1916年至1927年，蔡元培任北大校長，廣開“學術”與“自由”之風，是民國時期最為著名的教育家。誰又知道文質彬彬的蔡元培，在年輕時卻是一名刺客，不僅組織參與了多起刺殺活動，甚至還教授學生刺殺之道。
蔡元培早期曾任職翰林院編修，及其推崇維新思想。在戊戌變法失敗後，蔡元培認識到平穩的變法改革已經無法救中國，要通過暴力革命推翻清政府的腐朽統治。蔡元培辭去職務，與蔣觀雲、章太炎等組建“中國教育會”，並建立了一所愛國女校，以此作為反清革命運動的據點。
不久，“中國教育會”受到清廷的打擊，章太炎等會員被捕。蔡元培決定甄選骨幹力量，成立“刺殺團”，對清廷大員進行刺殺報復。由於缺少必要的暗殺裝備，蔡元培組織陳獨秀、章士釗等文化水平比較高的革命者，在愛國女校地下室進行秘密炸藥研製。為此蔡元培甚至自學了化學知識，一種體積較少，威力比較大的自殺型炸藥被製作出來。這種炸藥威力雖然比較大，但需要近距離對暗殺目標進行拋投，進行暗殺的人員往往必死無疑。蔡元培甚至在愛國女校的學生中甄選暗殺人員，並教授他們化學知識，以便配置毒藥進行暗殺，他認為女性用毒藥暗殺會更容易成功。
1904年，蔡元培在上海組織留日歸國人員成立秘密刺殺團“光復會”，這些人很多都是日本軍官學校畢業，大大充實了刺殺力量。1905年9月，清廷派遣載澤、端方、徐世昌等五大臣出洋考察，“光復會”籌集了大量蔡元培研製的炸藥，由“光復會”會員吳樾執行，準備對五大臣進行刺殺。吳樾駕著裝滿炸藥的車衝向五大臣的車隊，由於車身震動，還未到達有效殺傷距離，炸藥就爆炸了，吳樾當場犧牲，五大臣只有兩人受傷。
吳樾的死，狠狠給了蔡元培等人一個嘴巴子，他們終於意識到，真正能拯救中國的是新的思想、新的知識，僅僅刺殺幾個人根本沒有什麼作用。不久，在蔡元培主持下，“光復會”併入“同盟會”，蔡元培把更多的精力放在了留學考察和培育新型革命人才上。
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