第二次世界大戰爆發後，1940年6月，蘇聯先後向立陶宛、拉脫維亞和愛沙尼亞發出最後通牒，要求三國立即停止反蘇活動，成立對蘇有好的新政府，並允許該地成為蘇軍的駐軍之地。7月14日至15日，波羅的海三國也將被蘇維埃政府統治，並要求加入蘇聯。1940年8月3日至6日，這項決議在蘇聯最高蘇維埃第七次會議上通過，同時蘇聯接受立陶宛、拉脫維亞和愛沙尼亞人加入蘇聯。當然，我們可以把波羅的海併入蘇聯的全過程分為兩個階段，1939年8月到1940年5月的簽約控制階段和之後的正式兼併階段（1940年5月到8月）。
1939年9月19日，蘇聯向愛沙尼亞施加壓力，拿波蘭“鷹號”潛艇事件來當藉口，聲稱蘇聯將不承認愛沙尼亞對其沿海水域擁有主權，由蘇聯來保衛它的安全。9月24日，愛沙尼亞外交部長謝利捷爾親率政府代表團赴莫斯科解除危機，請求和解。蘇聯政府看時機來臨，提出簽訂互助條約的要求。9月27日，愛沙尼亞政府經受不住蘇聯步步緊逼的強大壓力，不僅蘇聯提出的所有要求得到了滿足，而且《蘇愛互助條約》及其秘密議定書也由雙方於9月28日訂立。
在《蘇愛互助條約》簽署後，拉脫維亞成為充滿野心的蘇聯政府的下一個獵物。拉脫維亞總統兼總理烏尼馬尼斯考慮到蘇德、蘇愛條約的簽訂對東歐局勢產生的重大影響，只能勉強同意與蘇簽約，在蘇愛的模式上進行談判。斯大林在談判中提出了一系列的要求，想控制拉脫維亞，拉方感覺很難接受。斯大林假意表示對其無心侵佔，蘇聯駐軍只是一隻預防性的兵力。經過持續、緊張、激烈的討論，10月5日，雙方簽訂互助條約，條約內容與《蘇愛互助條約》類似。
蘇愛、蘇拉條約簽訂後，就輪到立陶宛了。按照蘇德秘密協定，德國的勢力範圍本包括立陶宛。立陶宛外交部長烏爾布什斯於10月3日抵達莫斯科，斯大林以蘇愛、蘇拉條約為藍本，簽訂了一個互助條約，條約有效期20年。烏爾布什斯指出蘇聯方面實際上是對立陶宛的佔領。斯大林表示，蘇聯對立陶宛的獨立毫不在意，相反，駐軍是對立陶宛的真正保障。在蘇聯的壓力下，烏爾布什斯只有作出讓步，並允許蘇聯在其國內駐軍不少於3.5萬人的要求。後來，立陶宛就蘇軍進駐時機等問題提出新建議，但蘇方不為所動，並利用維爾諾問題把壓力施加於立陶宛人，威脅立陶宛人如不接受互助條約，就不能得到維爾諾。10月10日，立陶宛代表團接受了莫洛托夫的修訂案，並簽訂了《關於維爾諾市和維爾諾省移交給立陶宛及關於蘇聯和立陶宛互助的條約》，蘇愛、蘇拉條約內容與此條約相同，蘇聯駐軍可達2萬人。波羅的海三國敢怒不敢言，蘇聯恩威並施、逼迫他們簽訂互助條約的行徑使他們對斯大林的領導集團更加不信任，對波羅的海三國的前途憂心忡忡，在條約簽訂後的一段時間裡，由於西歐戰事發展尚不明朗，觀望政策由蘇聯政府發出。蘇聯政府嚴禁軍政領導人對波羅的海國家的內政進行干涉，由於蘇聯嚴格遵守互助條約所承諾的義務，採取的政策中也包括不干涉內政。波羅的海三國在簽訂互助條約之初的膽怯恐懼心理逐漸消失，不斷增強對蘇聯政府的信任，雙方的關係趨於平緩。
1940年5月10日，德軍入侵了荷蘭、比利時、盧森堡和法國。10日，盧森堡不戰而降，15日，荷軍投降；西線戰事危機重重，英法在敦刻爾克面臨絕境。斯大林想通過吞併波羅的海應對德軍的順利西進，以使自身得以安全。為了製造進攻的理由，5月25日，蘇方聲明：“在立陶宛政府機關的庇護下，紅軍戰士莫名失蹤。蘇聯政府照會立陶宛政府立即停止挑釁，否則將對立陶宛出兵。”蘇聯政府不斷促使衝突升級，立陶宛調查機關想與其進行任何合作均遭拒絕。蘇聯方面還製造謠言，發出波羅的海三國締結軍事同盟以反對蘇聯的聲稱。然而，三國1934年9月12日訂立的同盟條約，原來不僅蘇聯政府曾把它視為集體安全的一部分，而當時蘇聯也無任何反對保持這一同盟的要求。立陶宛在孤立無援的情況下，在蘇聯最後通牒到期前15分鐘，莫洛托夫收到烏爾布什斯的通知，立陶宛接受一切要求。為了達到自己的目的，蘇聯政府有故伎重演，於6月16日向拉脫維亞公使科欽什和愛沙尼亞公使列伊遞交了聲明，指責兩國簽署的波羅的海協定，提出兩國成立新政府並同意蘇聯的駐軍要求，限令在6個小時內做出答覆。兩國政府勢單力薄，只得在規定的時間內滿足蘇聯的要求，原政府宣告辭職。
三國政府被迫讓步，蘇聯政府向原定目標不斷邁進，並在三國培植自己的候選人，組成親蘇政府。莫斯科指示，三國政府在實行任何一項措施時都必須秉承莫斯科代表的旨意行事，實際上三國完全喪失了獨立性。
7月14日，三國同時進行議會選舉，蘇維埃政權宣佈成立。1940年8月初，經蘇聯最高蘇維埃第七次會議通過，吸收立陶宛、拉脫維亞、愛沙尼亞為蘇聯第14、第15、第16個加盟共和國。波羅的海三國正史被蘇聯兼併，三國的加入使蘇聯的人口和領土增加。
那麼蘇聯大張旗鼓地進行這些行動的時候，其他國家就不管不顧麼？為什麼其他國家都不採取干涉呢？當時德國忙於西線作戰，無暇東顧，而且也不願過早割斷與蘇聯的聯繫。所以當波羅的海三國請求德國居中調停時，德國認為事不關己，無意干涉波羅的海國家的政治事務。英法兩國在與德軍的作戰中屢戰屢敗，對遠在東歐的波羅的海三國既無力也無暇顧及，對蘇聯在波羅的海三國的行動也只能聽之任之。其他國家當時的局面，也無力阻止蘇聯兼併波羅的海是三國，因此在一定程度上起了促進作用。此次行動蘇聯的實力得到了極大的增強，為以後的進攻打下了堅實的基礎。
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