西南聯大期間，北大實力居中卻一直鬧獨立，清華校長的做法真贊
抗日戰爭爆發之前，梅貽琦已把清華管理得越來越好看，戰爭爆發後，不少北方的名校迫於無奈南遷聯合辦學，由清華、北大、南開三所大學臨時組合而成的西南聯大就此應運而生，然而聯合辦學又談何容易。
1937年夏天，清華正值暑假，然而校園內仍有200多位師生留校，7月7日，這些留校師生聽到了轟隆隆的炮聲，不久北平淪陷，學生老師開始流亡。早在一二九運動之後，清華大學是對戰局有著清醒認識的學校之一，當時梅貽琦跟教授開會共同討論如何應對，在會議上梅貽琦果斷的決定，停建了幾個大的建設項目，提出了把省下的建設款轉而投入湖南，所以後來戰爭爆發以後，清華才有錢搬遷到長沙。在長沙，清華大學，北京大學，南開大學三校聯合組成了長沙臨時大學，在大災難來臨的時候，三個學校的師生齊心協力，艱難的度過了一個學期，然而時局又發生了變化，南京淪陷，武昌告急，這所聯合大學之後前往昆明。
西南聯大是由三所大學聯合在一起的。而管理西南聯大的困難不只在於當時的國難，還在於學校的聯合。作為南開的第一批學生，張伯苓也曾經是梅貽琦的老師，梅貽琦與南開大學有著親密的關係，當時北大的校長蔣夢麟，無論在社會地位還是政治地位上，都在梅貽琦之上，雖然蔣校長對聯大的事務抱著“不管即是管”的超脫的態度，但要想維繫大局也不是一件簡單的事。
對比三個大學的師資，學生、資金和學科設備，清華位居首位，其次是北大，南開最弱當，因此當時就有一些清華的學生認為，從世俗的眼光來看，這次聯合對清華是不利的，而北大的一些自恃最高學府的學生和教授，也很難接受邊緣化的領導，甚至在建校的一開始就有北大師生髮出獨立的口號。
1940年日軍大舉侵入越南，昆明陷入危機，政府下令西南聯大遷徙到四川，就在去與留的爭執中，分校的呼聲也越來越強烈。實際上，北大要求獨立，並非由於傳統的自尊，而是基於很多實際的利益，比如經費的問題，面對種種矛盾，1941年3月，梅貽琦在清華校務會議後決定“讓售北大3000元美金”，並且在會議上規定了兩個原則，第一，如果北大堅持分校，預算就按照三校分配，清華將對北大負全部的責任，第二，如果清華向西南聯大撥出80萬應急費用，那麼西南聯大多出了80萬，將作為補助給各校人員的費用，清華也應該按照比例得到相同的費用。
很快，教育部經過研究提出了折中的方案，由清華借款50萬補助聯大用作研究的費用，三校按照比例分配支用，梅貽琦代表的清華接受了這個方案。這次西南聯大上空的烏雲終於開始漸漸散開，三校聯合體制步入穩定。
梅貽琦在西南聯大團結了很多專家學者，讓聯大在物質生活很困難的情況下仍然能夠烽火相傳，這一時期也造就了不少傑出的人才，據統計，在1948年的全國中央研究院院士一共有61人，而西南聯大擁有院士頭銜的教師就有27人之多。
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