宋朝登州有名叫阿雲的普通農家少女，年不過十五，生得水靈俏麗，柔弱不經事，她父親早喪，去年又死了母親，家裡很是貧窮，一時竟不知如何度日。阿雲的叔叔為了賺幾個錢，欺負阿雲柔弱年幼，不顧她母喪未滿，竟然強行作主，將阿雲許配給了本村老光棍韋大寶。
這韋大寶面貌醜陋，且年紀又大，簡直讓人不忍直視，想當然，阿雲十分不滿，她又不想嫁，又無處申述，思前想後，她決定冒險殺了韋大寶。
隨後，阿雲獨自來到韋大寶家，韋大寶只有一間破草屋，門一推就開，此時韋大寶正在屋裡睡覺，阿雲雖然有心殺了他，但無奈太過弱小，而且心裡慌亂，舉刀亂砍，連砍了十餘刀，也沒能把韋大寶殺死，只是“斷其一指”。
韋大寶驚憤交加，直接報了官，阿雲怕受刑，就招了。本是個簡單的案件，但是按照大宋的倫理道德卻有點不好辦，古代以孝為先，阿雲還在守孝期間，所以婚約是無效的，這就不存在謀殺親夫的罪名，而且阿雲是被叔父逼迫結婚的，這門親事並不合法。
按照大宋法律謀殺就應該判死刑，可審這個案件的登州知府許遵覺得死刑太重，也不合理，為了得到公平的審判，他將案子報到了大理寺。
審刑院和大理寺一致批駁許遵的判決，不顧情節，改判阿雲“違律為婚，謀殺親夫”，處絞刑！
許遵不服，再次上奏，這次許遵從另一個角度來為阿雲辯護，他請求考慮到阿雲受審時主動供認犯罪事實，應以自首論處，案子被交到了級別比審刑院高一級的刑部，刑部對此案的判決與審刑院和大理寺相同，還是要處死阿雲。
正在這時，許遵被提拔到大理寺工作，針對刑部的判決，許遵指出刑部的判決是不正確的，阿雲應該從輕發落，不該不論青紅皂白，請刑部再議。許遵對這件事也是上心啊，來來回回折騰了這麼久，但也是因為他這麼一折騰，上面的人才會關注到這件事。御史臺的官員知道了這個事，指責許遵妄法，請朝廷將案件發給翰林學士們討論。
從死刑變為有期徒刑，這並不符合大宋的律法，於是御史臺將這個案子上報給神宗皇帝，認為這個許遵不根據律法辦事，利用自己的權力亂判，皇帝聽了許遵和御史臺的各自辯解之後不好下定論，就將這個案子交給王安石和司馬光兩人來判。
王安石好變法，司馬光則是保守派，兩人的政治意向是對立的，這就導致了兩人必定持相反的意見。王安石主張不殺，司馬光執意要殺。
而早在此案發生前，宋神宗曾頒佈詔令說凡是謀殺被害人致其受傷，司法官經審問，將要糾舉時，罪犯自首，依照謀殺罪減刑二等論處。審刑院、大理寺判阿雲死罪，並以違反服喪期間不得婚嫁的律文為由奏報皇帝裁決，皇帝在承認此判決的基礎上赦免了阿雲死罪。
於是阿雲被免死罪，沒過多久，朝廷大赦天下，阿雲被釋放回家，案子看似已經結束了。
宋神宗元豐八年 ，司馬光終於當上了宰相，他上臺後，又將這一起陳年老案翻了出來，重新進行審理。審理的結果是，將案中原來已經釋放回家的阿雲改判死刑，並立即斬首示眾。
其實也倒不是真的是司馬光記仇，“阿雲之獄”成為了變法之爭的一環，涉及到古代傳統法律的制定，也是黨爭的犧牲品罷了。
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