神奇寶貝系列每待開始都會有一名神奇寶貝博士，來領導玩家步入冒險。
以下並針對歷代的博士來進行介紹：
第一世代博士- 大木博士（オーキド博士Professor Oak ）（火紅. 葉綠版官繪）
大木博士是關都地區的神奇寶貝博士，在整個神奇寶貝學界亦是十分有名的人物，名聲遍及全國，其全名為大木雪成（オーキド•ユキナリ）。
他同時亦是小茂的爺爺，並且在真新鎮進行研究，他在城都地區亦有設立研究所。此外，還經常主持城都地區的廣播節目，被描述為川柳達人。
他與四天王菊子、館主柳伯、寶貝球工匠鋼鐵、及城都地區的神奇寶貝爺爺等亦是老舊識，與菊子之間似乎有段過往。
在初代，原先是打算將他設立為可對戰的博士，然而該方案最終取消了，不過遊戲中仍殘存著部份檔案，漫畫特別篇於是並根據此將他設定為第一屆的神奇寶貝聯盟賽冠軍。
在電影版《雪拉比穿梭時空的相遇》中，他曾以十多歲的身分登場，也因此可推算現今他至少有五十多歲。
第二世代博士- 空木博士（ウツギ博士Professor Elm ）（心金. 魂銀版官繪）
空木博士是城都地區的神奇寶貝博士，在目前已知的博士中，他是最年輕的，他亦是大木博士的後輩，不過仍然發表不少影響學界的學說，主要以神奇寶貝的蛋及孵化方面作為研究。
空木博士的研究所設立於若葉鎮，當他進入研究時，其精神可說十分專注，外在的因素都很難影響到他，不過他的性格卻有些天然呆。
在遊戲中，他已成家，並且已有小孩。
第三世代博士- 小田卷博士（オダマキ博士Professor Birch ）
小田卷博士是豐緣地區的神奇寶貝博士，他偏好於野外研究，經常進行野外的實地探查。
他居住在未白鎮，在紅寶石.藍寶石版開頭，他會被土狼犬給追，在綠寶石版則是被蛇紋熊給追，玩家要用初選神奇寶貝解救他，之後他並會將初選神奇寶貝贈與玩家。
在遊戲中，他亦是異性主角的父親。動畫版中，沒有描述到他的小孩，漫畫特別篇中，他則是莎菲雅的爸爸。
第四世代博士- 山梨博士（ナナカマド博士Professor Rowan ）
山梨博士是神奧地區的神奇寶貝博士，他是目前已知的博士中，年紀最大的，亦是神奇寶貝進化方面的權威，他和大木博士似乎是老朋友。
他的研究所設立於真砂鎮，是歷代首位不是設在主角家鄉的博士，儘管如此，於一開始卻交代他已很久沒回神奧了。已知他最少有三名助手，異性主角、異性主角的父親、及女助手濱名。
在遊戲一開始，他會和異性主角出現於心齊湖，之後玩家遭到野生神奇寶貝襲擊， 不得不使用山梨博士忘記帶走的手提箱內的初選神奇寶貝戰鬥，之後玩家將手提箱還給山梨博士後，他並會將初選神奇寶貝贈與玩家。
山梨博士的外表雖然看似嚴肅，卻有著十分喜愛小孩子的心，此外亦有喜愛吃甜點的習性。他似乎還認識冠軍竹蘭，並且竹蘭也曾經替他蒐集過神奇寶貝的資料。
第五世代博士- 蘭木博士（紅豆杉博士）（アララギ博士Professor Juniper ）
蘭木博士是合眾地區的神奇寶貝博士，也是歷代首位女博士，她的研究目標為神奇寶貝的起源，也因此對遺蹟或傳說十分感興趣。
她的研究所設立於鹿子鎮，於遊戲一開始，她會將初選神奇寶貝送到主角家中，讓玩家及黑連和白露去選取。
其父亦是神奇寶貝博士，由於日版並未給出父女的全名，因此其父亦可稱之為蘭木博士。
在海外版，她的全名為Aurea Juniper，其父的全名則是Cedric Juniper。
她與本代研究神奇寶貝夢境的博士真菰（マコモFennel ）是大學時期的好友，此外，與館主風露亦是好友。
•蘭木爸爸
•真菰
而第六世代博士則是プラターヌ博士（プラターヌ博士Professor Sycamore ）
他是卡洛斯地區（カロス地方）的神奇寶貝博士，他的研究所設在米亞雷市（ミアレシティ），是第二位不是設在主角家鄉的博士，也是首位能與玩家對戰的博士。
他會給予玩家關都地區的初選神奇寶貝。
プラターヌ博士是第三位在海外版擁有全名的博士（含蘭木爸爸四位），另外兩位是大木博士（日版即有）和蘭木博士（海外版限定），其全名為Augustine Sycamore。
