與一般市場化投資項目相比，PPP項目因為存在合理收益水平的保證與限制、政府付費與缺口補助回報機制、以及尚沒有專門的PPP模式稅收政策等特殊性，致使其涉稅處理也存在其特殊性，表現在：PPP項目合理收益使得有無稅收優惠對社會資本收益沒有影響，政府付費納稅導致地方財政補貼中央財政，計算政府付費的成本口徑對項目稅負和盈虧有著關鍵影響，社會資本獲得政府讓渡的分紅的納稅問題、PPP模式稅收籌劃的關聯性等。對PPP模式及其納稅特殊性的認識不到位，會造成對PPP模式稅收優惠的空談誤用，迷失方向，找不到發力點，給政府和社會資本造成損失而不知。
一、PPP項目合理收益的限定，使得社會資本並未從稅收優惠中受益，受益的是地方政府。
無論源於PPP項目本身公益性特徵的內在要求，還是國家政策規定，PPP項目“能且只能”獲得合理收益，使得稅收優惠對社會資本收益沒有影響，也使得稅收優惠在PPP領域引導投資的應有作用無法發揮，稅收優惠實際上成了減少政府付費的一種資金來源。
1、稅收優惠只是可以對沒有收益水平限定的項目帶來收益增加
稅收優惠是國家運用稅收政策對某一部分特定企業和課稅對象給予減輕或免除稅收負擔的一種措施。目前國家在增值稅方面的優惠政策，主要包括即徵即退、先徵後退（返）、減徵、免徵等，在企業所得稅方面的優惠政策，主要包括公共基礎設施建設項目三免三減半、專用設備抵扣、西部大開發15%優惠稅率、費用加計扣除等。
稅收優惠對現金流的影響有兩種，一是稅收返還直接帶來現金流入，二是減少納稅支出從而增加現金淨流入。
財務上對稅收返還直接增加項目現金流入的會計核算處理是，根據2017年最新頒佈的《企業會計準則16號-政府補助》規定，對於即徵即退、先徵後退方式的稅收優惠，在收到返還稅款時，通過增加“銀行存款”和“其他收益”進行核算，並根據《企業會計準則31號-現金流量表》規定，計入“經營活動現金流量-收到稅收返還”項下。而對於減徵、免徵、三免三減半、專用設備抵扣、西部大開發15%優惠稅率、費用加計扣除等方式的稅收優惠，財務上無需做專門的會計處理，在計繳稅款時即減少了納稅數額，從而間接增加項目現金淨流入。
財務內部收益率是對項目合作期內現金淨流量按照淨現值為零的方式進行計算的折現率，現金淨流入越大，內部收益率越高。稅收優惠對於沒有合理收益水平限制的投資項目，會帶來項目現金淨流量的增加，從而提高項目和股東收益。此種項目，稅收優惠，多多益善。
但是，對於PPP項目，並非如此。
2、稅收優惠與PPP項目社會資本方獲得合理收益毫不相干
PPP項目是在基礎設施和公共服務領域提建設、運維等一項或多項服務，涉及社會公眾利益，因此，PPP項目更多的是要保障社會公眾利益最大化，社會資本不可能像市場化項目那樣，儘可能追求投資收益最大化。PPP項目社會資本方只能獲得合理收益，對此，《國務院辦公廳轉發財政部、發展改革委、人民銀行關於在公共服務領域推廣政府和社會資本合作模式指導意見的通知》（國辦發[2015]42號）有明確規定：政府和社會資本合作模式“政府依據公共服務績效評價結果向社會資本支付相應對價，保證社會資本獲得合理收益。政府和社會資本合作模式有利於充分發揮市場機制作用，提升公共服務的供給質量和效率，實現公共利益最大化。”
正是PPP項目的公益屬性及政策規定政府“保證社會資本獲得合理收益”，才會有在沒有使用者付費，或使用者付費不能覆蓋社會資本投資成本和合理收益的情況下，採用政府付費和缺口性補助兩種回報機制模式，“保證”社會資本獲得合理收益。
