神奇宝贝系列每待开始都会有一名神奇宝贝博士，来领导玩家步入冒险。
以下并针对历代的博士来进行介绍：
第一世代博士- 大木博士（オーキド博士Professor Oak ）（火红. 叶绿版官绘）
大木博士是关都地区的神奇宝贝博士，在整个神奇宝贝学界亦是十分有名的人物，名声遍及全国，其全名为大木雪成（オーキド•ユキナリ）。
他同时亦是小茂的爷爷，并且在真新镇进行研究，他在城都地区亦有设立研究所。此外，还经常主持城都地区的广播节目，被描述为川柳达人。
他与四天王菊子、馆主柳伯、宝贝球工匠钢铁、及城都地区的神奇宝贝爷爷等亦是老旧识，与菊子之间似乎有段过往。
在初代，原先是打算将他设立为可对战的博士，然而该方案最终取消了，不过游戏中仍残存着部份档案，漫画特别篇于是并根据此将他设定为第一届的神奇宝贝联盟赛冠军。
在电影版《雪拉比穿梭时空的相遇》中，他曾以十多岁的身分登场，也因此可推算现今他至少有五十多岁。
第二世代博士- 空木博士（ウツギ博士Professor Elm ）（心金. 魂银版官绘）
空木博士是城都地区的神奇宝贝博士，在目前已知的博士中，他是最年轻的，他亦是大木博士的后辈，不过仍然发表不少影响学界的学说，主要以神奇宝贝的蛋及孵化方面作为研究。
空木博士的研究所设立于若叶镇，当他进入研究时，其精神可说十分专注，外在的因素都很难影响到他，不过他的性格却有些天然呆。
在游戏中，他已成家，并且已有小孩。
第三世代博士- 小田卷博士（オダマキ博士Professor Birch ）
小田卷博士是丰缘地区的神奇宝贝博士，他偏好于野外研究，经常进行野外的实地探查。
他居住在未白镇，在红宝石.蓝宝石版开头，他会被土狼犬给追，在绿宝石版则是被蛇纹熊给追，玩家要用初选神奇宝贝解救他，之后他并会将初选神奇宝贝赠与玩家。
在游戏中，他亦是异性主角的父亲。动画版中，没有描述到他的小孩，漫画特别篇中，他则是莎菲雅的爸爸。
第四世代博士- 山梨博士（ナナカマド博士Professor Rowan ）
山梨博士是神奥地区的神奇宝贝博士，他是目前已知的博士中，年纪最大的，亦是神奇宝贝进化方面的权威，他和大木博士似乎是老朋友。
他的研究所设立于真砂镇，是历代首位不是设在主角家乡的博士，尽管如此，于一开始却交代他已很久没回神奥了。已知他最少有三名助手，异性主角、异性主角的父亲、及女助手滨名。
在游戏一开始，他会和异性主角出现于心齐湖，之后玩家遭到野生神奇宝贝袭击， 不得不使用山梨博士忘记带走的手提箱内的初选神奇宝贝战斗，之后玩家将手提箱还给山梨博士后，他并会将初选神奇宝贝赠与玩家。
山梨博士的外表虽然看似严肃，却有着十分喜爱小孩子的心，此外亦有喜爱吃甜点的习性。他似乎还认识冠军竹兰，并且竹兰也曾经替他搜集过神奇宝贝的资料。
第五世代博士- 兰木博士（红豆杉博士）（アララギ博士Professor Juniper ）
兰木博士是合众地区的神奇宝贝博士，也是历代首位女博士，她的研究目标为神奇宝贝的起源，也因此对遗迹或传说十分感兴趣。
她的研究所设立于鹿子镇，于游戏一开始，她会将初选神奇宝贝送到主角家中，让玩家及黑连和白露去选取。
其父亦是神奇宝贝博士，由于日版并未给出父女的全名，因此其父亦可称之为兰木博士。
在海外版，她的全名为Aurea Juniper，其父的全名则是Cedric Juniper。
她与本代研究神奇宝贝梦境的博士真菰（マコモFennel ）是大学时期的好友，此外，与馆主风露亦是好友。
•兰木爸爸
•真菰
而第六世代博士则是プラターヌ博士（プラターヌ博士Professor Sycamore ）
他是卡洛斯地区（カロス地方）的神奇宝贝博士，他的研究所设在米亚雷市（ミアレシティ），是第二位不是设在主角家乡的博士，也是首位能与玩家对战的博士。
他会给予玩家关都地区的初选神奇宝贝。
プラターヌ博士是第三位在海外版拥有全名的博士（含兰木爸爸四位），另外两位是大木博士（日版即有）和兰木博士（海外版限定），其全名为Augustine Sycamore。