隨著種植時間的增加，棚內的土傳病害、線蟲等問題發生嚴重，導致蔬菜死棵多發。為了消滅土壤中的病菌、蟲卵、線蟲，很多菜農都會選擇在6—8月份的高溫季節進行悶棚。雖然都是悶棚，有的菜農反映效果很好，也有的菜農反映雖然進行了悶棚但是死棵、線蟲依然發生嚴重，有些菜農甚至反映藥劑悶棚後定植的苗子受了害。
菜農反映的悶棚效果不理想多與菜農沒有掌握好悶棚的細節有關。
悶棚前棚室全面消毒
蔬菜收穫後，菜農一定要徹底清潔田園，將棚內蔬菜的枯枝、落葉、病果、病根等全部清出棚外，燒掉或深埋，更不要亂扔在棚前棚後，以免病菌傳播。雖然上茬蔬菜棵子拔了，但蔬菜上的病原孢子有不少落在了棚裡。拔了蔬菜以後害蟲沒有地方呆了，也隱藏到了牆縫裡、立柱上等地方，等下一茬蔬菜定植上後，一旦條件適宜，它們就對蔬菜造成危害。
建議菜農在整完地後，全棚噴灑阿維菌素混合菌核淨等殺菌劑，牆體、立柱等角落都要噴到。也可將風口關閉後，使用百菌清等煙劑燻棚，因為是空棚，濃度可稍高些。
高溫悶棚結合藥劑處理
土傳病害和線蟲嚴重的棚室可以採用石灰氮、威百畝等藥劑結合高溫悶棚處理。利用6月下旬至7月上旬這段時間進行高溫悶棚15—20天，使大棚通過烈日曝曬後溫度達到70℃以上，土壤溫度達到50℃以上，這樣可有效殺死土壤中的病、蟲、雜草，特別對根結線蟲的防治效果良好。悶棚前可將糞肥提前推入棚中，利用高溫悶棚可殺滅糞肥中大多數的卵、幼蟲、蛹及成蟲。
要想取得理想的藥劑悶棚效果，一定要起大壟整畦後再覆蓋地膜，忌平畦覆地膜。有些菜農反映藥劑悶棚後燻了苗子，這與悶棚後通風時間太短有關。藥劑悶棚後要晾曬10天左右，將棚內的有害氣體排出棚外。
不論是哪種方法悶棚，土壤微生物群落必定遭受了重創，甚至是毀滅性的，因此，悶棚後還需要多施生物菌肥，以構建土壤中有益微生物群落。拱棚進行藥劑悶棚時，可將藥劑減半，只處理畦面即可。
重視甲殼素+有機質悶棚的使用
不論是使用哪種藥劑處理土壤，土壤團粒結構都會受到不同程度的破壞。近幾年來推廣的甲殼素+有機質悶棚的方法，不但能徹底殺滅土壤中的病原菌和線蟲，還能促進土壤團粒結構的形成。連續使用甲殼素可以促進土壤中放線菌等有益菌的發生，更新土壤中有益菌群落，調理土壤微生態環境，配套使用優質的有機質可以減輕土壤鹽漬化、調節土壤酸鹼度，為蔬菜創造良好的生長環境，對線蟲和病原菌有很好的抑制和殺滅作用。
悶棚前將甲殼素、有機質和生物菌肥一起施入棚中，注意多施有機肥，少施或儘量不施糞肥，以防將糞肥中的病菌、蟲卵帶入棚室。
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