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其實，這個問題還真有點複雜的。
這兩個組織都是國民黨的特務組織。中統中統全稱“國民黨中央組織部統計調查局”；軍統全稱“國民黨軍事委員會統計調查局”。
單從名稱可以看出，這兩組織工作範圍、所屬系統是不同的，中統“國民黨中央組織部統計調查局”，顧名思義是屬於國民黨黨部系統的組織，而軍統“國民黨軍事委員會統計調查局”，就是國民黨軍隊系統的組織。
１９３８年以前，這兩個組織曾短時間內同屬國民政府軍事委員會調查統計局（即前軍統局，這點許多人是不知道的），１９３８年春蔣介石把國民政府軍事委員會調查統計局（前軍統）原有的三個處擴大成公開的情報部門。
第一處擴為國民黨中央執行委員會調查統計局（即中統），局長朱家驊、副局長徐恩增（原一處長）。
第二處擴為軍事委員會調查統計局（即軍統），局長賀耀組、副局長戴笠（原二處長）。至此才有了中統與軍統的正式稱謂。
其實當時還把第三處也擴為特務機構的，即主管郵電檢查的特檢處，處長就是日後臭名昭著的７６號大特務丁默屯。所以說，抗戰時在上海的特務鬥法，其實就是前軍統的三個原處長在鬥。
中統組織出現稍早，１９２８年，國民黨在中央組織部中設立專職情報的“黨務調查科”，就是中統的前身。黨務調查科在國民黨各省、市、縣黨部都有有分支機構，以黨政機關、文化團體和大中學校為活動重點，特務活動遍及全國。當時並不叫中統，而是讓人聞風色變的國民黨黨務調查科“特工總部”。所以說，有的影視作品將１９３８年前的國民黨調查科的特務，也叫中統特務是不對的。
軍統的出身是由一批黃埔軍人組建的“復興社”，１９３２年，下設有一個特務處，戴笠任處長，他就是從此發跡的。
１９３８這兩大特務組織改組後，雙方就劃定了各自的分工職責範圍。中統的工作重心是監控國民黨機關內部情況；打擊一切國民黨之外的黨派；控制社會輿論和思想。而軍統屬於國民黨軍隊序列，主要任務是收集各類情報、對軍隊監視整治，對敵對勢力逮捕暗殺。他們的工作領域不同，中統的是黨內，軍統的是軍中。
但這兩個組織從來都是鬥得像烏雞眼似的，誰也不服誰，為了爭權奪利、爭寵邀功，鬧出過不小的動靜，這是後話了。
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中統全稱“國民黨中央組織部統計調查局”。
軍統全稱“國民黨軍事委員會統計調查局”
它們隸屬關係不一樣。
據我所知，國民黨歷史上先有中統，後有軍統。蔣介石上臺之初，為了掌握權利、鞏固地位，就想方設法打擊、排斥國民黨內部其他派系和國內的民主黨派，當然也包括共產黨，因此建立“黨務調查科”，後擴充成中統，專門在黨政機關、教育部門、新聞出版單位範圍內建立情報網，也從事抓捕、審訊、監視監聽、綁架暗殺等活動。後來，蔣的地位鞏固，而中共勢力漸大，並擁有了軍隊，同時，九一八事變日寇侵佔東北、窺視華北，以及後來的全國抗戰，因此國民政府需要大量的軍事情報做支持，這才把中統的“軍事調查科”剝離出來，成立軍統，專門在軍隊、警察、緝私、稅務、交通等系統建立情報網，因此，軍統的電報通訊與密碼破譯、刺殺暗殺、刑訊逼供、跟蹤監視、潛伏破壞等方面能力非常強，屢建奇功，深得蔣介石寵信，很快壓過中統。據說，軍統勢力最大的時候，在編人員接近二十萬，包括兩支武裝部隊。
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1935年蔣介石成立了軍事委員會調查統計局，局長為陳立夫，下設三個處，一處處長為徐恩曾；二處處長為戴笠；三處為郵電檢查處。蔣介石這樣做的目的一是為了削弱陳立夫的權力，二是將這三大特務組織收歸軍事委員會管轄，方面自己控制。
1938年一處從軍事委員會調查統計局分離出來，成立“中國國民黨中央執行委員會調查統計局”，簡稱“中統”。其工作重心在國民黨的黨政機關，它以各級國民黨黨部為活動基地，在省市黨部設調查統計室，在省以下黨部設“調查統計”，在文化團體和大專院校、重點中學廣泛建立“黨員調查網”，其主要人物有陳果夫、陳立夫、朱家驊、徐恩曾、顧建中、鄧文儀、葉秀峰、張道藩等。
1938年二處從軍事委員會調查統計局分離出來，成立“國民黨軍事委員會調查統計局”，簡稱“軍統”。局長為賀耀祖（組）、副局長為戴笠。軍統局的實際權力掌握在戴笠手中，其前身是1932年成立的中華民族復興社，戴笠就是靠此起家。軍統下設區、站、特別團。其人員主要分佈在國民黨的軍隊、警察、行政機關、交通運輸機構甚至駐外使節，並對這些人進行監視、逮捕、暗殺等。軍統的主要人物有賀衷寒、戴笠、毛人鳳、唐縱、沈醉、康澤、文強、鄭介民等。