然而，也正因為如此，項目公司總體現金淨流量始終被限制在一個既定的合理水平上。當稅收優惠使得項目現金淨流量超出合理水平時，則需要減少政府付費或可行性缺口補助金額，以將項目淨現金流總量和社會資本收益調整到合理水平。在沒有稅收優惠或稅收優惠較少時，同樣需要保持一個合適水平的項目現金淨流量水平，以滿足社會資本獲得合理收益，這種情況下需要增加政府付費或者缺口性補助，除非存在使用者付費且使用者付費增長額可以彌補這個缺口。
可見，PPP項目社會資本“能且只能”獲得合理收益，這種情況下，稅收優惠對社會資本收益高低不產生任何影響，社會資本收益水平“有它（稅收優惠）不多（不能超出合理水平），無它（稅收優惠）不少（不能少於合理水平）”。
而從社會資本“能且只能”獲得合理收益，稅收優惠在調整項目總體現金流量減少政府付費的角度看，稅收優惠，實質上優惠的只是地方政府及其財政。
3、目前PPP模式中被談及主要稅收優惠政策
目前國家沒有出臺專門針對PPP模式的稅收優惠政策，實操中談及和引用的稅收優惠政策，是根據PPP項目隸屬於什麼行業、領域、地區，提供什麼建設或服務，對號入座，尋找相應的政策依據，進行所謂的稅收優惠安排。比如，PPP項目項目如果從事公共垃圾處理服務，則套用《財政部 國家稅務總局關於印發的通知》（財稅[2015]78號）政策規定, 享受即徵即退70%的增值稅退稅，同時套用《企業所得稅法實施條例》第八十八條 和《企業所得稅法》第二十七條第（三）項及《財政部 國家稅務總局 國家發展改革委關於公佈環境保護節能節水項目企業所得稅優惠目錄（試行）的通知》（財稅[2009]166）規定，享有“三免三減半”的企業所得稅優惠。
又如，三北地區供熱項目享受增值稅免稅優惠、公共基礎設施項目享受企業所得稅三免三減半優惠、環保節能項目專用設備享受10%企業所得稅抵扣優惠、西部大開發享受15%企業所得稅低稅率稅收優惠等。
其他如土地使用稅、印花稅等優惠政策，略。
但是，在脫離PPP項目社會資本“有且只能有”合理收益的前提下，談論、引用和爭取所謂的稅收優惠政策，對提升項目公司和社會資本收益沒有幫助，更多的是白費功夫，是在為地方政府做“嫁衣裳”。
4、財務測算高估稅收優惠對社會資本及政府付費的影響
測算時高估稅收優惠，對社會資本不利，但有利於地方政府，因為可以減少政府付費數額。
如垃圾處理項目，在《財政部 國家稅務總局關於印發的通知》（財稅[2015]78號）頒佈前免稅，此後即徵即退70%，如果錯誤引用過時免稅政策，則意味著稅收優惠現金流入多，在合理收益水平限定下，政府付費（包括缺口性補貼）則少，那麼在將來項目執行時，增值稅退稅按照70%比例計算，而政府付費又按照在高估稅收優惠情況下有關中標金額和參數計算，從而導致項目總體現金流入變少，最終使得社會資本方收益低於合理水平。
應對辦法：在招採文件和項目合同中留下活口，即：未來如果遇到稅收政策調整降低稅收優惠比例，則缺口由政府方補足。
另外，地方政府方要獲得稅收優惠好處，則需要項目公司會計處理上，要將可以享受稅收優惠的的業務與其業務分開核算，否則也無法獲得退稅等稅收優惠。
二、政府付費適用稅率及其對項目公司稅負和政府財承的影響
這裡所說的政府付費是指PPP項目運營期間來自於政府的運營補貼，包括完全政府付費和可行性缺口性補助（以下統稱政府付費）。 項目公司運營期間收到政府付費如何定性及適用稅率，影響到項目公司稅負，也影響到地方政府稅收和財政支出多少。
1、政府付費是政府購買服務的對價支出和項目公司獲得服務收入
國辦發[2015]42號文“一、充分認識推廣政府和社會資本合作模式的重大意義”中明確提到政府和社會資本合作模式是“由社會資本提供公共服務，政府依據公共服務績效評價結果向社會資本支付相應對價，保證社會資本獲得合理收益。”。可見，政府付費實際上是政府與項目公司之間的服務與價值的等價交換，對政府而言是政府購買服務的支出，對項目公司而言，則是獲得的服務收入。
