北京時間10月30日，2020年足協盃第二輪抽籤儀式進行。經過抽籤恆大將對陣崑山，上港的對手是亞泰，魯能遇到老對手綠城，和國安分在一個半區。第二階段的比賽11月26日開始，12月19日決出最終的冠軍。除了半決賽是兩回合對決外，其餘比賽都是一場定勝負。
2020年足協盃只邀請中超和中甲球隊參加，在第一階段中超聯賽進行期間，足協盃第一輪賽事進行，經過8場角逐，山東魯能、廣州恆大、北京國安、上海上港、江蘇蘇寧、廣州富力、武漢卓爾、天津泰達晉級第二輪，衛冕冠軍上海申花出局。按照規則，中甲進入衝超組的6支球隊自動進入第二輪，另外兩支參賽隊是保級組兩個賽區的第一名，還未決出。
參加第二輪抽籤的有16支球隊，山東魯能和廣州恆大是一檔種子隊，國安和上港是二擋種子隊。這意味著魯能和恆大不會分在一個賽區，各自鎮守一個半區。由於恆大、國安和上港還需要參加亞冠聯賽，亞冠和足協盃的賽程衝突，三隊如何安排陣容這是一個看點。
國足主帥李鐵和前國腳黎兵擔任抽籤嘉賓，1/8決賽上半區的比賽安排在蘇州進行，下半區的比賽安排在常州。之後的比賽都安排在蘇州進行。廣州恆大先被抽出，落在1號籤位，魯能落在8號籤位。上港在4號籤位，國安在5號籤位。如果四隊都進入半決賽，魯能和國安將相遇。蘇寧和泰達進入上半區，武漢和富力在下半區。
中甲的8支球隊被抽出，恆大對陣崑山，蘇寧對陣梅州客家，泰達對陣保級組梅州賽區的第一名，上港對陣亞泰。國安的對手是成都興城，泰州遠大對陣武漢卓爾，常州賽區的第一名對陣富力，魯能的對手是浙江綠城，這也是連續兩年，山東魯能與綠城在足協盃相遇。上賽季魯能依靠吉爾最後時刻的出色發揮，2比1逆轉絕殺綠城晉級，本賽季兩隊將在第二輪相遇。需要指出的是，間歇期魯能將姚均晟租借給綠城，綠城現在還在衝超組，姚均晟前兩場兩次送出助攻。下一輪綠城對陣亞泰的比賽成為關鍵戰。
