混元功源於《易經》。“兩”字數也，“儀”字威也。“混元”乃陰陽五行，宇宙萬物天然的融合，是天道、地道、人道的結合，集內氣功、養生、醫術為一體，是人類與疾病抗爭的智慧結晶，並依中醫的生理學、氣學、推拿學、經絡學、病理學為基礎，激發人體內在的潛能，調節內分沁，得到人體內部的陰陽平衡。使人們健康長壽。也是練混元功法、療法多年的經驗之談。
一、陰陽五行學說
根據現代科學、歷史學家的研究，陰陽五行學說大約是產生於春秋時代，陰陽學說稍早於五行學說。
陰陽五行學說在歷史上有著巨大的中醫、氣功進步意義，曾經動搖的古代的神權迷信思想，並一直引導人們更多地從一切事物內部和相互關係中來尋找萬物變化發展的道理，例如，對於精神分裂症病（狂病），迷信的僧、道、巫都認為是由於鬼神附體，他們用唸咒化符，送神打鬼的辦法來治。絕對不可能治好。在接受了陰陽學說以後，醫學家們就認為狂病和鬼神根本無關，而是由於身體內部陰陽不調和的關係，認為是“重陽者狂”，“陰並於陽則狂”也就是說，狂病和體內的陽氣過盛有關。在這個理論指導下，運用氣功、藥物消除了過盛的陽氣。治好了病，這樣自然而然就直接打擊醫學中的神權迷信思想，同時陰陽學說起了更現實的意義。
後來，雖然也有一些唯心的成分摻雜其中，使有些內容被蒙上了神秘和玄妙的色彩，但其樸素的唯物部分，卻始終在醫學中起到真正的指導和實踐作用。
二、陰陽學說
陰陽學說在混元功、中醫理論體系中是貫串於各方面的指導性理論之一，各項理論都離不開陰陽，在醫書中常常可以碰到有關陰陽的術語，如：陰液、陽氣、腎陰、肝陽、陰虛、陽亢、陰邪、陽邪、陰證、陽證、補陰、補陽……等等。如不懂得陰陽學說，整個中醫理論體系便無法理解和掌握。
陰陽學說，就是用陰陽來解釋宇宙一切事物的學說，古人認為：陰和陽是代表互相對立而又統一的兩個概念，任何互相對立而又統一的概念都可以用陰陽來代表，具體來說：陰陽可以用來代表互相對立的物質、性質、部位、狀態、運動以及形狀、時間、方向……等等。代表物質的如：水和火、血和氣；代表性質的如：強弱、寒熱、輕重等；代表部位的如：內、外、上、下等；代表狀態的如：動靜、快慢等；代表運動的如：上升、下降、化氣、成形等。其中必有一方屬陰，一方屬陽。
無論任何互相對立而又統一的事物都可以有陰陽來代表。由於宇宙間一切事物都是對立的整體，因而陰陽學說可以用來解釋宇宙間的一切事物。
在相互對立的事物中，哪一方面屬陰，哪一方面屬陽，也有著一定的規律，不論任何事物屬陰或屬陽就決定於事物本身內在的特性。事物分屬陰陽的規律，大致來說凡是具有熱的、動的、興奮的、強壯的、明亮的、無形的、輕的、在上的、在外的、向上的、向外的、增長的、積極的……等等特性的事物都屬於陽。與此相對，凡是具有寒冷的、靜的、抑制的、虛弱的、昏暗的、有形的、重的、在下的、在內的、向下的、向內的、減退的、消極的……等等事物都屬於陰。
不過事物內在的特性是多方面的，因而陰和陽的判別也不是絕對的，所以不能固定機械的來看，同一樣東西和這一事物配對時屬陰，和另一事物配對時又可以屬陽，例如：拿胸和背來說，胸屬陰而背屬陽，但胸和腹配對時，則胸在上屬陽，腹在下屬陰。因為前者是說明其胸背問題，後者說明其上下問題。對比的情況不同，因而就可能有不同的屬性，其次一個屬陽的東西並不等於其中的所有的一切都屬於陽，在屬陰的東西中可以再分出陰陽來。以臟腑為例，髒屬陰而腑屬陽，腎為陰的五臟之一，但腎又可分為腎陰和腎陽兩部分，腎陰就稱為“陰中之陰”；腎陽就稱為“陰中之陽”。胃為屬陽的六腑之一，也包括了胃陰（即陽中之陰）和陽（即陽中之陽），這就是所說的“陰中有陽，陽中有陰”的意思。另外，陰和陽又是互相依存的，沒有陰就無所謂陽，沒有陽也無所謂陰。古人稱這種關係為“孤陰不生，獨陽不長”。所有這一切，都說明了陰陽對立不是絕對的，而是相對的。
陰陽之間還有互為消長的關係，也就是說陰衰弱時，相對的會表現出陽強的現象，陽衰弱時，相對的也會表現出陰盛的現象，即陰和陽所代表的是兩個互相對立而又統一的概念，並不是固定的指某兩種東西，而是可以代表一切相對立而又統一的概念，這一點和“矛盾”存在於一切事物中的概念是近似的。
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