2、項目公司對獲取的政府付費應該按照提供的服務類型去適用相應的稅目與稅率
政府付費既然是政府購買服務的對價支出，對項目公司而言，就是提供服務獲得的營業收入，其適用什麼稅目稅率，應根據提供服務的類型予以確定。比如，項目公司提供垃圾處理服務，則按照垃圾處理勞務適用16%的稅率繳納增值稅，且享受三免三減半的企業所得稅稅收優惠；再如，高速公路項目，應按照不動產經營租賃服務適用10%增值稅率，且享有三免三減半的企業所得稅政策優惠。
3、實務中對政府付費適用稅目稅率差異及其存在的問題
（1）實務中對政府付費定性及適用稅目稅率的差異
① 將政府付費全部按照現代服務業，全額徵收6%增值稅。
② 按照貸款服務就政府付費超出本金的利息收入（核算上計入“財務費用-利息收入”的貸方）徵收6%增值稅。
③ 按照老項目採用簡易計稅法計稅。
④ 按照代轉付平移法計稅，即：把政府付費總額中按照建設施工、拆遷、勘察、設計、諮詢等成本支出對應金額進行拆解，這部分款項是項目公司代政府支付給建設施工、拆遷、勘察、設計和諮詢等單位，金額和稅率進銷一致，相互抵減，無需納稅；超出以上成本的政府付費，則按照6%計繳增值稅。
⑤ 認為是財政撥款，不徵收增值稅，但徵收企業所得稅。
⑥ 稅款另算。即計算項目和社會資本收益時不包括任何稅金，未來項目運行時實際需要繳付稅金，另行計算並由政府承擔。
⑦ 按照項目所處行業、領域以及提供的服務類型計繳增值稅。
以上所有的企業所得稅，則按照項目類型確認稅率和優惠政策計繳。
（2）存在的問題與建議
① 問題
1. 政府付費計繳增值稅和企業所得稅，加重了地方政府財政負擔。因為“羊毛出在羊身上”，項目公司或社會資本方是需要獲得一個合理的收益，政府付費計繳的稅金，最終還是要由地方財政增加支出，否則社會資本方收益就要低於合理水平。
2. 政府付費計繳增值稅和企業所得稅，政府付費計稅實際上是地方財政補貼中央財政，而不是“地方政府財政左口袋出，地方稅收右口袋進”。因為增值稅為中央與地方共享（中央75%，地方25%），除鐵路運輸、國家郵政、中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國建設銀行、國家開發銀行、中國農業發展銀行、中國進出口銀行以及海洋石油天然氣企業繳納的所得稅歸中央收入外，其他行業企業所得稅也屬於中央與地方共享。
3. 除不徵收增值稅或按照項目所處行業提供服務類型徵稅外，採用其他計稅方式，存在三點不合理之處。
一是人為抹除了行業服務類型的差異。比如汙水處理和市政道路，隸屬於不同的行業，它們的建設內容不同、運營所需的原材料不同、技術要求不同、服務方式也不相同，如果都將政府付費按照貸款服務定性計繳增值稅，則服務內容的行業差異也就不存在了，這顯然與理不通。
二是採用貸款服務計稅，則與國家採用PPP模式轉移緩解政府債務的初衷相違背。地方政府採用PPP模式前是通過平臺公司進行項目建設與貸款，採用PPP模式後如果依然採用貸款服務計稅與金融資產核算模式，地方債務數額依然不減，只不過原來是直接面對銀行借款，現在變成了對PPP項目公司借款了，且一般項目公司或社會資本方也不具備金融貸款服務的經營資格。
三是導致同一資產提供的可用性服務，卻出現不同的服務定性和不同稅率標準。比如，增值稅徵繳方面，對使用者付費不足而採用可行性缺口模式的高速公路項目（新項目），一部分收入來自來往車輛的通行費，按照不動產經營租賃10%稅率計繳增值稅，而另一部分來自政府支付的缺口性補貼，則按照金融資產的貸款服務6%稅率計繳增值稅。但實際上高速公路運營期間，所能提供的就是保證公路的可用性，提供經營性租賃服務，缺口性補貼定性為租賃收入，只不過因租賃費（通行費）不足而由政府補足，因此，應一併按照10%計稅似乎更為合理。而對於企業所得稅，則又將通行費收入與政府缺口性補助合併（當然要與加油站等收入分開），按照公共基礎設施項目採用三免三減半方式計繳企業所得稅，與將缺口補助按照貸款服務又前後矛盾了。
