马达加斯加全境大概有二十个国家公园，除了昂达西贝、石林等比较有名建立较早的国家公园以外，其他 的国家公园都比较偏远，一般情况下是要先搭乘国内航班到离其最近的城市，然后再包车或者是报团前往， 路程都要两三天，而且很多公园内部无酒店，需要露营在野外，条件非常艰苦，也许正是因为远离人类活动， 这些国家公园才能保存好现有的自然环境，宜于动植物生活。
十、Marojejy
这里的崇山峻岭覆盖着马达加斯加最茂密的原始森林，高低分布着5种不同的植被系，物种繁多，而且千百年来因为不便的交通一直得到很好的保护，是“马达加斯加最丰富的自然宝库”，并在2007年成功入选UNESCO世界自然遗产。这里生活着11种狐猴，也是鸟儿的乐园（115种鸟类有不少属于保护品种），更是爬行动物和两栖动物的灭堂，共有148种（其中16种是当地独有），可以说33%的岛上的爬行动物和两栖动物都生活在这片区域。
十一、Masoala
这是马达加斯加占地而积最大，生态多样性最丰富的国家公园，和东部的其它6处保护区一起在2007年入选世界自然遗产，瑞士苏黎世曾经以Masoala为蓝本仿造了一个微缩的自然生态公园供游人参观。除了保存良好的原始森林，这片海域也以海洋生物的多样性而出名，这里的海底保护区是海洋生物爱好者的向往之地。
十二、Midongy Befotaka
因为植被茂盛和受季风影响，这里是马达加斯加国家公园中少有的全年气候凉爽无明显旱季变化的保护区，因为常年湿润，这里具有特别丰富的药用植物资源。这里生活着的独有动植物，包括属于“史前活化石”的守宫类动物Uroplatusfimbriatus，如叶尾壁虎和枯叶壁虎等。另外，这里的丛林也是马达加斯加獴经常出没的地点。
十三、Montagne D'ambre
这里有着马达加斯加北部保存最完好，生态系统最允分的热带雨林，也是马达加斯加游览人数最多的保护区之一。AMBRE成为国家公园的历史可以上溯到法国殖民时代，早在1958年就成为了专门的国家保护区。其中生活着7种狐猴（包括最小的日行狐猴）24种爬行动物包括世界上最小的迷你变色龙。大约77种鸟类以及1000多种各种热带雨林植物。
十四、Ranomafana
RANOMAFANA在马语的意思就是"热水"，这里是马达加斯加地热资源最丰富的地区之一。在这边国家公园内，也有着露天温泉可供游人享受。此外，该国家公园也在2007年一起入选世界自然遗产，是马达加斯加两大热带雨林生态之一，因为方便的交通和较为完善的基础设施，是马达加斯加生态游重点推荐的国家公园之一。这里丰富的动植物资源包括12种狐猴，62种爬行动物，98种两栖动物，90种蝴蝶和115种鸟类。
十五、Tsimanampesotse
这是马达加斯加所有国家公园里而最炎热干旱的保护区，年降水量不足300毫米，恶劣的气候促成的是独特的生态。奇形怪状的针刺类植物是这半荒漠的主角，有趣的是，生活在这里狐猴在巨大的仙人掌之间跳跃却从不会被刺扎到；近海的区域湿地环境，分布着大小不一宛如碧玉的盐湖，是不少候鸟的栖息地，这里是马达加斯加最大的火烈鸟聚集地之一，常年都能看到。还有黑白狐猴、棕狐猴、鱼鹰等珍稀鸟类。
十六、Zahamena
是属于典型的热带雨林生态，常年湿润，原始茂密的植被保证了物种的多样性，该保护区也在2007年整体入选世界自然遗产。这里代表性的动植物包括13种狐猴，48种爬行动物，62种两栖动物，109种鸟类和多达700多种植物。
十七、Zambitse Vohibasia
具有典型代表性从西向南过渡的马达加斯加西部热带干旱丛林生态。这里生活着8种狐猴（包括两种当地独有狐猴），比较知名的为红尾狐猴。马达加斯加独有鸟类品种中有47%生活在该保护区。