明朝中后期，政治腐败，社会黑暗。在军中，将领们如狼似虎，残酷压榨士兵。明初，朱元璋创立屯田制，声称：“朕养百万之兵，不废费百姓一粒粮”，然而，由于宗室和官僚们疯狂兼并土地，这一制度遭到破坏，失去田地的士兵被迫去为将领耕种，饱受其剥削和奴役。
各级官吏还拖欠克扣士兵的军饷、号衣等给养。弘治十年，兵科给事中吴世忠上疏：“将官推举，多以贿通，一握兵权，如获私宝，既求偿债，又欲肥家，役军多至千人，侵屯动以万计，扣克赏赐，以贿权贵如此也。十月风霜，士甲无绡，妻居无煤，幼儿裸体。问其故，则曰：‘役繁粮薄，苦于奉将。’”这段话的意思是，将领提拔全靠贿赂 ，一旦上位就拼命盘剥军卒，役使上千名士兵，侵吞上万亩屯田。士兵们在寒冬里没有冬衣，家里也没有取暖的煤，孩子没有衣服穿，只能裸体。他们如此悲惨的原因，是劳役繁重，粮食短缺，还要孝敬将领。
在边关重镇大同，粮饷拖欠到了令人发指的地步，巡抚都御史刘麟说：“大同等卫军士……十三年不发月粮。”十三年不发军粮，士兵们的生活有多么不堪，也是可想而知。
将领们这种毫无人性的贪酷，把士兵逼得走投无路，有的逃亡，有的则铤而走险，发动兵变。在嘉靖一朝，大同发生了四次兵变，其中以1524年和1533年的兵变最为严重。
1524年，大同镇在修筑城堡时，官员贪污，竭力压缩开支，致使军人劳役沉重，家眷无法安置，而且将领督工苛刻，残酷虐打士卒。结果引发众怒，激起了兵变，参将贾鉴、巡抚张文锦、知县王文昌被杀。这场兵变历时九个月才得以平息，兵变中，大量百姓被杀戮，财产损失不计其数，边关的社会安定和军事防御体系遭到严重破坏。
十年后，这一幕再次上演，将领冷酷严苛，视士卒为草芥，繁重的劳役和残忍的刑罚，使士兵们忍无可忍，再次酿成大规模兵变。
1533年，蒙古人越过黄河放牧，并准备大举侵入大同。大同巡抚潘仿得到这个情报后，急忙上报朝廷。兵部尚书王宪认为，应该在大同设置总制和提督，以此加强大同的军事组织和指挥能力。他推荐刘清源担任总制，郤永担任提督。”朝廷同意了他的主张，于是刘清源和郤永即刻前往大同赴任。
当时，大同的总兵是李瑾，他也是王宪推荐的。针对蒙古铁骑即将到来的进攻，李瑾认为应该设法迟滞他们的机动性，所以他向新到任的总制刘清源建议，在天城以西挖掘一道长达四十里的壕沟。刘清源表示同意，指示将士卒分成两班，轮流施工并派李瑾负责督工。当时正值十月，天气转冷，大同已经下了一场大雪，工地上积雪过尺，寒风刺骨，士兵们没有冬衣，被冻得苦不堪言，更兼工程浩大，工期紧迫，大家都非常疲惫。但是李瑾毫不体恤，他不仅日夜逼工，还动则施以鞭挞杖责。为了恫吓士兵，他还发明了几种军法中没有的酷刑，称为“拦马、缠腰”等等，每天要打伤许多人。
工程进行了十几天后，上一班士兵结束工作回城休整。就在他们精疲力尽地刚回到驻地时，突然接到命令：明天一早全体前往工地，限三天完成施工，否则以军法严惩。
士兵终于忍无可忍了，当夜，季富子、王宝等六七名士卒酒后爆发，他们举起火把，振臂一呼，立即得到六七十人的响应，李瑾未及逃跑，死于乱刀之下。
巡抚潘仿惊闻兵变，仓皇上奏朝廷：“将法刻，兵悉变，请置之勿问。”意思是兵变因将领太过严酷所致，应该予以疏导，不能强硬镇压。刘清源也上奏说：“兵悉变，法不可废，请讨。”意为士兵们都反了，应该依法严惩，马上派兵讨伐。