4. 容易出現政府付費與政府補助及不徵稅收入相混淆
由於政府付費（包括缺口性補助）在財金[2015]21號中表述為運營補貼缺口性補助，與政府補助及不徵稅收入容易混淆，原因是它們都有共同的特徵：來自於政府財政資金。但是，實質上政府付費與政府補助和不徵稅收入存在本質區別，體現在是否無償性上，政府付費是政府購買項目產品或服務的所支付的價款，是有償的價值交換行為，而政府補助和不徵稅收入則是為了支持企業發展給予的無償資金撥付。
按照《企業會計準則16號-政府補助》的定義，政府補助是企業從政府無償取得的貨幣性資產或非貨幣性資產，包括財政撥款、即徵即退、先徵後返（退）等方式返還的稅款、行政劃撥的土地使用權、貸款貼息、價格補貼等 ，但不包括政府作為企業所有者投入的資本。除直接取得資產方式的政府補助外，如政府補助應該還包括直接減徵、免徵、增加計稅抵扣額和抵免部分稅額等，只不過直接減徵等方式無需進行專門的會計核算處理，企業增加的收益直接體現在賬務和報表之中。
而企業取得的不徵稅收入則需要滿足特定條件，根據《財政部 國家稅務總局關於專項用途財政性資金企業所得稅處理問題的通知》 (財稅[2011]70號)的相關規定：企業從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，只有同時符合以下條件的，才可以作為不徵稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：
i. 企業能夠提供規定資金專項用途的資金撥付文件；
ii. 財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；
iii. 企業對該資金以及以該資金髮生的支出單獨進行核算。
需要注意的是，不徵稅收入用於支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用於支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
另外，企業將收到的符合條件的財政性資金作不徵稅收入處理後，如果在5年（60個月）內未發生支出且未繳回財政部門或其他撥付資金的政府部門的部分，應計入取得該資金第六年的應稅收入總額；然而，計入應稅收入總額的財政性資金髮生的支出，是允許在計算應納稅所得額時扣除的。
現階段政府付費、政府補助和不徵稅收入的納稅差異見下表：
② 建議
1. 按照行業和服務類型確定適用的稅目和稅率執行
這樣既符合業務本身特點，又可以避免同一項目服務前後納稅定性矛盾問題，還可以避免出現貸款服務那樣不能緩解政府債務的窘境。
2. 儘快出臺政策明確政府付費是否免稅或不徵稅政策
如果明確政府付費免稅或或不徵稅，則既減少地方政府財政負擔，避免政府付費與政府補助、不徵稅之間容易混淆造成納稅錯報的風險，同時也避免瞭如採用原財金[2015]21號文公式中稅金無從列支的問題，否則，要麼提高折現率，要麼增加納稅調整參數，即分子再乘以（1+綜合稅率），此綜合稅率通盤考慮增值稅和所得稅影響。
3. 加強與當地稅務部門溝通，採用適當的納稅認定，合理承擔稅負，降低稅務風險。
三、計算政府付費公式中的成本基數與增值稅進項稅額的關係
