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這個問題，應該是無法審批的。
第一，基本農田管理“五不準”，其中一條就是不準在基本農田蓋房。如果土地性質是基本農田的話，是絕對通不過國土部門的審批的。如果強行蓋房，一定會成為有關部門打擊的重點，不僅房子會被作為違建責令拆除、強行拆除，違建者還會面臨被治安處罰的可能。
第二，各地通行的做法，宅基一般是四分宅。你佔用三畝地蓋房，如果是自建住宅那麼超面積太多；如果是建設商業用房，農村集體土地是不允許搞商業開發的，更何況是在基本農田上，連門都沒有。
如果確實相中這個地方想要建設的話，只有一條路可以嘗試：向國土部門申請，等到國土部門調整土地規劃的時候把這塊基本農田調整為一般農田，然後等著再進一步調為建設用地才可以建設。但是這個週期極其漫長、而且希望渺茫。
如果不是這條路，無論怎麼蓋都是明顯的違規違法，肯定會受到法律的制裁，到時候雞飛蛋打，得不償失。
鄉野小吏話三農
我是秋水，很高興為您解答這個問題。
首先我奉勸一句：這種事情想都不要去想！
先打嘴後說話：要佔用三畝基本農田建房，肯定有以此謀利的念頭在內，如果自己居住，何以用得了這麼大的面積？現在農民收入的渠道多了，加上種田辛苦，又確實也沒有多少利潤可圖，越來越多的農民已經不把土地作為唯一賴以生存的“寶貝”了。於是有人就開始打起了土地的主意。
據報載，廣東省五華縣法院審理過這樣一個案子，本縣一農民在未辦理合法轉讓審批手續的情況下，將自家一塊400多平方米土地的使用權以80多萬元的價格出售給他人，法院認為該農民以牟利為目的，非法轉讓土地使用權，情節嚴重，其行為已構成犯罪，一審判處該農民有期徒刑八個月，並處罰金4萬元。
最近類似的新聞不斷見諸報端，一些有錢人鑽法律的空子，打擦邊球，私自購買農民土地，建豪宅、建豪墓，頻頻挑戰法律的底線；農村中也有人罔顧法律的權威，利字當頭，鋌而走險，拿土地非法牟利。甚至說，這樣的事情已經見怪不怪了。但是存在不一定合理，違法就是違法。
依據《土地管理法》規定，土地屬於國家或集體所有，單位和個人不得侵佔、買賣或者以其他形式非法轉讓土地。作為基本農田，更是受到法律的嚴格保護。上面我所說的那句“佔用三畝基本農田建房，肯定有以此謀利的念頭在內”，或許是小人之心，請題主不要介意。如果真的是必須要“佔用三畝基本農田建房”，那就必須依法通過“農轉用”審批之後方可實施。審批程序大致是這樣的：
首先你要提交用地申請，然後由縣級土管部門上報省級或國家土管部門核准。省、縣基本農田“農轉用”批准權限分別是250畝、100畝，超過這個數額，就要報國務院核批。這之間，申請者要提供省土管部門審查意見、農轉用方案、補充耕地方案、土地徵收方案、必要性和合法性說明、技術報告書和勘測定界圖、用地規劃控制圖……等等等等。
雖說法律上規定，縣級有100畝的批准權限，但並不是說這個事兒縣裡就可以定下來。首先是縣裡願不願意考慮你的用地計劃；即使考慮了，總體建設規劃上有沒有你的那一塊兒；即使有規劃，也要通過土地整理，把原來不是耕地的，整理成耕地，以補充“農轉用”所佔的土地面積，這叫佔補平衡；即使佔補平衡完成了，還要等上面的用地指標；即使之前這一系列的動作完成了，也要層層上報，等待批覆；即使批覆下達後，縣裡也不可能專門就把這三畝地直接給你了，必須走招拍掛程序掛牌出售，你得參與競標；直到你中標之後，與土管部門簽訂了土地使用合同，你才有開發使用權！這個過程，最短也要耗去半年時間，甚至一年兩年也不一定。想想都頭大！
秋水的動植物邏輯
現在國家法規定不讓佔用田建房了吧，土地集中化了，現在每戶佔地面積控制在120平米，不知道是不是國家統一的還每個地方不一樣