1993年的夏天，林一第一次見到周小梔，拿下黑色小孔眼鏡的第一眼，林一對周小梔一見鍾情了，發誓：“總有一天，我會帶你去一個只有我們倆的地方。”
1993年的夏天，周小梔轉學同桌是林一，第一句話就讓自己做他女朋友，周小梔果斷舉手報告老師。
林一總是關注著周小梔的一舉一動，時時刻刻逗她開心，看到有人欺負她更是站出來“維護正義”，然後被胖揍一頓。
周小梔靦腆內向，在學校總被欺負，看到林一為自己出頭，然後看到他那被揍得很慘的臉，聽到林一對全班宣佈“往後，誰都不準動周小梔的東西”，然後周小梔開始喜歡上這個痞痞的，卻對自己很好的林一。
升高中後面對分班，林一私自轉去文科班，只因那裡有周小梔。看到周小梔受傷把他急壞了，然後來回路上當護花使者。當中國大使館遭襲，林一氣憤的要去抗議，全班都沒去卻驚喜的見到了周小梔，然後連累她和自己一起吃了處分。失落的林一意外收到來自周小梔的紙條“考進同一個大學就做你女朋友”，知道周小梔的目標是北大，從此林一發憤圖強，認真備考。
升高中後面對分班，周小梔意外看到搬著座椅到自己班的林一，她想他是為自己轉的吧?看到別的女生接近林一，吃醋的逞強擦窗框摔傷了腿。見林一堅持接送自己，暗自開心林一對自己的關心，面對林一傻氣的抗議舉動自己還跟著吃了第一個處分。不忍心林一就此消沉，承諾進同一所學校就做林一女友，偷偷查看林一要報考的大學。
高考結束，林一考進廈大，在軍訓時意外見到周小梔。為了周小梔的一句話努力做標兵，然後順利成為周小梔的男朋友，不過當的是5分鐘的男朋友。然後為了當21分鐘男友，挖空心思過英語四級。直到知道周小梔是為自己放棄了北大甚至放棄了斯坦福，林一決定努力學習陪周小梔一起去美國。
高考結束，周小梔放棄了北大選擇和林一一樣的學校。處於害羞和讓林一上進，要求林一做標兵，答應做他的5分鐘女友。為了讓林一大學順利畢業，用做21分鐘男友刺激他。一直到他決定和自己一起留學時，幸福的把自己給了林一。
面對Tom對周小梔的糾纏，林一生氣的和Tom發生了衝突，因此吃了處分，周小梔對他懲罰是21分鐘縮減到13分鐘。隨後林一就面臨一個巨大的難題——周小梔懷孕了，茫然無措的林一陪周小梔流產，隨後就是周小梔的大出血進醫院搶救。林一面對周父的責備內心彷徨，也第一次聽到周小梔要求的分手。
原本還生氣林一衝動的周小梔面臨了人生第一個懲罰——她懷孕了，她想找林一商量，但是他卻來問自己怎麼處理。周小梔看到沒有擔當的林一，果斷的打胎了，但是術後大出血進了搶救室。周小梔一直等不到林一的出現，她氣憤地找到林一，告訴他分手，原因就是他沒有男人的擔當，沒有責任感。
分手的林一很難過，他不知道為什麼會這樣，看到別人成雙成對更是失落。沒來得及想後續就面臨了非典爆發，林一被隔離了，周小梔半夜來找他，但是他不願意讓周小梔接觸自己，畢竟非典很可怕。但是面對砸破玻璃也要讓自己離開的周小梔，林一伸手拉住了周小梔，兩人和朋友一起逃跑。最終所有人都一起得到了學校的處分，林一和周小梔複合了，13分鐘多了一分鐘，現在是14分鐘。
準備離開林一，努力出國的周小梔遭遇了非典，林一成為疑似患者被隔離。看到有同學感染死亡，周小梔決定救出林一。周小梔讓林一和自己離開，答應兩個人複合，把13分鐘還給林一。隨後被學校批評通告，周小梔心裡卻是很甜蜜，給林一加了那一分鐘。
轉眼到了畢業，林一順利通過面試，拿到了去美國的簽證。周小梔卻失敗了，但是林一還是躊躇滿志，他要為周小梔打前陣，提前把美國的一切安排好。臨別時面對周小梔一遍遍的叮囑，並不為將來擔憂，因為在他心裡一年後就是他們的團聚。林一帶著周小梔給他的盒子，盒子裡是他們的點點滴滴，然後向著未來出發。
周小梔面試簽證失敗了，她去機場送走林一，心裡面都是不捨和對未來的不安。她讓林一帶著盒子，讓盒子代替自己陪伴他。林一告訴她如果她不來美國了，他就立刻回國。兩人這一分開就是10年，歲月不曾厚待他們。
10年了，林一獨自在美國生活了10年。沒有當初的躊躇滿志，得到的是周小梔的失約了。他沒有成為大老闆，也沒有等到該等的人。他也在美國買了不怎麼好的房，有了未婚妻，她當他面出軌了，生活就是這麼殘忍，直到他收到周小梔的快遞——一封結婚請柬。
10年了，周小梔一直在努力申請學校，但是一直失敗，她不想耽誤了林一就騙他說自己不想去美國了，然後再也沒有聯繫他。每天每夜周小梔思念在異鄉的林一，她關注他的生活和工作，卻不敢聯繫他，直到自己快要結婚了。
10年後的聚會，林一帶著當初周小梔給的盒子，見到了周小梔。宴會結束後，他和周小梔一起幹了10杯，他問周小梔愛不愛她的未婚夫？得到了是當初的真相，聽著周小梔對他的一切如數家珍，他忍不住哭了。這是他從初中就愛的姑娘啊~她說她不欠他的，她說一切都回不去了，她說他們都敗給了現實，可是心還是太苦太痛。
10年後的聚會，周小梔終於見到了林一，她心心念唸的心上人，她對林一在美國的一切都很瞭解，她一直默默的關注林一，如今她即將嫁給別人，而林一也會屬於別人。命運就是這樣捉弄人，如果當初林一沒有出國，如果知道自己出不去後叫回林一，如果……沒有那麼多的如果，這就是生活。
婚禮上，周小梔和她的未婚夫站在牧師前，林一幻想著自己放著《同桌的你》站出來反對，勇敢的牽起周小梔的手，帶著她逃跑，告訴她讓她信守諾言5211314=我愛你一生一世。但是幻想終究只是想，林一聽著周小梔的我願意，最後看著她把自己交給另一個男人，以後的自己只能像陌生人一樣問候“你好嗎？”。
教堂裡，周小梔聽著神父的詢問，她猶豫了一下，也許她是期待林一能站出來反對，但是全場是沉默的。周小梔最後說出了“我願意”，這場愛情長跑她終究是輸了……
這個結局看得人特別的遺憾，其實明明可以挽回的，但是生活把勇氣和堅持都磨光了。
如果最後林一站出來了……
如果最後周小梔沒有說我願意……
一切也許就是想象的那樣圓滿，我們最終握住了對方的手，將愛情繼續下去！