bpRNA
近日，美國俄勒岡州立大學的研究人員開發出一種被稱為bpRNA的計算機程序，用於註釋RNA的二級結構（單個核酸聚合物或兩種聚合物之間的鹼基配對交互作用），使我們可以更進一步地理解突變遺傳物質與疾病之間的聯繫。
“RNA是生命中最基本的分子之一，我們需要了解RNA的結構，以瞭解它們是如何運作的。許多疾病都與RNA的突變相關，這些突變可能影響了RNA的結構。為了統計分析突變與疾病的相關性，我們需要自動化分析RNA結構。”俄勒岡州立大學的David Hendrix說。
5月20日發表在《核酸研究》上的論文呈現了迄今為止最大和最詳細的RNA二級結構數據庫。
“bpRNA能夠解析RNA結構，包括含有偽節點的RNA，最終會對所有環、莖和偽結點給出一個客觀的、精確的、易於解釋的描述，我們還可以得到每一個結構特徵的位置、序列和鹼基對，bpRNA使我們能夠大規模地研究RNA結構。”
“bpRNA是一個元數據庫，但我們的特殊之處是註釋一切的工具，在沒有辦法以自動化的方式指出所有的結構特徵之前，我們提供了一個顏色編碼的地圖，顯示了所有結構的位置。這些註釋將使我們能夠對RNA結構形成統計趨勢，並可能為機器學習算法打開一扇門，使其能夠以不可能的方式預測RNA二級結構。”Hendrix說。
研究人員已經成功地在10多萬個結構上測試了這個工具，其中很多都非常複雜，有很多偽結點。
“每天都有新的RNA被發現，研究人員在理解它們的功能方面取得了巨大的進步。我們開始意識到，除了信使RNA，基因組中充滿了非編碼RNA，它們是重要的生物分子，對人類健康和疾病有重大影響。”Hendrix說。
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