相同点：
1. 都含有细胞壁，细胞膜，内含物，拟核等一般构造，完成正常各种生命活动
2. 细胞壁中都含有肽聚糖，肽聚糖结构中双糖的骨架相同，其功能是细胞壁的组成成分，固定细胞外形，提高机械强度，是细胞的渗透屏障，也是细胞的生长、分裂和鞭毛运动所必需。
不同点：
1. 肽聚糖的结构和数量不同：革兰阳性菌肽聚糖四肽尾由四个氨基酸分子按L型与D型交替方式连接而成，肽间桥为五肽桥。革兰阴性菌四肽尾含有DAP，也没有五肽桥。革兰阳性菌肽聚糖为40层左右，各层肽聚糖之间通过五肽交联桥与四肽侧链交联，构成三维立体网。，革兰阴性菌肽聚糖为1~2层，肽聚糖层之间由四肽侧链直接交联，革兰阳性菌的机械强度高于革兰阴性菌。
2. 革兰阳性菌细胞壁含有磷壁酸，而革兰阴性菌不含。磷壁酸是革兰阳性菌重要的表面抗原，增强细胞膜对二价阳离子的吸收，也具有粘连，避免被白细胞吞噬以及抗补体的作用。
3. 革兰阴性菌细胞壁外层含有外膜结构，革兰阳性菌细胞没有。外膜由脂多糖、磷脂、脂蛋白三部分组成。脂多糖又由类脂A、核心多糖和O-特异侧链三部分组成，决定了细菌的血清特异性，与致病性有关，稳定细胞结构，并且可以产生内毒素。外膜蛋白具有渗透作用。
4. 革兰阴性菌有周质空间，是细胞重要中转站和反应场所，在周质空间中，存在着多种周质蛋白,发挥不同的功能。