太平天國戰爭主要在江蘇等五省內進行，1851年江西、湖北、安徽、江蘇、浙江五省估算人口數按照葛劍雄的說法是一億七千萬，1911年五省總數僅有一億餘人，數量減少起碼6500萬人。
周武指出，人口大量死亡由於清軍和太平軍的戰亂，“許多史料顯示太平軍在一定程度上同情窮人，有時甚至寬容富人，而曾國藩和他的同僚們則堅持主張將太平軍斬盡殺絕，即使對投降者和俘虜也不例外。”
以下為人口銳減的主要人為原因：
太平天國戰爭，太清雙方展開拉鋸戰，在浙江等地人民被迫蓄髮，但清軍收復以後對蓄髮者依然保持留髮不留頭的態度，並且由於湘軍等部隊破城即屠殺，造成大量人口死亡。曾國藩、向榮、李鴻章等人發動的蘇州大屠殺、常州大屠殺、江陰大屠殺、嘉興大屠殺、杭州屠殺、南京大屠城、安慶大屠城、九江大屠城等，每次都殺死數萬至數十萬人，並且造成大量人口死於接下來的饑荒和瘟疫。
1860年李鴻章為堵截捻軍騎兵，而挖掘黃河，製造黃泛區。
雲南、陝甘回民起義以及北方五省大饑荒。
霍亂、各省人民起義，遭受清軍嚴酷鎮壓，進行大屠殺，劫掠財產、食物，燒燬他們的房屋，導致大量人民被迫凍餓而死或者成為流民，死於瘟疫和疾病。
葛劍雄在人口史中提到，死亡人口只有百分之30是由於戰爭本身，其餘百分之70是由於烈性傳染病即霍亂。軍隊掠奪平民食物，造成大饑荒，屍體得不到掩埋，又汙染空氣、水源。
湘軍屠殺九江時，將城內男女老幼全部斬盡，湖廣總督上奏報功稱“該逆（城內軍民）無路可奔，嚎叫之聲慘不可聞，自卯至午，殲除殆盡，屍骸堆積，流水猩紅。”
向榮認為屠城是很合理的，因為“設有脅從之民”的話，也應該“設計逸出”，沒逃出來的肯定都是“賊”。
咸豐十一年八月，曾國藩攻破安慶，進行屠城，車輪高以上的男人全部殺光，“婦女萬餘人具為掠出”，“滌盪未有如此之酷者矣”（趙烈文日記）。
曾國藩攻破安慶以後，“城中凡可取之物，掃地而盡，不可取者皆毀之，至剖棺木以求財物”，搶光了人民的食物和財產，導致的人口大量死亡是無可避免的。
攻破天京時，湘軍強迫成年男子為兵勇抬扛搶劫來的財物，然後殺害，隨後殺光城中數十萬人，女人則全部掠出，曾國藩心腹愛將李臣典瘋狂強姦數十個婦女，導致暴斃而死，喪心病狂令人髮指。
《曾國藩全集》家書一第749頁記載，曾國藩寫信給曾國荃稱，要“屠城以洩憤”，並稱李續賓在“九江亦是如此辦法”，讓曾國荃不要有心理負擔。
清軍重複了在明末的大規模、徹底的種族滅絕式屠殺政策，造成大量人口損失。有人稱這也不能怪清軍，而是怪太平軍起義。然而1840年代中國經濟崩潰，百姓民不聊生，清廷腐敗混亂，黃淮地區年年發大水，不止太平軍起義，全國人民蜂擁而起，反抗暴政。
人民不反就死，還鸚鵡學舌一般指責人民是完全喪心病狂、愚昧的。
清朝遺老們只提太平天國戰爭造成人口損失，卻絕口不提是清軍屠殺佔據大頭，這就導致對此時期歷史不太瞭解的人們認為是太平軍所殺，這是一個很可恥的隱惡揚善套路。
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