在进行统一女真的过程中，为了更好地把民众组织起来提高战斗力，并便于管理，努尔哈赤建立了八旗制度。
满洲旧俗，凡出猎行围，不论人之多寡，照依旗寨而行，每人各出箭一支，十人中立一总领，管率九人而行，各照方向不许错乱，此总领呼为牛录额真。牛录，汉语是大箭的意思，额真是主的意思。可见牛录额真是出师行猎的临时性的十人之长。努尔哈赤起兵以后,归顺的人日益增多，但还没有统一的组织，于是就将上述旧有的制度加以改造，于1601年(明万历二十九年)把原来的十人为一单位扩大成三百人为一单位，称牛录，立一牛录额真(后来叫佐领)，旗分黄、白、红、蓝四色。到1615年(万历四十三年),努尔哈赤的势力更为壮大，就确立了八旗制度，每三百丁立一牛录额真，五牛录为一甲喇，设甲喇额真(后之参领)，五甲喇为一固山，设一固山额真(后之都统)，固山额真左右置梅勒额真(即后来的副都统)，将原来旗帜的周围镶上一道边(黄、白、蓝三色旗镶红边，红色旗镶白边)，从而形成八种不同的旗帜。不镶红边的黄色旗称为整黄旗，就是整幅的黄旗,简称正黄旗;镶红边的黄色旗称镶边黄旗，简称镶黄旗，俗称厢黄旗。其他三色也一样,合起来称为八旗。
八旗制是满族“以旗统人，即以旗统兵“的兵民一体，军政合一的社会组织形式，这种制度将满族全部人口都编入了八旗之内。牛录是最基层的单位，而固山则是户口编制的最大单位。以后即使人口增加了也不添旗，基层单位也不变动；为适应变化的情况，只将中间单位——甲喇(即参领)的数目加以调整。每旗的参领数目可以增加到八、九、十个。旗民在各级额真统辖下，“出则备战，入则务农”，平时耕猎为民，战则披甲当兵。每个满族壮丁都有出征作战的义务。
这时，满族对义务的负担和权利的分配都以八旗为单位。凡有任务就由八个单位(旗)分担，八旗再分别往所属的参领分派，最后则落在最基层单位——牛录(佐领)之上。从要人、要马、要钱乃至要人参和狐皮，都是平均负担。所以史称“凡有杂物收合之用，战斗力役之事,奴酋(努尔哈赤)令于八将(八旗主)，八将令于所属柳累将(牛录)，柳累将令于所属军卒，令出不少迟缓”,一切权利也按八旗平分。土地按八旗平分,抢来的人口、钱财和牲畜同样要按八份分。这种平均分配的办法是满洲历来的习惯。
八旗制度是在氏族联盟制残余的基础上发展起来的一种制度。努尔哈赤是高踞于八旗之上的最高统治者，而八旗的旗主都是由努尔哈赤的子侄及孙辈等宗室贵族担任。从努尔哈赤到旗主、参领以至佐领、一般民众，形成了阶梯式的等级统治，所以这是具有封建性质的一种政治制度，同时还有氏族残余和畜奴成分。
八旗制度把换散的女真各部联结起来，形成一个组织严密的社会整体、这不但巩固了女真统一事业的成果，而且还消除了各部之间的差异，促进了满族的行成。广大满族民众统一在八旗之下进行生产和战事，发展了社会经济，增强了军队战斗力，为建立后金政权奠定了基础。