大同佥事孙允中当时正在蔚州巡视，闻讯赶回大同，发现士兵们并未全部哗变，在他的建议下，潘仿只抓了几个为首的士卒，对其他人不予追究。
朝廷接到奏报后，兵部尚书王宪指示：“兵未必悉变，胁从罔治，渠魁必歼。”意为士兵没有全部参加叛乱，只惩办首恶，胁从不问。并派人按这个意思在大同城里张贴告示。
但是刘清源以总制的名义也贴出告示：“五堡之变，朝廷姑从宽处，乃复稔恶不悛，以戕杀主帅，天讨所宜加者。”意为十年前的那次五堡兵变，朝廷从宽发落了，但你们这些人这次又杀害将领，绝不会再轻饶了！当年兵变中被宽恕的人看到告示后都心惊胆战，互相商量该怎么办。
孙允中看到告示后，情知不妙，立刻押着抓到的哗变士兵赶到总制府，劝说刘清源，首恶已经抓获，不能再大开杀戒了。而且十年前的事朝廷早已做了处理，再翻出来恐怕会出大事。
但是刘清源不听，他派参将赵刚带三百骑兵去抓捕当年参加过兵变的人。当晚，士兵们全部哗变，在街上设置街垒与赵刚的人马对抗，最终赵刚只抓到了八十人。
这次兵变牵涉很广，各级军官都有卷入，比如总兵朱振、指挥马升、千户杨林等等，因而使形势变得非常诡异复杂，刘清源甚至抱怨：“城中衣冠之族悉从贼。”意思是大同官员都反了。
军官们参与其中是因为兵变与他们利益相关，如果他们的队伍被裁撤，或者要追究他们的领导责任，他们的利益将严重受损，因此他们要利用和引导士兵们的行动对大同主政者和朝廷施加压力，谋得一个对自己有利的结果。
卷入兵变的不仅有将领，甚至还有宗室，刘清源上疏说：“宗室登城，自谓曰首恶矣。”又说：“城中宗室士夫悉从贼，负朝廷矣。实天欲厌此城矣。”
大同城是代王府的所在地，如果以大军攻城，势必玉石俱焚，王府财物和家眷在乱军中也难得以保全，所以宗室们也反对刘清源不分良莠，全面镇压的政策。
更严重的是，参与兵变的一些军官，带有投机目的，他们希望通过利用兵变谋取私利，朱振就是这样一个人物。大同兵变的发生虽然主要是由将领的暴虐所致，但与他的挑唆也不无关系。
朱振原来是宣府总兵，1524年兵变时，他因贪污罪被关押在大同监狱中，乱军砸开监狱后，把他迎出来，拥他为首领。他一方面与士兵们约法三章，要求不伤害宗室，不杀人放火，不抢劫府库，并替他们向朝廷请求宽宥，另一方面又与镇抚官员合谋捕杀兵变头目。朝廷为了尽快平息事变，免了他的罪责，让他官复原职，协助朝廷派驻大同的大员平定兵变，他是1524年兵变的最大受益者。虽然《明实录》记载他是被乱军胁迫，不得已才当了他们的首领，但刑科给事中严从简在《殊域周咨录》中就质疑他“衅起，乐因变自利，其宿心也。”意思是他本意就很高兴看到发生兵变，然后加以利用，为自己谋好处。
1533年时，朱振已经呆在大同十年了，是一个在军中有许多党徒的“坐地虎”，他对朝廷新派来的总兵李瑾很抵触，便时时挑动士卒对李瑾的不满，希望生出事端，再次从中得利。由于李瑾带兵冷酷残暴，许多士卒就找朱振哭诉。他于是趁机抹黑了李瑾一通，然后又说：“往年张文锦之变，军人岂独与于总兵官不敢发邪？”意思是当年兵变时，士卒们杀了巡抚张文锦，难道就不敢杀总兵吗？听他这么说，当时参与兵变的王福胜等人的情绪被煽动起来了，他们恨恨地说，我们一定要杀了李瑾！
