早在发现和探索时代，波斯和东亚之间的整个地理区域就被西方称为印度。显然，这个地理区域中包含的大型香料群岛被称为印度群岛。东印度群岛一词有时被用来区分该印度与“印度”（哥伦布“发现”的那个印度），以英国东印度公司（EIC）或荷兰Vereenidge Oost-indisch Compagnie（VOC）的名义出现。荷兰公司VOC破产后，将其在印度群岛的所有权利（包括债务）移交给了荷兰政府。这个群岛作为荷兰统治下的一个政治部门，被正式称为荷兰独立党。
“印度尼西亚”一词最初是由英国人和斯科茨人种的民族学家创造的，出现在他们关于印度群岛和东亚的同一期刊的文章中。英国人乔治·SW·厄尔（George SW Earl）提出了“印度尼西亚”（来自印度的拉丁语“ Indus”和希腊语“ nesos”的岛）或“美拉尼西亚”的名称。但是，他以“印度尼西亚”更正确地称呼我们今天所称的锡兰为由，放弃了“印度尼西亚”，而赞成“梅拉尼西亚”。斯科茨曼（Scottsman）詹姆斯·R·洛根（James R. Logan）选择了同时删除的名字，将字母“ u”更改为“ o”，以便更好地发音，然后他给了我们一个词：“印度尼西亚”。
在某些情况下，这个词使人联想到民族学和地理学术语，仅在这些研究领域中流传。1880年代，柏林大学的阿道夫·巴斯蒂安（Adolf Bastian）出版了五本书，详细介绍了他在群岛上的研究和探索之后，在另一研究领域（尤其是生物学和植物学）中使之流行。如此受欢迎，以致巴斯蒂安有时会误以为创建“印度尼西亚”，尽管事实上他仅使用了洛根以前创建的术语。直到1920年代，“印度尼西亚”才是科学和地理的术语。
第一个使用该词的印度尼西亚人是Soewardi Soerjaningrat，他于1913年被放逐到荷兰。1917年，荷兰人Cornelis Van Vollenhoven提议使用荷兰语“ Indonesisch”代替Indisch和“ Indonesier”（印度尼西亚）。代替当时的管制用语“内陆人”（本国人）。
它的第一次使用是作为政治单位的名称，始于1922年，由来自穆罕默德·哈达（Mohammad Hatta）鹿特丹的Handels Hoogescool的一名印度尼西亚学生创立。他将荷兰印度裔学生组织的名称从Indische Vereeniging（印度联盟）更改为Indonesische Vereeneging（印度尼西亚联盟），该组织的每周名称也从Hindia Poetra（印度青年）更改为Indonesiar Merdeka（免费印度尼西亚）。在该杂志的一篇文章中，他写道：
“……未来的印度尼西亚主权国家不可能被称为荷兰－印度群岛，也不会被称为印度，因为它将引发对真实印度的误解。对我们来说，印度尼西亚这个名字代表一个单一的政治目标，象征着未来的家园……”
1924年，荷兰印度人Soetomo博士创立了Indonesische Studie Club。独立工会联盟在同年更名为PKI（印度尼西亚共产党）。许多其他民族主义运动也纷纷效仿，以“印度尼西亚”为政治术语。1925年，一个穆斯林共产主义者（是的，我们确实有这个奇怪的突变体）丹·马拉卡（Tan Malaka），是第一个使用该国未来名称“印度尼西亚共和国”作为其书名Naar de Republiek Indonesia的印度尼西亚人。1928年，在一个后来被人们称为“青年誓言”的事件中，来自印度尼西亚各个民族主义者和青年组织的整个代表团都同意“印度尼西亚”作为国家的名称，并以“印度尼西亚”作为国家和语言的名称（荷兰语- Oppenhuijs版本的标准化马来语）。
但是，将其带入更正式的状态是另外一回事。1939年，Volksraad的三名成员（荷兰-印度准殖民地半殖民地议会）提出一项动议，以“印度尼西亚”作为正式名称代替Nederlandsch-Indie，但遭到拒绝。到这个时候，殖民地政府已经对印尼民族主义这种流行的名字非常怀疑。因此，该群岛的名称一直保持为Nederlandsch-Indie，但时间不长。
1940年，荷兰受到德国的猛烈冲击，她的东方贵重珠宝很快就被人们放纵了。1942年，日本天皇派遣的“使节”接受了卡利贾蒂的荷兰印度人投降-西爪哇省和尼德兰施-印度独立。
1945年8月，在日本取消核武器后宣布成立一个新国家时，它被称为印度尼西亚共和国，使用了近一个世纪前斯科茨曼创建的名字。
总的来说，这个名字与荷兰人有关，而印度人更多。