首先我們要明白，當前的大部分生態環境還是趨於平衡的，因此某種生物突然消失其實極大可能帶來對生態系統的衝擊。
如果蚊子滅絕，那麼水生生態中非常重要的蚊子幼蟲也會小時。許多其他昆蟲和小魚在它們身上食用，食物來源的喪失也會導致它們的數量下降。任何以它們為食的東西，比如野味魚，猛禽等等，都會受到影響。
事實證明，如果科學家們確實找到了徹底消滅蚊子的方法，那麼它會造成明顯的環境問題。例如，以北極凍原為例，其中有幾種蚊子種類特別豐富，併為候鳥提供食物。如果蚊子被淘汰，該地區的鳥類數量可能會下降一半以上。一些科學家預測，世界各地的許多魚類都有類似的命運，這些魚類需要適應其飲食生存。這種情況對於專門的捕食者來說特別困難，比如蚊子。事實上，如果蚊子消失了，以其為食的魚類就會減少，這可能會在整個食物鏈中造成連鎖反應。
然而，一些科學家預測，雖然有些動物會餓，但這不會造成災難。大多數人最終會適應其他獵物，生活將繼續 - 沒有蚊子傳播的疾病。例如，瘧疾每年造成約100萬人死亡，每年還有2.46億人患病。即便這樣，快就會有一種新的入侵物種出現並填充它的生態位空白，以便在它們身上鳥類和其他動物可以捕食，但希望它們比蚊子更不討厭和危險。
另外根據某些研究組織表明：蚊子在生物基因突變中起到很大作用，如果沒有蚊子的存在，短時間內會減少人類的疾病，但是對於人類的長期發展來講，人類的免疫系統會根據疾病的減少而變得脆弱。同樣由於疾病的減少影響人類的進化。
事實上，除非出現非常嚴重的突發公共衛生事件，蚊子需要被完全消滅，但不要必要的生態破壞（排幹沼澤地/溼地，在廣泛區域使用殺蟲劑）以及嚴格的監管執法，這樣根除蚊子本質上反而是有點不值得了。
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