1.在主体地位上的区别。
子公司具备独立的法人资格，以自己的名义开展各种经济活动；其责任由其独立承担。
分公司不具有法人资格，其是总公司的一个分支机构，不具备承担民事责任的资格，其若是发生民事纠纷等由总公司统一承担，总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
2.在税收上的差异
（1）企业所得税：
① 对于分公司而言。文件“《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）”规定：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业）。汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。 具体是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
说明：第一、由上述规定可以看出，不同分支机构如果有亏损、盈利，在汇总计算缴纳时能够互相抵消，企业可以利用提前预测总公司和新成立公司的盈利水平，从而通过选择新成立企业的性质，使集团的整体税负下降。
第二、“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的汇总政策出台的理解:现行企业所得税实行法人所得税制，按照企业所得税的立法本意，法人企业为企业所得税纳税义务人，对企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。但由于我国是分灶吃饭的财政体制，企业所得税统一在总机构所在地申报缴纳，会影响地方政府经济利益，并且不利于调动地方政府发展的积极性。为了解决法人课税制度与分税制财税管理体制的不兼容问题，在遵循《中华人民共和国企业所得税法》所确定的法人所得税制的基础上，要求分支机构就地预缴企业所得税，并采取一定的财政调库措施。
第三、不需要就地预缴企业所得税的分支机构
A、未纳入中央和地方分享范围的企业的分支机构无须就地预缴企业所得税。国有邮政企业（包括中国邮政集团公司及其控股公司和直属单位）、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行股份有限公司、中国银行股份有限公司、国家开发银行股份有限公司、中国农业发展银行、中国进出口银行、中国投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国信达资产管理股份有限公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司、海洋石油天然气企业（包括中国海洋石油总公司、中海石油（中国）有限公司、中海油田服务股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中国长江电力股份有限公司等缴纳企业所得税未纳入中央和地方分享范围的企业，不用就地预缴企业所得税。
B、同一辖区内设立分公司不需要预缴企业所得税。居民企业在中国境内跨地区(指跨省、自治区、直辖市和计划单列市)设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，除另有规定外，其企业所得税实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。但对居民企业在中国境内没有跨地区设立不具有法人资格分支机构，仅在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局参照国家税务总局公告2012年第57号联合制定。但各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局即便是按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法，也是就同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地、市(区、县)设立不具有法人资格营业机构、场所的分支机构就地预缴，但对同一市(区、县)内设立的非法人分支机构，不论是独立核算还是非独立核算，因为同属一级财政，并且同属一个主管税务机关，所以，对同一辖区内设立的独立核算的分支机构实现的利润由法人企业统一申报缴纳，分支机构不用单独申报缴纳，并且其设立的分支机构不作为跨地区设立非法人分支机构的分配基数。
C、三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税。现有公司是实行一级法人。公司设立的分支机构中，二级分支机构多办是以分公司或办事处形式出现，三级分支机构则是百分之百的办事处形式。具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税；对总机构的二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
D、总机构设立具有主体生产经营职能的部门（非二级分支机构），且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，就地缴纳企业所得税；该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不就地缴纳企业所得税。
E、不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
F、上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。该分支机构应按零申报处理，提供总机构主管税务机关确认其为小型微利企业的文书或相关证明资料，同时不能取消税种登记，等总机构不符合小型微利企业的第二年开始进行就地预缴。
G、新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。各分支机构应分摊所得税款的比例是按照上一年度分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算。因为新设立的分支机构因没有以前年度的有关信息，相应就无法计算新设立的分支机构应分摊所得税款的比例，所以，新设立的分立企业，在设立的当年不就地预缴企业所得税，在次年依法就地预缴企业所得税。但对汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。以及汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
H、当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。也就是说，撤销的分支机构在撤销当年的剩余期限内未预缴的企业所得税，不再就地预缴企业所得税，由总机构将分支机构的清算所得并入总机构应税所得，依法计算缴纳企业所得税，并且全部缴入中央国库。
I、汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。即对在中国境内设立的具有法人资格的居民企业，其在境外设立的非法人营业机构取得的所得，不实行预缴企业所得税。
J、同一省、自治区、直辖市和计划单列市税务机关可以自行确定分支机构是否就地预缴企业所得税。在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局参照国家税务总局公告2012年第57号联合制定。如：江苏省国家税务局、江苏省地方税务局转发《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》的通知（苏国税发〔2008〕42号）和河南省国家税务局河南省地方税务局公告2013年第4号《河南省跨市经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》等。
第四、汇总纳税税款分摊方式：汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
第五、汇总纳税税款各分支机构分摊：总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例；三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构；三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。即按下列公式计算：某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。
本办法所称分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
本办法所称分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
本办法所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整。
第六、总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按本办法第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
第七、以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
第八、退补税按上述摊销规定进行分摊到各总分支机构就地预缴。
第九、汇总纳税企业不得核定征收企业所得税。
②对于子公司而言。单独计算年度应纳税所得额，并且在当地执行每月或者每季度预缴，年终汇算清缴。不与总公司合并计算应纳税所得额。
说明：正是因为这个原因，如果是多家子公司，可能会出现以下情况，子公司A当年利润（不考虑纳税调整）为1000万，其缴纳企业所得税为250万元，而另一家子公司B当年亏损500万，当年交税为0，那么亏损部分在以后五个年度内进行弥补，一旦超过5年，那么亏损的部分就没办法再行弥补。与分公司相比，由于分公司当年合并缴纳，那么如果出现这种情况，汇总后，应纳税所得额为1000-500=500，计算缴纳企业所得税为500*25%=125万元。可以看出，从集团层面，所得税就会少交。当然上述只是从单个年度来看，如果从长期来看，譬如五个年度来看，这个就需要结合分支机构后续的盈利能力来具体分析了，分析的不仅是当年的税收问题，要考虑未来五年内集团层面的税收问题。那样问题就复杂的多了。但是原理是一样的。
（2）增值税
根据2017年11月19日《国务院关于修改〈中华人民共和国增值税暂行条例〉的决定》第二次修订）文件规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税（特殊情况下）。
说明：第一，由上述文件规定可以看出，无论是子公司还是分公司，增值税都是独立在机构所在地缴纳的，特殊情况下，要申报批准才可以汇总缴纳。这个没有很大的差别。
3.公司成立时候应该设立何种类型的公司，不仅要看公司的所属行业，还要看具体的业务门槛等等，一般而言需要考虑以下几个因素：
(1)行业准入门槛。有些行业是有准入门槛的，如果以子公司名义成立，那么往往子公司并不具备那么高的要求，因此此时设立成分公司的形式，往往是一个不错的选择。
(2)就是税收角度，上述已经分析过总分公司在企业所得税上以及增值税上存在的差别，企业可以结合实际情况进行深入研究，选择合适自己公司的结构模式。
(3)机构所在地要求。在设立分支机构时，往往要选择合适的区域，有时当地政府会对企业在当地的每年纳税有要求，此时，可能选择子公司的业务结构比较合适等等。