手工摺紙坊
我是考研過來者，很高興回答這個問題。我報考時也面臨著重點大學OR普通院校的選擇，最後我選擇了報考重點大學。下面，我談談理由吧。
寫在前面：普通大學是非211，非985；重點大學211，985，或者雙一流大學。我本科讀的是普通院校，全國排名300多，經過努力，初試成績400多分，順利考入重點大學。
平臺高
這麼說吧，重點大學和普通大學讀研就相當於同時登上一趟列車，前者坐軟鋪，後者坐硬座，前者一路欣賞風景，後者一路顛簸疲憊，下車後前者住商務賓館，後者住旅店。
資源好
教育資源分為兩類，金錢資源和教師資源。金錢資源，重點大學的學生只要不掛科，基本每人每年都可以拿到國家助學金，國家勵志獎學金名額也很多，另外還有很多名企的獎學金，名人建立的獎學金，有的學生甚至拿到三項獎學金；普通大學就不用說了，各項獎學金名額有限。教師資源，重點大學的導師都是各領域的專家，教授，具備前沿的專業知識，擁有國家實驗室，最主要的是人脈資源，而普通大學的導師忘塵莫及了，當然普通大學也有部分牛人。
出路好
①就業率高，很多企業在招人時限制非985，211勿投簡歷，重點大學的碩士生選企業，而普通大學碩士生被企業選。
②直博機率高，26%的重點大學碩士生可選擇直博，而普通大學直博機會很少。
③出國留學比例大，在重點大學時有很多留學機會。
氛圍好
一是學習氛圍濃厚，重點大學的學生是“我要學”，平時重點大學的圖書館和學習室人都是滿的，有時得需要提前佔座，而普通大學的圖書館、學習室就寥寥無幾了。
二是學術氛圍濃厚，重點大學經常會有很多大師，大牛來做學術報告，平時學校組織很多學術辯論賽。
清爽自然465
區別很大的，重點大學是985和211的指稱這樣好區分，普通大學也就是“雙非”院校吧。我談談自己的看法！
重點院校:
第一、環境好。這裡的環境好，不僅指的是校園環境好，更是學習環境好，人文氣息濃厚！你想你在一群學霸的中間，他們都在學習，你一個人在那裡玩遊戲，我估計你都玩不下去。你在睡覺，他們也在學習，這就逼的你不得不學習。圖書館每天爆滿，隨時要搶座位，去的遲了就沒有了。讀研是為了儘可能的提高自己，你每天跟學霸混在一起，想不提高也難。
第二、資源多。不論是師資，還是學習資源都很多。你想想每天上課的都是你這個專業方面的權威專家，你是怎麼樣的感受，而且定期還有為研究生專門召開的講座和學術沙龍，你有大把的資源可以利用。再者學習資源也多，寫論文的資料在圖書館都可以找到，那是一件幸福的事。
第三、機會多。對於那些想考博或者想出國的同學，那機會就多了。好多985和211高校和全球好多高校都有聯合培養的名額，而且名額也不少，只要你努力學習，那就有機會。再者，想考博的同學，你的導師都是某一方面的大牛，都是博導，你考他的博士，那比別人要容易的多吧，或者他推薦你去讀那個大牛的博士，比你自己辛苦的找老師要簡單的多吧。
第四、位置好。大多數重點高校都是教育部直屬高校而且大都坐落在每個省的省會城市，這樣考過去，幹什麼都方便一些。當然個別高校除外。但大多都處在一個比較好的地理位置，一二三線的城市也比較多，交通也比較方便。
第五、前景好。好多普本的同學都考985和211高校的研究生，因為重點高校出來的研究生確實要比我們普通高校出來的研究生更具競爭力，這是事實。所以，每年的重點高校報考的研究生人數也超多，這是一個很普遍的現象。
當然，蘿蔔青菜，各有所愛吧！就像我，沒什麼大志向，也是一個掙扎在普通高校的研究生。這樣壓力稍微小點，我也喜歡這種稍慢節奏的生活。別以為在普通高校讀研就委屈了你，我覺得這裡也同樣可以很精彩，我也覺得自己過得很充實。所以，都是在追夢，未來會怎樣，誰都不知道！
菜鳥磚家
不知道題主的重點和普通是通過什麼來界定的，姑且按照211和985稱之為重點吧，非211的稱之為普通的大學。
要論區別，首先看看這兩個工程分別是什麼情況：
985工程
211工程
“211工程”，即面向21世紀、重點建設100所左右的高等學校和一批重點學科的建設工程，於1995年11月經國務院批准後正式啟動。“211工程”是新中國成立以來由國家立項在高等教育領域進行的規模最大、層次最高的重點建設工作，是中國政府實施“科教興國”戰略的重大舉措、中華民族面對世紀之交的中國國內外形勢而作出的發展高等教育的重大決策。目前有112所
背景介紹完了，這兩個工程將中國絕大部分比較優秀的大學涵蓋進來了。下面說說影響：
1.教育部每年都會給這些學校撥相應的經費，地方政府還會有相應的配套經費。有錢了以後就可以購買相應的儀器設備，改善硬件設施，改善教職工的待遇，增加獎助學金的設置。研究生主要是做研究（理工科），必然會燒錢，這些學校佔據了天然的優勢。巧婦乃為無米之炊，所以讀研究生一定要去有錢的學校，有錢的學院，有錢的課題組！！！ 
2.師資力量
擇良木而棲。優秀的學校吸引了大批留學歸國的優秀教師，補充了新鮮血液，而這些學校的基礎本來就比較好，因此好的學校會越來越好。
3.生源
高分考生都流向這些高校（高考至少證明了這些學生很努力）。這些學生很多成為了這個社會 的精英，在這些學校就讀成材率要高一些，而且擁有了豐厚的校友資源。
綜上所述：在重點大學讀研可以享受到更好的師資，硬件設施，隊友，平臺眼界會高一些，對以後的就業有一定的優勢。但是凡事無絕對，都要看自己的努力，成績只能代表過去，路還很長，在普通的大學裡面也能夠通過自己的努力創造一番成就！向上吧！少年!
