《狼少年》这部电影主要讲述的是狼人与人类之间的爱情故事。
电影的开头是一位白发苍苍的老奶奶接到一个电话问她是否要卖掉她乡下的老房子，老奶奶接到这个电话后怅然若失，决定回到乡下原来住的老房子看看，一段尘封47年的往事缓缓展开。
老奶奶名叫小金，47年前由于肺病和一些家庭原因，一家人搬到了乡下的这间房子里生活，吃过晚饭后，小金正准备睡觉，此时屋外却传来了异响，于是小金一个人顺着声音来到仓库查看情况，结果在仓库里发现一个衣衫褴褛的怪物，小金害怕的尖叫，怪物也被吓跑了。
第二天小金和妈妈在院子里晒衣服，结果在角落里发现了昨晚的怪物，小金唤来妈妈，妈妈很害怕本想赶走他，可是这个时候角落里的怪物出来了，原来是一个长相清秀的男孩，男孩看上去很狼狈很饿，妈妈把刚煮好的土豆扔给他，男孩狼吞虎咽起来，看起来就像一头真正的人形野兽。妈妈报警想让警察带走他，带警察也无法查明他的身份，无可奈何只能留下了这个男孩。妈妈给男孩洗了澡，换了新衣服，终于看起来像个正常人了，可是一到吃饭男孩又会变成野兽一般的状态，狼吞虎咽，而且男孩还有一些奇怪的习惯，比如每到晚上男孩看到月亮就会发出狼嚎。
日子就这样一天天过去，刚开始小金还很不习惯这个陌生人的到来，甚至是很抵触，但接触久了后才发现虽然男孩行为有的时候很怪异，但本性善良单纯，有的时候还会帮小金干活，慢慢的小金也喜欢上了这个单纯的大男孩。
这天一个渣男来到家中企图欺负小金，男孩像个守护主人的忠犬一般，把渣男赶跑了，小金突发奇想，决定从今天开始训练男孩，让他回归正常人生活，并为他取名哲秀。
小金照着宠物训练书籍开始训练哲秀……一段时间后小金的训练终于有了成效，哲秀吃饭的时候再也不狼吞虎咽，一切全部听从小金的指令，小金让他吃才能吃，让他坐就坐……慢慢的小金还教会了男孩刷牙，洗脸，系鞋带等生活基本技能，两个人的关系也越来越好。
这天妈妈带着一家人去集市采购，路过一个正在装修的房子的时候，装修的铁板突然掉了下来，而小金就在铁板下方，正当小金还在原地发愣的时候，哲秀冲了过去，一把将小金拦在怀里，铁块重重的砸在了哲秀的身上，正当众人都觉得出大事的时候，哲秀却一点事也没有……慢慢的哲秀融入了这个家庭，大家在夕阳下一起踢球玩耍，一起吃饭，一切都是那么的美好。
一天晚上喝醉了酒的渣男，又来到了小金的家里，企图对强暴小金，这一幕被哲秀看到了，哲秀无比愤怒，就在这是令人意想不到的一幕出现了，哲秀暴起化身狼人，闪电般的冲过去一把按住渣男，正准备将渣男撕碎的时候，小金及时喊住了哲秀，没有让哲秀犯下打错，此时的渣男也被吓惨了，脱身后灰溜溜的离去了。哲秀也慢慢恢复了正常的样子。
第二天渣男报警带着警察来到小金家，准备逮捕哲秀，可是没人相信渣男的鬼话，小金也向警察隐瞒了哲秀的情况。
又一天，小金带着哲秀去到山上看日落，突然小金肺病发作，昏厥了过去，哲秀十分担心，抱起小金四处找人帮忙，但是没找到任何能帮忙的人……第二天家人四处寻找小金和哲秀，终于在树林深处找到了他们，大家误解了哲秀，开始认为哲秀很危险，最后在家中把哲秀给关了起来。而此时渣男找到一份资料，资料上表明之前有一个博士在研究如何把人变成狼人，利用在战争中，让他们成为恐怖的战争机器，而哲秀就是试验品。
后来渣男通知了军方，军方于是派人来查看情况，但由于哲秀目前表现还算稳定，所以也不好采取什么措施。
这天小金要去城里查看病情，一家人陪着去了，只留下哲秀一个人在家。渣男开车路过的时候不小心撞坏了附近大叔家的羊圈，并且撞死了一头羊，然后自以为没人发现就溜走了，随后渣男找到警察诬陷哲秀又变成狼人并且生吃活羊。晚上大叔找到渣男，告诉渣男自己看到了一切情况，希望他不要在诬陷哲秀了，渣男恼羞成怒杀了大叔，并把一切栽赃给哲秀，哲秀也被军方给误会成了危险份子，并且准备开枪射杀哲秀，就在这时，小金不顾一切的拦在了哲秀身前 企图阻止他们，大家看到这一情况也暂时停止了行动，可是渣男怎么会放过这个机会，一把夺过枪想要射杀哲秀，于是小金和渣男扭打在了一起，此时的哲秀看到小金在受伤害，再也无法控制自己，暴怒的变为了狼人，迎着子弹冲了过去，直接当场把渣男咬死了。此时所有人都看到了哲秀变为狼人的过程，确定了哲秀极其危险，准备杀死哲秀。但此时哲秀心里只有小金，一把抱起小金就消失在了山里。
第二天，小金醒来，小金知道哲秀再也不能跟着自己了，因为哲秀被发现后只有死路一条，她让哲秀快跑，但哲秀始终不愿离开，此时搜救人员越来越靠近，小金没有办法，只好假装自己非常讨厌哲秀，哭着骂哲秀，打哲秀，从没说过话的哲秀此时终于说出了第一句话“不要走”，小金此时心里无比难过，十分的不舍……但还是没有办法，哭着转身离去了。
大家找到小金后，询问哲秀的去向，但小金什么也不肯说，回到家后一家人经历了这一切后也准备搬离这里，临走前，小金在仓库里留下了一张纸条，让哲秀在这里等她回来，可是没想到这一走便是47年……
此时的小金已经是一个风烛残年的老人了，这些年小金已经结婚生子，家庭美满，晚上小金来到仓库，这是当初与哲秀第一次见面的地方，小金推开仓库的门，眼前的一幕让她泪如雨下，哲秀就这样安静的坐在那里，原来哲秀看到纸条后就一直留在这里等着她，这一等就是47年……