美丽的病毒

我们在顶级期刊上看到的病毒,往往充满了对称与规则性的美感。

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人乳头瘤16型病毒 艺术家:Eleanor Lutz


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登革热病毒 艺术家:Eleanor Lutz


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绿藻病毒 艺术家:Eleanor Lutz

如果注意观察,这种图的标注一般是病毒结晶。

病毒结晶?病毒也可以结晶?

答案是:可以。病毒当然能结晶,蛋白质也能结晶,很多有机物都能结晶。比如说在我国广泛宣传的人工合成牛胰岛素结晶。从定义讲,结晶就是指在一个天然或人工的工程中形成固体的过程。如果这种固体中的分子或者原子具有高度的组织性和结构性,就可以称为晶体。

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人工合成牛胰岛素结晶

人类费这么大力气提纯制造病毒的结晶,其实是为了看清楚它们。

受限于可见光的波长限制,传统的光学显微镜对于病毒这样尺度(100纳米级别)的目标是无能为力的。好在基于X射线晶体学的结构解析拓展到了有机分子,由此发展出的结构化学,才使得人们对于各种原子间的化学键的键长、键角、二面角有了翔实的了解。受限于X射线衍射法的限制,样品必须是干燥粉末且有晶体结构能够衍射X射线。

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某种病毒性关节炎的病毒粉末

1935年,Stanley 实现了病毒的提纯结晶(TMV:Tobacco Mosaic Virus 烟草花叶病毒)。 利用复数个晶体结构对衍射信号进行强化,从而使得信号能够从背景中分离出来,这就是XRD的基本原理。

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XRD原理示意图


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蛋白质晶体

XRD与电镜EM(扫描电镜SEM或者透射电镜TEM)的观测结果相结合,就可以得到近似的病毒立体结构和表面特征,为了满足观测的条件,对被观测的对象是有一定要求的,并不是所有的有机物都能被这种方法观测到,比如要能溶于水,能够结晶且单晶大小合适等。

不过最新的冷冻电镜(cryo-EM),适用范围更广,可以在液体环境中获得目标活性结构的扫描图。因而我们得以看到更加真实的微观世界。

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噬菌体电镜图


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噬菌体电镜染色图


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噬菌体三维模拟图


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疱疹病毒电镜图


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疱疹病毒三维模拟图

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Zika病毒电镜图


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Zika病毒三维模拟图


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Zika病毒三维模拟剖面图



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