很多神学家和神创论的基础认为：自然选择学说的基础是循环论证：适应能力最强的物种生存下来，而能够生存的物种必定是适应能力最强的 。
“适者生存”只是对自然选择学说的日常描述，更专业的描述则关注存活和生殖的水平差异。也就是说，进化论不是给物种贴上生存能力高下的标签，而是描述在特定的环境下物种可能存留多少后代。
小喙鸣鸟（small-beaked finches ）的繁殖速度快，而大喙鸣鸟（large-beaked finches ）的繁殖速度慢，在植物种子丰富的岛屿上，放一对小喙鸣鸟，一对大喙鸣鸟。不需要太久时间，繁殖速度更快的小喙鸣鸟就能控制更多的食物来源。而如果种子的外壳用大的喙嗑起来容易得多，优势就有可能在大喙鸣鸟那边。普林斯顿大学的Peter R.Grant对Galápagos岛的先驱性研究中，他观察到种群数目在野外的变化。
问题的关键是，适应能力的定义可以与生存无关：大的喙在敲碎种子外壳方面更有优势，而这种特性在特定环境下是否具有生存价值则另当别论。
进化论是不科学的，因为它无从验证，也无从证伪。它所断言的事件不曾观测到，也无无法重现
进化论至少能划分为两大领域：微观进化和宏观进化，而上面笼统的指斥忽视了这条重要区别。物种的微观进化随时都在发生——变化可能导致物种形成，这就是新物种的起源。宏观进化在物种的层面之上，研究分类种群的变化。它的证据主要来自化石遗迹，以及用来重建生物间联系的DNA比较。
近年来，大多数神创论者也意识到，微观进化已经由实验室（对细胞、植物和果蝇的研究）以及野外（例如Grant对Galápagos的鸣鸟的喙的尺寸研究中）的试验所证实。随着时间的推移，自然选择和其它机制——例如染色体变化，共生现象和杂交技术——会对种群数目产生深远的影响。
宏观进化论研究具有史学性质，它的质料来自化石和DNA，而不是直接观察。在这些史学性科学（还包括天文学，地质学和考古学，以及进化生物学）中，假说仍然是可以验证的，我们可以验证它们是否与现有证据保持一致，是否能对未来的发现做出可验证的预测。
举例来说，按照进化论，在已知的人类原种（约在 500万年前出现）以及解剖学上认定的现代人（大约10万年前）之间，应该存在原始人类的后代，他们的体貌特征与猿人差的越来越多，而与现代人越来越像，这一点已经为化石所确证。但是我们不应该——也没有——在侏罗纪（1.44亿年以前）的地层中找到现代人的化石。进化生物学经常能做出更专业也更精确的预测，也经常能为研究者验证。
进化论也存在被否证的可能。如果我们能够找到从无生命物质直接产生的复杂生物，那么这样的物种中，至少有一些应该留下化石纪录。如果具有超常智慧的外星人出现，并声称自己创造了地球上的生物（甚至是特殊物种），则纯粹的进化论解释就值得质疑。但是目前还没有出现这样的证据。
需要提到的是，将可证伪性视为科学的性质之一的做法是哲学家卡尔·波普在20世纪30年代提出的。近年来，这种观点已经完善了许多，对这条原则的解释也不再僵化——否则它就可能与许多明显的科学进展相冲突。