兵变发生后，朱振再次被乱军拥戴为首领，他也准备借此再次牟利。然而，这次他却失算了，刘清源认定他就是兵变的背后主谋，恨透了他，他对孙允中：“朱振谋主也！”然后以谈判为名，把他诱骗到自己的驻地阳和，用毒酒杀了他。
杀了朱振后，刘清源派孙允中去大同城，对城里的士兵宣讲：“首恶已经伏法，不会再累及无辜，要他们放下武器，明天迎接官军进城。”
士兵以为没事了，也就放松了戒备。
第二天黎明，刘清源带领西南两路人马来到大同城下，破关闯入外城，并纵兵杀掠，街道上顿时血流遍地，尸体枕籍，财产被劫掠一空。城内士兵见状知道上当了，马上关闭内城门拒敌。中午，郤永带领东路人马赶到，城内乱军冲出城门迎战，一番激战，击败官军，斩杀了参将曹安。
潘仿和孙允中见事态愈发严重，急忙赶去阻止，乱军们认为是孙允中骗了他们，朝廷故意要设计血洗大同，于是想杀了他。孙允中说朝廷没有屠城的意思，他本人老母妻子都在城里，怎么会欺骗大家呢？乱军中也有人替他说话，说他也是被上面骗了，孙允中这才化险为夷。
随后，潘仿和孙允中上疏朝廷，说明了大同的情况，指出首恶已经擒获，不能在再用兵讨伐，但是总制刘清源贪功，滥杀无辜，这将导致兵连祸结，对社稷不利。
刘清源也上疏：“叛卒稔恶拒王师，抚镇郎中佥事皆首恶，抚臣关防在叛军中。”意为叛军抗拒官军，大同的官员都是兵变首恶，连巡抚的大印都在叛军手中。
王宪看到刘清源的奏疏后认为巡抚潘仿阻碍官军平叛，便让言官弹劾他，将他去职。侍郎黄绾反对用兵，也被贬往云南。王宪随后又增调大军前往大同镇压哗变。
为了阻止战火燃起，孙允中再次去见刘清源，请求他不要进攻大同。刘清源指责他替叛军说话，将他羁留在怀仁，并让人弹劾他，罢了他的官。
刘清源还在通往京师的各个关卡上严加盘查，不让大同官员的奏疏送达朝廷。然后派郤永领军日夜攻城，然而大同城墙高大坚厚，官军久攻不下。刘清源再次上疏要求引御河水淹大同，王宪同意了。刘清源就派郎中李文芝和主事楚书去做引水工程，准备水淹大同北门。
城内乱军为了自保，就派人去联系蒙古人，希望与他们联手对抗明军，他们还把几个蒙古酋长请到城里，指着代王府说：“兵退以此酬汝”，把王府当做了酬谢蒙古人的条件。蒙古小王子见明朝发生内乱，进军有利可图，就发兵五万来攻击大同城外的明军。郤永分并兵抗击，却不敌蒙古铁骑，死伤惨重，大同城上的乱军也鼓噪呐喊，为蒙古人助威。小王子见明军已无力再战，就留一部分精骑与明军相持，其余奔袭浑源、应州、怀等仁等州县乡村，大肆劫掠七天七夜，当地百姓损失的人口牲畜不计其数。
大同是明朝九边重镇，京畿的北部藩篱，一旦有失，京师将陷于危殆。蒙古与大同叛军勾结攻掠的消息传到北京后，朝中大哗，京师九门开始戒严。刘清源上疏说大同兵力不足，要求再设总制。
