1937年12月13號，南京城陷時，數以萬計的難民紛紛湧入棲霞寺，希望寺院能夠保全他們的生命。
而棲霞寺裡本來有4個當家，可是戰爭暴發後跑了3個，只留下三當家寂然獨撐大局，寂然主張一定要救難民，甚至還說，“我不入地獄誰入地獄”。 日本追兵很快包圍了棲霞寺，情況變得很危險。這時，寂然帶著他的徒弟月基跟日本人進行交涉。
為了阻止日軍對棲霞寺的騷擾，寂然法師還書寫抗議書，通過丹麥工程師辛德貝格轉交給了約翰·拉貝先生，並翻譯成英語遞交給日本大使，控訴日本軍人的罪行。
有一次一名日本兵喝醉了，闖進寺廟並對著樓上放槍，子彈穿過樓板，打死了躲在那裡的一名小孩。群眾很氣憤，當場將日本兵打死。在日本人眼皮底下殺死日本士兵，這樣一來便惹惱日本軍.眼看這兩萬多難民就要被全部殉葬，寂然法師帶上月基，到日寇司令部交涉，說這個士兵是摔死的，他用智慧圓了這個謊，最終保住了兩萬多人的性命。不過，寂然法師因積勞成疾，於1939年10月12日圓寂，後由弟子們葬於寺後中峰。
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