咸豐和同治年間，是清王朝成立以來最危險的時候，內部主要有四股反清勢力：太平天國運動席捲大半個中國，嚴重動搖了清王朝統治；中國西北也危在旦夕，英國、沙俄覬覦新疆，中亞浩罕汗國軍事頭目阿古柏在英國支持下率大軍入侵新疆，在這裡建立偽政權，沙俄入侵伊利；捻軍在安徽、山東、河南、江蘇四省也發動起義；另一個事件，影響力也非常大，但常常不被人重視或提起，它就是同治回亂（1862-1873）。
同治回亂，歷史學家把它定義為於同治年間發生在陝西、甘肅、寧夏、青海等西北地區的一場反清起義，是一場義舉。然而，這次回亂卻並不簡單，其重要性甚至可以與太平天國運動相比較，因為持續時間長達11年，死亡人數超過2500萬人。在西方史學家眼中，同治回亂被稱作“東干戰爭”。
自唐朝開始，信奉伊斯蘭教的阿拉伯和波斯的穆斯林商人陸續由海路來華，並在中國定居，娶妻生子，繁衍後代，如今回族是我們五十六個民族之一，目前人口有1000萬。
18世紀，甘肅的穆斯林神職人員在阿拉伯半島的麥加朝覲期間接受並學習了新的伊斯蘭教理論，引入伊斯蘭神秘主義教派蘇菲派（al-Sufiyyah），回到中國後積極傳播，並在中國西北迴民中創立了虎夫耶和哲合忍耶教派，稱為“新教”教派，得到廣大穆斯林的熱烈歡迎與支持，這是陝甘回亂宗教屠殺的精神武器。
到乾隆時期，穆斯林中出現了一種政教合一的門宦制度，上有教主、道堂，下有清真寺，教主一呼百應，教徒惟命是從，規模也達到空前，這引起了朝廷的警惕。另一方面，由於土地兼併和政治腐敗，回民和清政府、漢人之間矛盾越來越嚴重，為了防範穆斯林叛亂，清政府對回民實行了嚴酷統治，回民遭到清政府歧視和排斥，因此激起了西北迴民的激烈對抗，直接後果就是回族和漢人之間的瘋狂屠殺。
1862年，回亂首先在陝西爆發，從雲南回民起義回到陝西華縣的兩名穆斯林阿訇——任五和郝明堂，率先組織陝西回民向清廷發動戰爭，目的是在中國西北建立一個穆斯林國家。
當時因為清廷在陝西防守空虛，部隊被調往鎮壓太平天國，陝西巡撫只好派遣陝西團練大臣、同治皇帝的老師張芾去勸說回民，緩解壓力，想盡一切辦法冰釋前嫌。剛開始勸說還算順利，但突然發生了一件令人震驚的事情，任五和郝明堂宣佈在張芾轎子裡發現了一張紙條，上書“秦不留回”，意思是陝西人要殺光回民。一時間，回民群情激昂，他們抓住張芾，對他嚴刑拷打七天七夜，還逼其承認“朝廷要殺光回民”，七日後張芾被斬首示眾，堂堂同治帝帝師，就這樣稀裡糊塗的死於回民之手。
“秦不留回”其實是任五和郝明堂故意栽贓，目的是為了挑起回民與朝廷對抗。
緊接著任五和郝明堂組織了陝西30萬回民，在關中針對漢民族展開了慘絕人寰的大屠殺。清政府緊急調動河南提督成明率8000人支援陝西，不敵，又急調勝保從京師出3萬人增援陝西，因屢戰屢敗勝保被慈禧賜死。接著又急調荊州將軍多隆阿增援陝西，才把陝西回民趕到甘肅東部。
寧夏的馬化龍是回民之亂的領袖，他祖父和父親是哲赫忍耶蘇菲學派的第三代和第四代教主，馬化龍祖父曾被清廷以“夜聚明散”為由抓捕，後來被折磨致死，馬化龍年少時生活貧苦，長大後成為第五代教主。在陝西、甘肅、雲南回民起義時，馬化龍在寧夏也發起回民叛亂，併成為西北迴民叛亂指揮中心。
西北迴民後來組建18大營回民民兵。18營回民繼續在甘肅、陝西與清軍對抗，同時大規模屠殺漢人。這18營中有個很出名的人物，他就是白彥虎，在甘肅33次大屠殺中，他參與了29次。
直到1866年，太平天國運動平定後，清政府度過了最嚴重的危機，得以抽出身來鎮壓西北迴亂，清廷調閩浙總督左宗棠為陝甘總督、欽差大臣，督辦陝甘軍務。
1868年底，左宗棠率10萬大軍，兵分三路進攻甘肅，鑑於回民對漢民族的大屠殺，左宗棠對回民也採取了非常的鎮壓手段。左宗棠前後用了5年時間，直到1873年才徹底平息了西北迴亂。
在回民之亂中，總共死亡人數超過2500萬人，其中2000萬（一說2200萬）漢民族被回民屠殺，回民也被漢民族和清軍殺死了500萬人。
馬化龍投降清軍，鑑於其影響力被左宗棠處死，白彥虎逃到新疆，投靠阿古伯勢力，後來在左宗棠收復新疆時打敗白彥虎，白彥虎帶領回民幾千人逃到中亞，在這裡落地生根，100多年來，這些人依然保留舊習俗，說陝西話。
甘肅河州回民領袖馬佔鰲於1871年投降左宗棠，左宗棠非但沒殺他，還給他封了官職，並任其保留部下武器等，馬佔鰲集團得以在甘肅割據下去，這就是後來的西北五馬的由來，這股盤踞勢力久居西北70多年，直到1949年我人民解放軍一野進軍大西北，在彭德懷的鐵鉗猛攻下，才土崩瓦解。
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