肝臟每天生成500~600mL膽汁。膽汁與血漿等滲，主要成分有水、電解質和有機成分包括膽汁酸鹽、磷脂（主要是卵磷脂）、膽固醇、膽紅素、其他內源性生成物以及攝取的化合物，如調節胃腸功能的蛋白和藥物或其代謝產物。膽紅素是來自衰老紅細胞的血紅素的降解產物，使膽汁呈黃綠色。
膽汁酸鹽（膽汁酸）是膽汁的主要有機成分。肝臟通過主動轉運，分泌膽汁酸到相鄰肝細胞之間的毛細膽管。毛細膽管的轉運是膽汁生成的限速步驟。一旦分泌，膽鹽通過滲透作用將其他膽汁成分（特別是Na+和水）帶到毛細膽管。膽汁酸鹽也是生物學上的清潔劑，其促進機體分泌膽固醇和有潛在毒性的化合物（如，膽紅素、藥物代謝產物）。在十二指腸，膽汁酸鹽能溶解腸道脂肪和脂溶性維生素，促進其吸收。在肝臟內，膽汁從肝內膽管流到左、右肝管，最後進入肝總管。
空腹時分泌的膽汁約75％從肝總管經膽囊管進入膽囊。其餘膽汁則直接通過肝總管和膽囊管匯合形成的膽總管進入十二指腸。空腹時，膽囊吸收了膽汁中高達90％的水分，濃縮和貯存膽汁。
膽汁從膽囊排空到膽總管。膽總管和胰管匯合形成Vater壺腹，進入十二指腸。和胰管匯合前，膽總管逐漸變細，直徑≤0.6cm。
Oddi括約肌環繞膽總管和胰管，後兩者又有自身的括約肌。因此膽汁通常不會逆流至胰管內。這些括約肌對縮膽囊素和其他胃腸激素（如胃泌素釋放肽），以及膽鹼能張力的改變（如抗膽鹼能藥物作用）高度敏感。
飲食促進胃腸激素的釋放和膽鹼能神經的激活，引起膽囊收縮和Oddi括約肌舒張，結果可使50%~75％的膽囊內成分排入十二指腸。相反空腹時，括約肌張力增加利於膽囊充盈。
膽汁酸鹽在近端小腸通過被動擴散吸收的很少，大部分到達末端迴腸。末端迴腸主動吸收90％的膽汁酸鹽進入門靜脈循環。膽汁酸鹽回到肝臟後經過重新提取，適當加工（如遊離形式變為結合形式），重新分泌到膽汁中。膽汁酸鹽每天通過這種途徑（即腸肝循環）循環10～12次。
大多數膽道疾病由膽結石引起。膽囊結石（cholelithiasis- 膽石症）通常無症狀。膽汁流可以在膽管被膽結石阻止（膽總管結石）- 膽管結石和膽管炎），引發膽絞痛或造成膽囊的炎症（膽囊炎）。膽囊炎可能是急性（ 急性膽囊炎），發作超過幾小時，或慢性（ 慢性膽囊炎），持續很長一段時間。膽管阻塞也可引起膽管炎症（急性膽管炎），通常伴細菌感染，膽汁流可以被腫瘤阻止或變慢（稱為膽汁淤積）（ 膽囊及膽管腫瘤），或者在誰有艾滋病患者中，由機會性感染所造成的狹窄（艾滋病膽管, AIDS相關的膽管病).膽汁淤積也可導致炎症，纖維化和膽管狹窄（稱為硬化cholangitis- 硬化性膽管炎).通常，硬化性膽管炎的原因不明（稱為原發性硬化cholangitis- 原發性硬化性膽管炎 （PSC）).
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