蕭亞軒出道多年一直緋聞不斷，因為喜歡與比自己年齡小的男生交往，而且交往過的鮮肉很多，所以被譽為“鮮肉收割機”。蕭亞軒和小三歲的王陽明是在孫芸芸的派對上認識的。兩人戀情維持了3年，蕭亞軒還拒絕了章子怡的邀約，放棄了《藝妓回憶錄》分手後還曾短暫複合，但最終因性格不合，難以為繼。
2006年的時候和李安卓是通過拍MV認識的，當時蕭亞軒和小5歲的混血男模李安卓打得火熱，期間不但有媒體拍到兩人當街熊抱接吻，還傳出兩人共赴泰國曼谷度假消息。
2010年，蕭亞軒跟小9歲小鮮肉周湯豪傳出緋聞，兩人曾經被週刊拍到秘密約會之後女神卡卡到日本開演唱會，蕭亞軒與周湯豪也被目擊在原宿街頭逛街、約會。在談到與周湯豪的緋聞時，蕭亞軒曖昧不明地說，“他是好朋友之一，會不會考慮他喔？我覺得，一切就讓上天去決定吧！”
2010年8月，蕭亞軒與小8歲的香港男模梁耀基於夜店相識，隨後發展成戀情。蕭亞軒不但PO出兩人合影，並留言“真正的男人有著雄厚的肩膀，挺直的腰桿，他願意信守承諾，沒有謊言自私，只有無盡的愛。”
柯震東和蕭亞軒是最有名的“亞東戀”，這段戀情維持了兩年。直到2014年3月分手，分手後的二人關係緊張，甚至連朋友都做不成。衝動之下更是在網上歷數蕭亞軒N宗罪，令網友大跌眼鏡。在柯震東因吸毒入獄以後，不計前嫌的蕭亞軒給過柯震東鼓勵。
蕭亞軒與石正祥從2014年開始交往，石正祥是吳建豪太太Arissa的二弟，比蕭亞軒小五歲。蕭亞軒是因為參加吳建豪美國婚禮與石正祥相識，但二人當時並無交集。在蕭亞軒與柯震東分手後，石正祥被發現與蕭亞軒一同飛赴韓國，這被外界視作二人擦出了愛的火花。
現在，蕭亞軒的新男友叫做Michael Chen，中文名字是陳樺，年僅24歲只是大學生，曾經參加2016年世界大學高爾夫錦標賽，得到男子團體賽的銅牌。據悉，蕭亞軒會和陳樺認識是靠孫瑩瑩 牽線。巧合的是，蕭亞軒的新情郎Michael與前任美籍男友Michael同名，她 與“無緣的Michael”愛情來得快也去得快，今年3月被曝光戀情，1個月後分手。
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