大同严峻的形势终于惊动了正在病中的嘉靖帝，他发下一道御札申斥刘清源：“咈，不可用也。夫大同叛军先因杀李瑾，此谋杀主将之罪，法不可赦。原非举城所为，亦未敢逆朝廷。止是郤永不谋，信从刘源清贪功嗜杀之计，辄便有洗城讹传吓城中，致使逆军劫囚勾虏，抗拒朝廷。既说专剿逆徒，胁从不问，却又专攻城之计，又引水灌城，看来玉石亦不可得而分也。朕惟大同为京师北门要地，皆不可坏。人而无臂倚以卫头目乎？况此地此民皆祖宗所遗，今源请必欲城破人诛，果忠乎？否乎？前日将二人调置别用，将以专讨渠魁，岂有今日之患？今又不可轻听伊说。卿等亦不可不虑将来事。纵源清幸成功，不知此地何以兴复。可罪去二臣，掣还诸路人马，别遣文武大臣果能晓事者，使专意备虏，密令多方计擒逆贼之魁者，庶免老师伤财。源清既能了事，如何又添官？岂非官多事扰乎？”这份御札的大意是说，大同乱军杀害将领罪不容赦，但这不是大同全体军人所为，可是刘清源和郤永因为贪功，就想屠城，还把反对杀戮的两位大臣罢了官，结果导致乱军与蒙古人内外勾连。刘清源还想用水灌淹大同，就算他成功了，可是大同城又怎么重建？现在最重要的不是增设总制，而是派能干的大臣赶紧设法抓到兵变的祸首。
当时进攻大同的明军长时间暴露在野外，腹背受敌，处境危险，而且粮道断绝，全军随时可能崩溃。郎中詹荣见形势危急，便冒险联络乱军首领马升，一番劝说，成功使他同意投诚，然后让他做内应，派人暗中在城墙上打洞，把乱军首领抓捕后送给官军。刘清源表面同意詹荣的计划，实际上准备趁机攻入城中。当城墙上的洞快要打通时，他突然下令灌水，结果打洞的人全被淹死。马升感到自己被骗了，愤恨至极，从此守城更加坚决。
刘清源见人马损失惨重，攻城无望，又受到蒙古人的威胁，再也支撑不住了，便称病请辞，嘉靖大怒，将其罢斥，派户部侍郎张瓚替代刘清源为大同总制。
张瓚赶到大同后，马上下令停止攻城，连夜请来被罢职的孙允中，商议平乱事务。
第二天，张瓚派主事楚书来到城下喊话，说明总大同制已经换人，重申朝廷只杀首恶不问胁从的态度。他随后进城，给每一位没有参加杀死李瑾的士兵发了免死证书，并向乱军首领马升说明屠城不是朝廷的意思，而是刘清源肆意妄为，马升表示愿意听命朝廷。当天夜里，黄镇等二十四名兵变首恶被斩首。
第三天，孙允中奉张瓚之命入城，他看到城里的景象非常悲惨，老弱因饥饿而死者相枕藉，士卒多月没有领到粮食，不法之徒趁机偷盗抢掠。他立即开仓赈济百姓，并将作奸犯科者绳之以法，社会秩序得到了恢复。
又过了一天，张瓚亲自来到城下，命各路攻城官军退到二舍之外。然后他与御史苏佑在仪仗引导下隆重入城，当众宣读圣旨：“大同乱军虽凶愫，实皆良民，朝廷不得以用兵，止除首恶及行刃重犯，余皆不问。”并按皇帝旨意对众人实行赏赐：“胁从无罪者，事平亦各给银三两。”参与兵变的士卒不仅保住了性命，还得到三两银子，皆大欢喜，大家山呼万岁，这场历时五个月的大同兵变，终于平复。
事后，刘清源被削籍去职，郤永被降级，潘仿、孙允中官复原职。
大同镇十年间连续发生兵变，造成“墩营间有损坏”、“府库空虚”、“行伍离散”，军事防御能力遭到严重削弱，明朝统治秩序也遭到冲击，明政府被迫采取措施来缓解社会矛盾。除将刘清源等贪功妄杀的酷吏拿问惩办外，对兵变参与者的处理也比较宽松，兵变首领马升，杨林等军官得到招抚和封赏。朝廷还免征了大同士卒当年本应缴纳的屯粮；规定守城放哨岗位上的军卒，以后不再种纳屯粮，因为他们已经为国家服役，所以不再承担其他徭役；责令官府在八月内发放拖欠的军饷冬衣。这些措施使戍卒所受剥削有所减轻，改善了他们的生存状态。
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