特殊的理論體系——混元氣理論
混元氣理論完人智能科學的理論基礎，它是在古典氣功理論的基礎上，結合現代科學知識而創立起來的。
這個理論異於目前各家氣功理論。
混元氣是由物質的形(質量)、氣(能量)、質(信息)混合而成，標誌著事物整體根本特性的一種無形無象的特殊物態。一切物質都有各自的混元氣，不同物質層次有著不同層次的混元氣。
完人智能科學主要練人體混元氣與大自然最根本的混元氣。大自然最根本的混元氣產生於太極將要化生陰陽而尚未化生的一剎那，是宇宙中有區分的各種物質未生成之前那個層次的混元氣，陰陽、五行、八卦、萬事萬物這些層次的物質皆由它而化生。它充斥於整個宇宙，無所不在，可以成為人體取之不盡、用之不竭的混元氣原料。
人體混元氣可比附於現代科學所指的生命力，它由人的先天氣和後天氣混合而成。
人的先天氣來源於父精母卵將要形成受精卵一剎那所產生的混元氣，後天氣則是人生下來後向外界攝取的氣(包括凝聚於食物中的氣)，二者混成並隨著生命活動的發展逐漸形成人體混元氣。人體混元氣具有受意念支配、意動則氣動的特點。因此，通過練智能氣功，人的意念可以調動大自然最根本的混元氣，收為己用，加工成為人體混元氣。人體混元氣充足，各個部分之功能就能正常發展，就能祛病健身、開發智慧。
我國眾多之氣功門派蓋由於功理不同而形成。
立論不同，功法也就各異。有立論於陰陽的，以陰陽為綱，平調人體陰陽，則可祛病健身。有立論於三才的，三才在人體為精、氣、神，人是由精、氣、神組成的整體，道家一兩千年實踐證明，練精、氣、神乃十分有效之養生法。有立論於五行的，五行在人體為五臟，五臟功能正常，身體便可以健康。有立論於八卦的，八卦在人體為奇經八脈，奇經八脈直接關係人體經絡氣血之流行，還可調節十二經脈，奇經八脈練好了，人也就健康了。稍再複雜者有從十二經脈來立論，根據不同經絡特性安排不同練功方法，使之有效地加強各條經絡的作用。更為複雜者，則立論於萬事萬物層次，針對不同疾病練不同功法，治療之針對性非常強。從立論於陰陽層次至立論於不同疾病層次，其理法一個比一個複雜而具體。
完人智能科學立論於陰陽未判、一氣混元這個層次，這個層次的混元氣是最根本的混元氣，對事物無需區分，直指根本，理法甚為簡單。
由於這一層次的混元氣可以化生陰陽、五行、八卦、萬事萬物等各層次的混元氣，而不受這些層次的物質規律支配，故治病毋需辨證施功、辨證施治，不用考慮人體陰陽、臟腑、經絡氣血狀況，根據“正氣存內，邪不可幹”的道理，和混元氣“聚則成形、散則成氣”的特點，只要按功法練，把大自然最根本的混元氣聚收於體內，混元氣在體內就可以自行調節陰陽、臟腑和經絡氣血平衡。陰虛則補陰，陽虛則補陽，哪一臟腑、經絡氣不足便自行去調節補充。因此，不論什麼病，均可使其轉化為正常。各家功法立論於不同物質層次所起的作用，或可以大樹為喻。樹木之茂盛與枯敗無不表現於其枝葉，立論於萬事萬物層次可喻為針對樹葉生長狀況而治理；立論於陰陽、五行、八卦層次可喻為著眼於樹之大小、樹枝之生長；立論於“陰陽未判”的混元氣層次可喻為著眼於樹之主幹，主幹茁壯，枝葉自茂。立論不同，各有千秋。切不可以智能氣功之理去衡量別家功法之優劣，亦不能以別家功理來解釋完人智能科學。完人智能科學之特點是簡單而直指根本，如果把陰陽、五行等理論摻合於完人智能科學，便背離了完人智能科學的根本理論了。
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