上海海事大学校徽是上个世纪九十年代由该校教师韩宝威老师所设计。校标为蓝白圆形图像徽标，由学校英文名称(SHANGHAI MARITIME UNIVERSITY)和建校年份(1909)组成外圆圈，中间上方为帆船、讲台、课桌等元素的组合， 下方为展开的图书和飞翔的海鸥的重合，中间嵌有舒同体“上海海事大学”字样。海事大学更名后，在原上海海运学院校徽基础上修改。
上海海事大学各学院院徽
上海海事大学商船学院其前身可以追溯到1909年南洋公学船政科（吴淞商船专科学校），1995年4月，航海系、轮机系合并组建商船学院。
上海海事大学交通运输学院是全国高校最早创建交通运输类专业的学院之一，开创了新中国航运管理人才培养的先河。学院前身是建于1950年的大连海运学院海运管理系和建于1952年的武汉水运工程学院的航运系。1962年和1963年经交通部专业调整，大连海运学院、武汉水运工程学院两院的水运管理专业整体调入上海海运学院
上海海事大学经济管理学院的前身源于创办于1956年的武汉水运工程学院水运经济专业。1962年，上海海运学院开设交通财会专业，是上海最早开设会计本科专业的高校之一。1963年,交通部进行部属院校专业调整，确定上海海运学院以培养水运经济管理高级专门人才为重点和主要特色，遂将武汉水运工程学院、大连海运学院经济管理类专业，整体并入上海海运学院，合并组建新的水运经济系、水运管理系。
上海海事大学外国语学院前身是成立于1978年的上海海运学院外语系，1965年，交通部决定在上海海运学院增设英语专业和法语专业（本科办学），归属远洋运输系。1979年创建我国第一个翻译理论与实践硕士研究生专业。
上海海事大学自建校以来一直设有以海商法为核心的法学类课程，在海商法界权威魏文翰、魏文达教授的带领下，首开我国高等院校海商法教学与科研的先河。1979年，该校开始招收国际法学研究生，是我国国内最早开设海商法硕士研究生教育的高校，1981年成为我国首批获得国际法学硕士学位授予权的高校，1985年开始招收国际经济法（海商法）本科专业。2008年9月24日，由法律系升格成为法学院。
上海海事大学物流工程学院的前身是创建于1958年8月的大连海运学院港口装卸组织及机械化专业，1962年整体调至上海海运学院。先后经历“港口机械系”、“起重运输机械系”、“机械工程系”时期，1997年，机械工程系、计算机科学院、电子工程系合并成立工学院，2003年，工学院一分为二，成立物流工程学院。
上海海事大学是上海地区较早开设计算机本科专业及拥有应用硕士点的高校之一，1979年正式成立计算机专业并招收第一届本科生；1985年成立计算机科学系，并招收第一届计算机应用硕士研究生；1990年获得计算机应用工学硕士学位授予权，成为当时交通部部属高校中唯一的计算机专业硕士点，2003年，电子系和计算机系从工学院中分出，成立信息工程学院。
上海海事大学海洋科学与工程学院是我国涉海高校中第一个以海洋工程为主的综合性海洋科学与工程学院，2013年5月，上海海事大学海洋环境与工程学院、海洋材料科学与工程研究院、上海海事大学海洋文化研究所合并组建海洋科学与工程学院。
上海海事大学文理学院成立于2008年5月，前身是上海海运学院基础部教学部。基础部的历史与学校同时诞生。在建设初期，就设有基础教学部，专门负责学生的数学、物理和化学等公共基础课程的教学工作。
徐悲鸿艺术学院是在工业设计专业的基础上发展和成立起来的。2002年，上海海运学院机械系创办工业设计专业。2009年，成立徐悲鸿艺术学院。拥有设计学和美术学两个一级学科，包含工业设计、视觉传达设计、绘画三个本科专业方向。