計算政府付費的建設成本與運營成本，是否包括增值稅，對項目公司是否獲得的政府付費是否可以獲得合理利潤率，具有關鍵的影響作用。比如運營支出採購總額100萬元，其中獲得10萬元增值稅進項稅，合理利潤率8%，銷項稅率10%，績效考核係數為1，則：根據原財金[2015]21號文計算公式，如果按照90萬元的運營成本（會計上扣除10萬元增值稅進項稅）計算出的政府運營績效付費=運營成本*（1+合理利潤率）*績效考核係數=90*（1+8%）*1=97.2萬元，再考慮扣除銷項稅後的收入=97.2/（1+10%）=88.36萬元，則虧損=收入-成本=88.36-90=1.64萬元。如果按照含進項稅的100萬元作為運營成本計算基數，則運營績效收入=100*（1+8%）*1=108萬元，扣除銷項稅後的收入=108/（1+10%）=98.18萬元，獲利=98.18-90=8.18萬元，利潤率=8.18/98.18=8.33%，基本上等於設定的合理利潤率8%，符合項目政府付費保障合理收益的真實要求，而採用不含稅成本計算出的政府付費，顯然十分不含要求。
可用性付費建設成本的基數取值實際上與運營成本道理相同，只是計算更為複雜。
四、政府付費或缺口性補助模式下社會資本獲得政府讓渡分紅的納稅問題
1、政府讓渡分紅，有兩個原因：
一是如果要分紅，地方政府得不償失，造成多交稅金，且是以地方財政補貼中央財政。在政府付費和可行性缺口模式下，政府分紅，勢必降低社會資本合理收益率，在合作期限不變的情況下，必然要求政府提高合理利潤率或折現率等，以增加的政府付費額度來支付政府分紅，從而保持原來的收益水平不降低。這種情況下的政府分紅，實際上是地方政府自己是吃自己，並未真正獲得分紅好處。而且得不償失，以地方財政補貼中央財政。因為分得的紅利小於地方政府給項目公司增加的付費金額，因為分紅是稅後收益，是在繳納了增值稅和所得稅等稅金後的金額，這些稅金和分紅實際上都是由地方政府財政承擔。雖然地方政府可以通過增值稅和所得稅取得一部分稅收，但因為增值稅和所得稅是中央與地方共享稅，增值稅中75%和部分企業所得稅屬於中央財政收入。
二是要麼延長合作期限，以補足因政府參與分紅導致的社會資本合理收益的下降。
2、社會資本獲得的政府讓渡分紅，不應該納稅。
原因有兩個：
一是根據稅法規定可以免稅。稅法規定，企業因權益性投資從被投資方取得的分紅收入，本身性質上屬於企業所得稅的應稅收入，但如果是《企業所得稅法實施條例》第八十三條符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，可以享受免稅。
《企業所得稅法》第二十六條規定，企業的下列收入為免稅收入：（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；《企業所得稅法實施條例》第十七條規定，企業所得稅法第六條第（四）項所稱股息、紅利等權益性投資收益，是指企業因權益性投資從被投資方取得的收入。股息、紅利等權益性投資收益，除國務院財政、稅務主管部門另有規定外，按照被投資方作出利潤分配決定的日期確認收入的實現。
第八十三條規定，企業所得稅法第二十六條第（二）項所稱符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，是指居民企業直接投資於其他居民企業取得的投資收益。企業所得稅法第二十六條第（二）項和第（三）項所稱股息、紅利等權益性投資收益，不包括連續持有居民企業公開發行並上市流通的股票不足12個月取得的投資收益。
社會資本投資項目公司，符合上述要求，因而免稅。
二是可以縮短合作期限，儘早實現項目移交，政府可以儘早獨立運營項目，更好的獲得項目經濟社會效益。
五、資產殘值與項目期滿移交納稅關聯問題
