國史君（國史通論）認為，說秦始皇完全沒有坑儒也是不對的。引發坑儒事件的主要責任人是欺騙秦始皇后又逃逸的術士韓終、以尋找不老藥為藉口花費秦始皇大量錢財的徐市（即徐福）、被秦始皇“尊賜甚厚”卻誹謗秦始皇而後逃跑的術士侯生和盧生。的確，這幾個肇事逃逸的，都是術士；讓秦始皇震怒的也是術士。但是他沒有坑儒嗎——未必！
就在秦始皇欽定包含四百六十人的大清洗名單，並且“坑之咸陽，使天下知”之後，秦始皇的長子公子扶蘇給秦始皇說了這些話：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之”。很明顯，秦始皇是因受術士欺騙、玩弄而震怒，但是他殺的人肯定包括儒生，甚至儒生佔據的比例很大。所以公子扶蘇才會說現在天下初定，屠殺並且向全天下宣佈屠殺“誦法孔子”的儒生，對國家的統治是不利的。
歷史學家范文瀾先生在《中國通史》中寫到，儒家荀子學派和法家學派早就與孔孟正統學派展開鬥爭，在秦朝建立之初，正統儒家在朝廷是有一定地位的，比如丞相王綰就是孔孟學派，但是他後來輸給了荀子學派和法家學派。荀子本是儒家，但是他在孔孟的基礎上進一步發展，主張“性惡論”，強調後天環境對人的影響。他的徒弟韓非和李斯正是在他的引導下，成為徹底的法家。
范文瀾先生認為，正統儒家的失敗，是因為他們師古復古的觀念在秦朝是非常不合時宜的，在天下初定之後，丞相王綰等人認為六國剛剛覆滅，其中燕國、齊國、楚國離政治中心咸陽都太遠了，不如分封皇子為諸侯王，鎮守這些地方。秦始皇把這件事交給群臣商議，“群臣皆以為便”，唯獨李斯認為戰國持續幾百年的戰爭，不正是因為周文王施行了分封制嗎？只有施行郡縣制才能保證國家長治久安，秦始皇聽取了李斯的建議。
除了分封制，儒家誦詩書，主張恢復三代的政治體制，這都與秦朝幾百年的政治理念完全不同。詩書都是歌頌的歷代君王，當然包括六國的明君，秦始皇不能容忍。《尚書》歌頌聖王的治國理念，自認為“功高三皇，德邁五帝”的秦始皇不能容忍。儒家“子議父，臣議君”，秦始皇也不能容忍。
所以，秦始皇與孔孟學派的儒家積怨已久，坑儒事件的確是由方士引發，但是被殺的四百六十人中，儒生佔據的比例一定非常大，說秦始皇坑儒，並沒有冤枉他。
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