回族是在中國分佈極為廣泛的少數民族，佔全國人口的0.8%左右。回族的起源也非常複雜，包括（一）西亞僑民來源，如波斯或阿拉伯來源；（二）漢族或中國的其它民族信奉伊斯蘭教而融入；（三）其它來源，有從海路來的，比如海南島講南島語系回輝語的人，或者還有說從印度來的，以及講藏語的藏回有從克什米爾來的等等。
然而這些不同地域的回族，有多少是西方來的，多少是原本中國人信伊斯蘭教而融入的，是很難通過歷史記載査清的。這時我們就能夠通過DNA來攷證這個問題。關於父系來源的標記——Y染色體的基本知識我就不贅述了，可以看我早前錄製的視頻《人類學、族群、姓氏和Y染色體》（http://v.youku.com/v_show/id_XMTcwNzU1NzE2.html ），各種Y染色體的支系，即單倍群的分佈也可以看這篇blog《人類學雜記——5. Y染色體在全世界的譜系》（http://blog.sina.com.cn/s/blog_465ddf790100zut7.html ）。簡而言之，東亞常見的Y染色體類型有O、C、N、D、Q、R等，而中東常見的Y染色體類型有J、R、E、G、L、T等。除了Q在東亞和西亞都有比較稀疏的分佈（漢族2%強），及R在西方的比例明顯超過東方（漢族不到2%）以外，一個單倍群的來源是從東部歐亞還是西部歐亞是比較容易說清的（習慣上，亞歐大陸以帕米爾高原-喜馬拉雅山-孟加拉為界，以西為西部歐亞，以東為東部歐亞）。
這裡比較一下漢族、幾個不同來源的回族人群、以及伊朗和沙特阿拉伯的Y染色體組成譜：
數據來源方面，裡面所有群體的樣本量都在50以上。其中：
“華北迴”和“華北漢”是暫未發表的實驗室內部數據。
“回”引自Karafet TM (2001) Paternal Population History of East Asia: Sources, Patterns, and Microevolutionary Processes。
“寧夏回”引自Zhong H (2010) Extended Y-chromosome investigation suggests post-Glacial migrations of modern humans into East Asia via the northern route
“回輝”引自Li DN (2013) Substitution of Hainan indigenous genetic lineage in the Utsat people, exiles of the Champa kingdom
“伊朗”引自Regueiro M (2006) Iran: Tricontinental Nexus for Y-Chromosome Driven Migration
“沙特阿拉伯”引自Abu-Amero KK (2009) Saudi Arabian Y-Chromosome diversity and its relationship with nearby regions
圖裡面，為了清晰起見，把單倍群的排列順序調了一下，東西亞都可見的Q單倍群排在中閒，並畫了方框，西部歐亞為主的類型都排到Q的左邊，其餘東部歐亞常見的類型排到Q的右邊。這樣，可以看出，漢族（南北漢的比例近似，這裡為省事只列了華北漢族）的東部歐亞成分佔到97%，伊朗和沙特的東部歐亞成分佔大約4 - 7%。而回族，除回輝的來源不很一樣，其餘的回族樣本東部歐亞比例佔63 - 76%。
Y染色體只代表了父系來源。我這裡還沒有整理母系（線粒體）或常染色體數據。但按通常的人口遷徙規律，長途向有人處的遷徙總是以父系為主導的，不論是士兵還是商人，經常不能帶女眷，到異國他鄉定居後就只能與當地的女性結合。因此不出意外的話，回族的常染色體和線粒體中的西歐亞成分會明顯低於Y染色體的。
從數據中還可以看出，寧夏的回族和華北的回族中，東亞來源的O、C、N、D之閒的相對比例不很一致，而華北迴族與華北漢族的這些單倍群的相對比例比較接近。說明華北迴族中東亞成分很可能就是源於漢族。而寧夏回族的東部歐亞來源可能除了漢族還有較多的其它民族來源。
海南三亞的回輝是一個比較獨特的群體，是回族中不講漢語的一個人群。其來源據史料記載是現在越南中南部的一個小國，佔婆國，也稱占城，語言是南島語系馬來語群的。大約宋代起，部分佔婆人開始信仰伊斯蘭教。隨後因領土逐漸被越南蠶食，一些佔婆的穆斯林渡海到三亞一帶定居形成了回輝人。他們仍保持了佔婆的語言（現代回輝語在譜繫上與佔語及印尼西端的亞齊語最近），只不過因為長期與漢族、黎族等民族雜居，回輝話不但引入大量借詞，音系裡還產生了五個聲調，成為南島語中唯一有聲調的語言。
而據李冬娜、王傳超等(2013)對回輝人的Y染色體硏究，發現回輝人的Y染色體與現仍在中南半島的占人類型完全不同。
（圖中Utsat為回輝，Cham為占人）
回輝人裡最常見的O1a*類型在占人中比例極低，而通過STR網絡圖發現，回輝中的O1a*和海南本地的黎族中的O1a*非常接近，從而說明回輝父系的主體是黎族改信伊斯蘭教及接受回輝話而進入回輝人群的，而占人中最常見的類型，如O2a1和R，在回輝人中只佔很小的比例。
其它地方的回族我們仍需進一步硏究。由於回族來源複雜，且不同地方的回族有迥異的口傳來源故事，我們還會繼續收集全國各地的回族樣本，以便得到更全面的結果。而隨著測試精度的不斷提高，我相信不久也能解答某一個回民的Y染色體更可能來源於漢族還是某北方少數民族，或波斯人還是阿拉伯人這樣的問題。
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