燕京大學創建於新文化運動時期，在其存在的30多年間為中國培養了大批卓越人才，推動了高等教育的發展。新中國成立初期，中共對教會學校的態度是不加干涉，燕京大學發展相對平穩。1950年朝鮮戰爭爆發，教會大學在中國的處境發生變化。1951年2月12日，人民政府正式接管燕京大學，燕京大學成為公立學校。隨著高等教育改革序幕的拉開，燕京大學最終在1952年全國高等院校院系調整中被撤銷。
一．解放初期的燕京大學
1949年1月31日，北平和平解放。中共著手於對經濟、政治秩序進行恢復和重組，為新中國的成立做準備，對教會學校一般採取“暫聽其照舊辦法，不多加干涉”的原則。1949年4月1日，《北平市軍事管制委員會文化接管委員會關於接管清華、北大，維持燕大的專題報告》詳細說明了北平解放初期黨對燕京大學的政策，並就解放初期黨對燕大的工作進行了總結:“對燕京的維持在經濟上是做了不少工作，但對政治上的幫助可以說做得不多，我們始終沒有去公開做過報告”。
燕京大學師生對和平解放北平表示積極擁護，熱切期盼新中國的成立。1949年1月24日，清華、燕京一些教授發表宣言表達對共產黨的支持與期待，“在獲得了久已喪失的自由和安全之後，我們深切地體會到一種新氣象的開展。我們為中華民族的光明前途而鼓舞，我們為中國人民新生曙光而歡騰”，“我們願意和全國文教界人士共同為人民的教育而努力，為中國的全而解放而奮鬥”。在此份宣言上簽名的燕京大學教授有張東蓀、嚴景耀、雷潔瓊、林耀華、趙承信等。1949年10月1日，燕京大學師生參加開國大典，隊伍進入三座門時全體高呼，“中華人民共和國萬歲”、“中國共產黨萬歲”，毛澤東也回應“學生同志們萬歲”、“燕京大學的同學們萬歲”。
二、對燕京大學的正式接管
新中國成立後，隨著國際形勢的變化，中美關係日趨緊張，中共開始考慮收回對教會大學的教育主權，發展適合新中國國情的高等教育，對包括燕京大學在內的教會大學進行接管和改造被提上日程。
朝鮮戰爭的爆發，使教會大學的師生逐漸看清了美帝國主義的真實面目，他們紛紛要求脫離美國教會扶持。在這種形勢下，燕京大學師生開展了各種形式的反美活動。12月17日，美國政府凍結中國在美國的一切則產。12月19日，中共中央發佈《中央對教會學校外籍教職員處理辦法的指示》，制定了儘快送回外籍教職員的處理辦法。12月28日，中央人民政府政務院發佈清查、管制美國則產，凍結美國在中國的公私存款的命令。燕京大學師生出於對美帝國主義的憤怒和失望，一致支持燕京大學改為公立學校。
1950年7月28日，政務院第43次政務會議批准了《高等學校暫行規程》《私立高等學校管理暫行辦法》，規定“私立高等學校的行政權、則政權及則產所有權均應由中國人掌握”，並指出任何私立高等學校都需重新申請立案，“不得以宗教科目為必修課或強迫學生參加宗教儀式與活動”。8月19日，《中共中央關於大主教、基督教問題的指示》發佈，“教會學校應遵守政府法令設政治課為必修課，同時在教會辦的高等學校中亦得設宗教課為選修課’。12月29日，政務院第65次政務會議通過了《中央人民政府政務院關於處理接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體的方針的決定》，指出要完全肅清美帝國主義對中國進行文化侵略的影響。在會上，郭沫若提出了政府對於一切接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體的處理方針，指出“政府應計劃並協助人民使現有接受美國津貼的文化教育救濟機關和宗教團體實行完全自辦”，“接受美國津貼之文化教育醫療機關，應分別情況或由政府予以接辦改為國家事業，或由私人團體繼續經營改為中國人民完全自辦之事業”。1951年1月11日，《教育部關於處理接受美國津貼的教會學校及其他教育機關的指示》發佈，提出了對燕京大學等接受美國津貼的教會學校的處理原則及步驟，指出“1951年將所有接受美國津貼的各級學校處理完畢”，“美籍董事一律解職”，“高等學校中的宗教學院或神學院，暫維現狀，或由中央研究處理辦法，另行通知”。
1951年1月16日至22日，教育部在北京召開處理接受外國津貼的高等學校會議，決定對燕京大學、津沽大學、協和醫學院等11所高校進行接管並改為公辦。1951年1月29日，《中共北京市委關於北京市接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體的處理意見向中央、華北局的報告》提到，“燕京大學月內即可接收，根據輔仁大學的經歷，估計不會有問題”。1951年2月12日，燕京大學正式成為公立大學，2月20日，毛澤東親自簽署陸志韋的校長任命書，隨後又為燕京大學題寫了校名。
三、對燕京大學的改造
伴隨著“三反”、“五反”運動和知識分子思想改造運動的開展，燕京大學在課程設置、辦學宗旨、人員任用等方面與新中國教育方針的矛盾日漸顯現，燕京大學自身做出了相應的調整，教育部門也對其進行了一系列改造。
首先，燕京大學積極響應中共的號召進行課程改革，特別是在思想政治課程設置方面。其次，燕京大學對教師進行思想改造，竭力消除資產階級文化對教師的消極影響。此外，燕京大學舉辦了“控訴美帝文化侵略展覽會”，使全校師生對美帝國主義的文化侵略行徑形成更直觀、深刻的認識。當然，在思想改造運動中，也存在一定的過激傾向和行為。
四、燕京大學的院系調整和最終撤銷
為適應新形勢下中國經濟的發展需求，進一步提高新中國的高等教育質量.人民政府開始對高等學校進行院系調整以解決教育資源分配不高等教育發展目標與中國實際相脫離等問題。正是在這一過程中.燕京大學各院系分別併入其他院校，燕京大學最終撤銷。
1951年11月3日，全國工學院院長會議召開。會議擬定了高等院校院系調整的方案，其中涉及到燕京大學:“將北京大學工學院、燕京大學工科方而各系併入清華大學。清華大學改為多科性的工業高等學校，校名不變，清華大學的文、理、法三學院
及燕京大學的文、理、法方面各系併入北京大學。北京大學成為綜合性的大學，燕京大學校名撤銷”。1952年5月，教育部正式發行《教育部關於全國高等學校1952年的調整設置方案》，在該方案的指導下，燕京大學進行了相應的調整。調整結果如下表:
為保證燕京大學院系調整工作順利進行部對燕京大學的領導班子進行了重組。1952教育年5月28日，燕京大學正式成立了由翁獨健、蔣蔭恩、褚聖麟、剪伯贊等十人組成的校務委員會，翁獨健任代理校長並主持校政。
師生的安置辦法也是燕京大學調整過程中需要慎重考慮並妥善處理的問題。燕京大學對外籍教師的處理較早，朝鮮戰爭爆發後，以及“三反”、“五反”運動開始時，許多美籍教授紛紛回國。1952年進行院系調整時，燕京大學已沒有外籍教師。在燕京大學進行院系調整過程中，大部分教師留北京大學任教，少數教師被派往其他院校或新成立的機構工作，學生也跟隨院系進入相應的高校繼續學習或提前畢業。1952年10月4日，燕京大學的院系調整工作順利完成，燕京大學正式撤銷。
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