根據現有政策，PPP模式都有合作期限，期滿一般都是無償移交資產或股權。因此，無論採用金融資產、無形資產還是固定資產（BOOT方式下）核算方式，資產成本在合作期內應該攤銷完畢，儘管實際上項目資產依然具有很好的使用價值。否則，留有殘值，既影響運營期每年的利潤總額和應納稅所得額，造成多交企業所得稅，而且還造成期滿移交時需要對資產賬面價值進行處理計算移交盈虧，使得本已繁瑣的移交工作更加繁瑣。
六、項目公司與社會資本方稅負籌劃的特殊性
PPP項目一般情況下社會資本方既是項目公司大股東，也是施工方，社會資本方與項目公司不僅是投資關係，而且二者在增值稅上也存在關聯性。社會資本方施工收入的銷項增值稅，就是項目公司的進項稅，二者此消彼長，因此，納稅籌劃，不能只看一方稅負，而要統籌考慮稅負，結合雙方銷項稅率、進項稅等因素，測算整體稅負，選擇有利的納稅方案。
1、僅考慮施工企業的稅負平衡的納稅方式選擇
例：20%利潤，200含稅銷售額，成本佔比80%，可抵扣進項稅佔成本比例為X，則：
（1）一般計稅：稅額=200/(1+10%)*10%-200*80%*X
（2）簡易計稅：稅額=200/(1+3%)*3%=5.83
（1）=（2）推出X=7.72%
即：只要施工單位進項稅佔成本比例大於7.72%，則其採用一般計稅較為合適，反之則反之。
注意點：實際項目利潤率不同，以及取得進項稅專用發票的多少，以上方式比例都可能不同。
但是，這種方式只考慮了施工單位一方費稅負情況，在施工單位和項目公司統籌情況下，未必如此。
2、統籌施工方和項目公司稅負情況的納稅籌劃
例：旅遊公司PPP項目，總投資20億元，其中建設投資14億元，施工由社會資本方實施，假設施工企業測算出一般納稅情況下的稅負為5%，項目公司總營收20億元，則：
（1）施工企業選擇一般納稅
施工企業增值稅=14/（1+11%）*5%=0.63（億元）
項目公司增值稅=20/（1+6%）*6%- 14/（1+11%）*11%=1.13-1.39= -0.26（億元）
（2）施工企業選擇簡易計稅：
施工企業增值稅=14/（1+3%）*3%=0.41（億元）
項目公司增值稅=20/（1+6%）*6%- 14/（1+3%）*3%=1.13-0.41=0.72（億元）
兩企業合計納稅=0.41+0.72=1.13（億元）
可見，第二種方式，雖然從施工企業單個角度考慮少納稅0.22億元（=0.41-0.63），但總體上卻比第一種方式卻增加了0.5億元（=1.13-0.63）納稅支出 。
因此，PPP模式稅收籌劃，需要綜合考慮社會資本、施工單位及項目公司的關係、總包與分包方式、各自的銷項稅率、進項稅額和計稅方式等因素。
如果項目公司銷項稅率較低，適用6%（如旅遊項目）或即徵即退（如垃圾發電）下，選擇甲供或施工單位選擇一般計稅，可能有利。在項目公司銷項適用16%或10%情況下，選擇甲供或簡易方式不利。
3、有無專票或發票對單一企業稅負影響。
如果施工方與社會資本方不是同一企業，則稅收籌劃方可以僅僅考慮自身稅負即可。比如，就有無專票或發票情況，對稅負的影響如下：
假設從一般納稅人處採購，能獲取16%進項稅專用發票，含稅採購價為100元；對比如下
① 從適用10%一般納稅人處採購，含稅價格低於94.83元時可行；否則16%更有利；
② 從小規模納稅人處採購（代開3%的發票），含稅價格低於88.79元時，採購可行；
③ 取得普通發票，含稅價格低於86.21元時，採購可行；
④ 無法取得發票，價格低於64.66元時，採購可行，否則，仍然從16%一般納稅人處採購更合適；
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