朱元璋就想要找太醫為她醫治，而朝廷大臣也感念平日母儀天下的馬皇后所以他們請求來一場祭祀為她祈福。然而知道自己時日無多的馬皇后卻毅然拒絕了，理由是祭祀和醫生都不能續命，而且如果太醫沒治好她會被皇帝降罪。等到病重時，朱元璋問她的遺願是什麼，馬皇后直到最後還是在勸告朱元璋，她希望朱元璋可以選賢任能，虛心納諫。
馬皇后死後，諡號為孝慈皇后，後來又被兩次上尊諡號。她被安葬於孝陵，也就是現在聞名於世的明孝陵。孝陵據說就是以馬皇后的諡號為名，而且根據朱元璋的要求，它就是按照兩人的合葬陵墓來設計，所以朱元璋死後也被安葬於此。明孝陵在馬皇后死的前一年才剛剛開始修建，在朱元璋安葬入內時仍然沒有完全建成，最後共歷時25年才真正建成。正是因為安葬的是開國皇帝和他唯一的皇后，所以明孝陵不止是建造時間長，它建造的規模和水平都是極高的，因此它也被被列為了世界文化遺產。明孝陵得以建造得如此完美，這都是因為在馬皇后死後朱元璋在他倆的陵墓上，不惜人力物力，花費了許多的心思。
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