中世纪是宗教占统治地位的时代，宗教对人生活的方方面面都产生了影响，医疗当然也不例外。基督教会医学和人类医学一起构成了中世纪医学。教会医院是宗教功能的延伸，僧侣、修士充当着医生的角色。如果你生病了，他们会带你一起祈祷企求上帝的宽恕，因为他们深信生病是上帝对做错事情的你的惩罚。这种精神疗法可能会起作用，但是真正治好病的可能性不大。比较经典的案例就是，中世纪教廷遭遇黑死病时，发布的治疗方案是以祈祷反思罪孽为主，辅以防止神发怒的手段是将屠杀犹太人。正因为医学处于附属物尴尬地位，唯一的外科技巧放血疗法自然也由教堂的神职人员操刀。而且在14世纪的医疗实践混合着宗教信仰、无知和彻头彻尾的骗术。流传下的中世纪处方中有这样一条：剪下《圣经》中的一段经文，用羊皮纸《圣经》把它磨碎，融在酒里喝下去。这样的治疗方法当然对患者的疾病毫无帮助，仅仅能够给虔诚的宗教信徒带来点心理上的小小安慰罢了。
基督教的所谓诊疗方法，主要还是以宗教价值观为为指导的自我修行主义，比如苦行、禁欲、节制以及自罚赎罪之类，除了心理暗示外并没有多少实际意义。而中世纪医疗的三大独门绝技：—放血、灌肠、催吐。中世纪的痔疮病，又叫“圣菲亚克病”。因为那时的人们认为，之所以会得这种病，是因为没有敬痔疮神圣菲亚克的缘故。所以对痔疮患者有两种治疗方法，一种是将他们送到爱尔兰一座7世纪的修道院，让他们坐在那块著名的“圣菲亚克岩石”上。再比如尿检此尿检非彼尿检，如今尿检都要一道道的工序。中世纪的尿检很简单，“医疗人员”把病人的尿液放在阳光下，通过判断尿液的颜色、气味的，有的干脆尝一口味道。再根据他们所谓的“体液平衡”，再对病人治疗。不光平民皇室也一样，路易十四一生接受过上千次灌肠。快活王查理二世的死亡过程不仅不快乐还非常痛苦——医生给他灌肠到几近脱水，前前后后放血出三千毫升的血液，还在额头上烫出几个大水泡再把它戳破。总之即使技术有限，医生们也不会闲着，必须做点什么以表示在积极抢救。查理二世就这样饱受折磨地离开了。
由于经济衰败和宗教的介入，基本放弃了源自希腊与罗马的已经比较成体系的医学理论，将它们拆解“自助式的小册子”的行诸于世，摒弃了理论知识，仅简要的记载诊断方法和治疗方法，这无疑极大限制了医学的发展，直到14世纪的翻译运动兴起，这一局面才得以改观。医院可以算中世纪时期医学的一个闪光点，但，这时期的医院是被基督教会所垄断，限于教义以及技术，此时的医院并没有什么介入性的治疗措施，而是“接受洗礼、尊严地死去远比多方施救回光返照来得重要”。但奉行巫术治病也是中世纪医疗的一大奇景。尤其是在催情以及房事类病症的治疗上，中世纪医术异想天开的程度令人震惊。比如中世纪曾经盛行的避孕药方是将毛蜘蛛脑袋里的两条虫子取出捆绑在鹿皮里做护身符，很多妇女相信护身符的作用，但腹中仍旧珠胎暗结。当然，中世纪的愚昧结束于文艺复兴，许多能提出真知灼见的聪明人也逐渐出现。解剖学之父安德雷亚斯·维萨里为了清除人体结构，夜里盗尸，点着油灯偷偷解剖了一具具或许还没断气的身体，终于汇成了《人体的结构》这本改变了外科学的著作。牙医威廉·莫顿首次在外科手术中使用乙醚麻醉，并成功完成了首场麻醉手术，医生们终于结束了赶急赶忙做手术的时代。截肢再也不是一斧头的事情。