基因拼寫的錯誤、結構的變異、包含大塊染色體的DNA的大規模重排，可以干擾到調節細胞生長的平衡機制;沉默的基因被大量激活並形成突變蛋白及其它原因導致細胞無限制地生長，這是癌症最顯著的標誌。
最近，冷泉港實驗室(CSHL)的科學家在《基因組研究》上發表了有關癌細胞基因組結構變異的最詳細的圖解。該圖顯示了大約20,000個變異結構，由於長期流行的基因組測序方法的技術限制，其中只有很少的變異結構被人注意到。
該團隊使用所謂的長讀序列技術讀取癌細胞的基因組。與舊的短讀技術相比，該技術可以讀取更長的DNA片段。
當使用該團隊最近發佈的兩個複雜的軟件包解釋結果時，有兩個優點是顯而易見的：長讀序列在信息和內容表現方面都更豐富。例如，它可以更好地理解DNA字母的重複序列，這種重複序列遍佈基因組，部分是在更大的物質環境中才能觀察到的。
該團隊通過使用它來讀取源自稱為SK-BR-3的細胞系的細胞基因組，展示了長讀技術的強大功能。 SK-BR-3是具有HER2基因變異(有時也稱為ERBB2)乳腺癌細胞的一個重要模型。大約20%的乳腺癌是“HER2陽性”，這意味著它們會過量產生HER2蛋白。這些癌症往往是最具攻擊性的癌症之一。
“我們在這個細胞系中發現的20,000個變種中的大多數都被短讀序列所遺漏，”一位研究員Maria Nattestad博士說。 “特別有意思的是，我們在HER2基因周圍發現了一系列高度複雜的DNA變異。”
在他們的分析中，該團隊將長讀序列的結果與另一種實驗的結果相結合，該實驗讀取由激活基因產生的信息或轉錄本。這個更全面的圖片非常詳細地描述了結構變異如何破壞癌細胞中的基因組並揭示癌細胞如何快速衍變。
另一位研究人員Schatz表示：“使用最好的技術繼續建立變異癌細胞類型目錄至關重要。長讀序列是捕獲結構變異複雜性的寶貴工具，因此我們期望隨著測序成本的進一步下降能將其廣泛應用於研究和臨床實踐。”
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