拜耳公司不仅仅生产出著名的“阿司匹林”，也创造出海洛因。实际上，海洛因的产生是在1874年，科学家阿尔德·赖特在研究吗啡的时候创造出来的，但他没有进行后续研究。直到32年后，拜耳公司的化学家霍夫曼合成了止痛效力远高于吗啡的二乙酰吗啡，取名为海洛因！该药的上市引起的了巨大的反响，更曾用作儿童止咳药，后来发现该药会在肝脏中转化为吗啡。在1919年的战后凡尔赛条约后，拜耳失去与海洛因相关的商权。1924年美国发布海洛因禁令，毒贩便将海洛因销售到其他外部机构。
科学家菲利克斯霍夫曼最大功劳当属是创造了阿司匹林。实际上，阿司匹林最先是由查尔斯费雷德里克发明的，后来许多科学家又改进了实验方法，最后是霍夫曼发明了一种更安全，获得了更好的乙酰水杨酸的方法。换句话说，霍夫曼并不是阿司匹林的发明者，甚至有证据表明，霍夫曼的实验是在他的老板阿瑟艾肯格伦在指导下进行的。但无论如何，拜耳选择了将霍夫曼列为该药物的发明者。
1899年，拜耳公司注册了阿司匹林的商标。但一战发生后，英国公司不再进口德国公司所生产的阿司匹林，到1915年，他们废除了拜耳在阿司匹林的商标。于是拜耳公司失去了市场，同时由于阿司匹林的成分之一苯酚被广泛的用于炸药生产，拜耳的产量降低。因此出现苯酚阴谋，主要是利用一家空壳公司从爱迪生那里购买苯酚。后来阴谋暴露，拜耳的声誉也毁于一旦。随后为了防止失去对美国资产的控制，拜耳在美国设立的多家的空壳公司和子公司。直到美国向德国宣战后，拜耳才将自己的资产转移到美国的公司，但这个诡计被识破，美国政府卖掉了他们所有的商标和专利。直到1994年，拜耳公司才有权买回这些商标。
毒气是一战里面最令人恐惧的东西了，但这一切都是拜拜耳公司所赐。在一战刚开始的时候，拜耳公司的主席卡尔杜伊斯伯格隶属于战争委托部，帮助氯气的生产并运送到前线。后来在他的指导下，拜耳公司制造了更致命的气体。据估计一战期间有超过6万人死于这些气体，虽然并非所有的死亡都是因拜耳公司的产品而死，但他也需要承担很大的责任。
在一战结束之后，拜耳与德国的其他化工和医疗公司合作，成立了IG Farben公司，成为希特勒的后盾之一。IG Farben公司参与许多纳粹战争的罪行，例如奥斯维辛毒气室的实验，以及从纳粹的手中买下受害者进行药物试验，而且也广泛使用集中营中的奴隶劳工。后来IG Farben公司经历了一段合并重生的过程，直到二战结束后，IG Farben公司被解散，拜耳作为一家独立企业重生。在纽伦堡的审判中，IG Farben公司的执行董事和其他董事会成员均被判罪。但是，IG Farben的执行董事里茨•特尔•梅尔在监禁7年后获释，仍被任命为公司监事会主席。
虽然拜耳公司因为各种罪行和时代的变迁改变了所有权，但他依然拥有一些国家的阿司匹林专利，并且所有的这些国家中阿司匹林仅用于拜耳的产品。这些都得益于拜耳公司努力的维护自己的专利和品牌认知度，在他们刚刚开始生产的时候，他们给医务人员免费提供样品并要求他们公布其有效性，随后他们以药丸的形式生产阿司匹林，甚至还故意创造了一个复杂通用名称水杨酸的单乙酸酯。
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