貞觀十六年（642年），魏徵病重，已經不能下床。唐太宗前往探視，他拉著魏徵的手，承諾將衡山公主下嫁給魏徵的兒子魏叔玉，並對臥於病床的魏徵說：“起來看看你的新兒媳吧！”但魏徵已經睜不開眼睛了。第二天早上魏徵就去世了。
魏徵去世後，李世民很難過，廢朝五日。並追贈魏徵為司空、相州都督，諡號文貞。還親自給魏徵撰寫碑文。
可是，因為一些事情的發生，唐太宗對魏徵的看法發生了變化。首先是魏徵生前舉薦的人出了問題。一個是杜正倫，一個是侯君集。魏徵對太宗說他們都有宰相之才能，二人都因魏徵的舉薦得到太宗重用。後來杜正倫因為過失而遭罷官，侯君集因參與叛亂被誅殺。有人藉此詆譭魏徵結黨營私。太宗於是對魏徵產生了懷疑。其次，有傳言說魏徵活著的時候曾將上諫皇帝的諫書透露給史官褚遂良，藉此留名。唐太宗得知後，大發雷霆，下令推到魏徵墓碑，廢除橫山公主與魏叔玉的婚約。
“以徵之忠，而太宗之睿，身歿未幾，猜譖遽行”。這件事很值得玩味。魏徵活著的時候也有人密告太宗他結黨營私，太宗並沒有採信。而魏徵死後他卻大動干戈，不惜食言。按照常理，對於一個死人，有什麼好猜忌的？何況和他有牽連的侯君集、杜正倫都已經被處理了。這是為什麼呢？
從當時的局勢推測，唐太宗很可能是借用已經死去的魏徵來徹底打擊朝廷裡的“結黨營私”。太子李承乾和功臣侯君集聯合準備謀反，這才是實實在在地結黨營私。事情洩露後，李承乾被廢，侯君集伏誅，一大批參與謀反的人都受到處罰。太宗為了警戒其他人，對結黨營私“零容忍”，所以將曾舉薦侯君集的魏徵也拉出來懲罰。其實，說到最後，唐太宗對魏徵的態度更多的還是肯定和讚許。貞觀十七年，唐太宗繪功臣畫像於凌煙閣，魏徵排第四就是最好的證明。
後來，遼東戰事爆發，唐太宗親征，雖然贏得了戰役，但是傷亡慘重。他感嘆說：“魏徵若在，吾有此行邪！”隨後給魏徵平反，重新樹碑，並召見魏徵家人，“恩禮加深”。
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