許多人都意識不到睡眠和慢性疾病的關係。睡眠是基礎，睡眠不好會引起生物節律的改變及激素的異常。睡眠問題還與高血壓、糖尿病、肥胖等慢性疾病有著密切的聯繫。
睡眠與高血壓
長期失眠會導致血壓異常波動甚至高血壓。長期失眠的人群存在一種生理性高覺醒的狀態，這種狀態的生物學基礎是由於下丘腦-垂體-腎上腺軸以及交感神經系統的激活，且這些改變也是患者發展成為高血壓的根本原因。入睡困難是影響高血壓發生的最為關鍵的睡眠問題之一。
有報道稱，如果躺在床上14分鐘還沒入睡，那麼發生高血壓的風險就會增加3倍，若是躺在床上17分鐘還沒睡著，那麼高血壓的發生風險就會增加4倍。其他的睡眠問題，如早醒、睡眠片段化、醒後仍有疲憊感等也會造成血壓的異常波動，長期睡眠紊亂容易導致高血壓的發生。
此外，睡眠呼吸暫停綜合徵患者高血壓的患病風險遠高於正常人群，可能是由於睡眠呼吸暫停綜合徵的患者往往合併肥胖，而且肥胖和睡眠時的呼吸暫停會相互影響，從而提升了發生高血壓的患病風險。
睡眠與冠心病和腦卒中
大量臨床資料證實，睡眠不好會增加冠心病、心律失常等心血管的發病率，如果原來有這些病史或家族史的患者，在受到失眠或睡眠不足的干擾後，病情可能會加重。
研究顯示，每天睡眠時間不足5小時的人，患心絞痛、冠狀動脈性心臟病和腦卒中（中風）的風險是有正常睡眠時長（一般指7~8小時）的人的1.2倍以上；而睡眠時間在5~7小時的人也同樣易患心血管疾病。睡眠不足導致的內環境紊亂會破壞心肌細胞和血管內皮細胞的活性，造成心肌損傷和心臟供血不足。
此外，在長期睡眠不足的基礎上，若還存在其他睡眠問題，如入睡困難、睡眠維持困難、早醒等，心血管病發生的概率將會成倍增加。
睡眠與糖尿病
美國糖尿病學會研究指出，缺乏足夠的睡眠可導致機體對胰島素的敏感性降低，長此以往會增加糖尿病的風險。
事實上，每晚睡眠時間少於6.5小時，會產生胰島素抵抗，與衰老、飲食不節制、慢性壓力、不健康的生活方式一樣，都是2型糖尿病的危險因素。此外，睡眠不足亦會影響激素分泌及新陳代謝，也可能會增加糖尿病的患病風險。
睡眠與肥胖
最近的科學研究發現，除了飲食結構的改變外，缺少睡眠也是導致肥胖的一個重要原因。
因為缺少睡眠，入睡時間晚，會破壞人體生物鐘節奏，降低身體的新陳代謝，導致熱量消耗率降低，熱量的消耗與攝入不能再維持平衡，多餘熱量就會轉變為脂肪儲存在體內，從而引起肥胖。此外，睡眠時間不足導致胰島素功能異常，也是造成肥胖的一個重要因素。
睡眠與抑鬱焦慮
慢性抑鬱或焦慮都是心理不正常的表現。失眠患者出現抑鬱的概率高達20%，是抑鬱症發生的預測和危險因素，通常表現為總睡眠時間的縮短、睡眠中清醒次數的增多和早醒。
焦慮障礙患者最常見的睡眠異常是失眠，主要表現為入睡困難和睡眠難以維持。流行病學提示，診斷為失眠症的患者中約有30%共病有焦慮障礙。
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