明代官員
第一次妖書案之所以發生（可通過鏈接讀：晚明“妖書案”背後的關鍵詞：奪嫡與黨爭之奪嫡），與萬曆帝遲遲不立太子有極大關係。萬曆朝一直不立太子的問題其實引發了很多大臣的不滿，朝臣們多次力爭按照“立嫡以長”的規矩早日冊立常洛為東宮皇太子，君臣為此僵持十數年，為立太子上書者可謂前赴後繼，但萬曆帝就是裝聾作啞。
拖到了萬曆二十九年，萬曆到母親慈聖太后那裡問安，老太后不滿意地問兒子為什麼遲遲不立太子。萬曆情急之下竟然冒出了一句：“他（指長子朱常洛）是都人（明朝皇宮內稱呼宮人為都人）子。”意思是說朱常洛母親身份卑賤。但萬曆一時忘了他母親也是都人出身。
這句話自然惹怒了慈聖太后，老太后怒氣衝衝地指著他說：你也是都人子。萬曆驚恐“伏地不敢起”。
這件事後的當年八月，內閣大學士沈一貫上疏，內有“多子多孫”之語勸萬曆早立太子。這次不知觸動了萬曆那根弦，終於下詔舉行冊立太子禮。人選當然是長子朱常洛。
消息一傳出，朝野上下歡聲雷動。鄭貴妃著了急，又給萬曆猛吹枕邊風，萬曆本來耳朵軟，便又動搖，又想來個拖字訣，下手詔以“典禮未備”為由，要改期冊立太子。
但眾臣既以得到了允准，自然不再讓皇帝拖下去。沈一貫將萬曆的手詔封還，堅決不同意改期。在大臣的堅持下，萬曆只好定於十月十五日正式冊立皇長子常洛為太子，朱常洵封福王。
朱常洛雖然當上了太子，但日子還是不好過。
父皇不待見他，鄭貴妃始終不捨棄讓兒子當太子的念頭。
因而在距第一次“妖書案”六年後又發生了第二次“妖書案”。
明代士大夫
萬曆三十一年（1603年）十一月十一日清早，要出門上朝的內閣大學士、次輔朱賡在家門口發現了一份名為《續憂危竑議》的揭帖，指責鄭貴妃意圖廢太子，冊立福王為太子。
其實在朱賡收到了這份傳單的前一夜，《續憂危竑議》已經在京師廣為散發，上至宮門，下至街巷，四處傳播。
《續憂危竑議》只有三百餘字，但內容卻很火爆，時人以此書“詞極詭妄”。
那麼具體內容是什麼呢？
《續憂危竑議》假託“鄭福成”為問答。所謂“鄭福成”，意即鄭貴妃之子福王朱常洵當成。
帖子上說：皇上立皇長子為皇太子實出於不得已，他日必當更易；用朱賡為內閣大臣，是因“賡”與“更”同音，寓更易之意。
很顯然，這次還是劍指鄭貴妃，不過躺槍者由呂坤換成了朱賡。
朱賡也是一位正直的大臣。萬曆二十九年，首輔沈一貫請求增加內閣大臣。萬曆帝一直擔心臣子結黨，因此想要採用隱居的或是久未出仕的大臣擔任。於是下詔隱居很久的朱賡以禮部尚書兼東閣大學士，參與機務。朱賡開始並未奉召，後來在皇帝堅持下於第二年四月進京入閣，此時已經是六七十歲的年紀。
朱賡得此書後不敢隱瞞，立即進宮面奏萬曆。萬曆看後徹底被惹怒，即命東廠“大索奸人”，同時令錦衣衛及五城巡捕衙門立即搜捕，“務得造書主名”。
《續憂危竑議》中，還公開攻擊了次輔朱賡和首輔沈一貫，直接指出二人是鄭貴妃的幫兇。
搞的這兩位大學士除了立即上疏為自己辯護外，還為了避嫌不得在家不上班。
但沈一貫老謀深算，為了化被動為主動，自保兼變壞事為好事，指使給事中錢夢皋上疏，誣陷禮部右侍郎郭正域和另外一名內閣大學士沈鯉與“妖書案”有關。
沈一貫在明代首輔中是創造過奇蹟的。他在隆慶二年（1568年）38歲時考中第三甲進士的第136名，按照這個科考成績，他正常的仕途是當著知縣一類的地方官，但他卻被選上了庶吉士，不久被授予檢討。明代在二甲36名以後成為首輔的很少，沈一貫就是一個特例。
而且明代黨爭也是自沈始。
他還是朱常洛的堅決擁護者，萬曆二十六年（1598年），朝議“立儲”，他作為首輔反對擁立朱常洵，力主冊立朱常洛，集合浙籍（沈是鄞縣人）京官組成“浙黨”。
東林書院
夏允彝《倖存錄》在“門戶大略”就指出：“自萬曆以前，未有黨名，及四明（沈一貫）為相，以才自許，不為人下，而一時賢者如顧憲成、孫丕揚、鄒元標、趙南星之流，蹇諤自負，每相持。附四明者，言路亦有人。而憲成講學於東林，名流鹹樂於趨之，此東林、浙黨所白始也。”
《弘光朝偽東宮偽後及黨禍紀略》也記載：“黨禍始於萬曆間，浙人沈一貫為相，擅權自恣，多置私人於要路；而一時賢者如顧憲成、高攀龍、孫丕揚、鄒元標、趙南星之屬，氣節自許，每與政府相持。而高、顧講學於東林，名流鹹樂附之，此東林黨禍所自始也。”
沈一貫作為浙黨領袖，與東林黨人郭正域、沈鯉等人積怨已深，此次正好借“妖書案”收拾瀋鯉等東林黨人
誣陷郭正域，一是因為郭正域之前因“楚藩案”（這個案子也發生於萬曆三十一年，早於第二次妖書）與沈一貫有矛盾，二是同知胡化上書告發訓導阮明卿“造作妖書”，而阮明卿就是給事中錢夢皋的女婿。錢夢皋為了替女婿脫罪，需要找個替罪羊。郭正域不但是沈鯉的門生，而且是胡化的同鄉，加上當時已經被罷官，即將離開京師，很有“發洩私憤”的“嫌疑”。
之所以要誣陷沈鯉，因為當時內閣只有三人——首輔沈一貫、次輔朱賡，以及沈鯉，沈一貫和朱賡均被“妖書”點名，只有沈鯉一個人榜上無名，獨自主持內閣工作；而沈鯉與沈一貫又一直不和，自然有理由懷疑他。
一言蔽之，此時沈一貫和錢夢皋無非借《續憂危竑議》挾嫌報復郭正域和沈鯉，由此又引發一場大獄。
郭正域正要離開京師時被捕。
郭正域畫像
巡城御史康丕揚在搜查沈鯉住宅時，又牽扯出名僧達觀（即著名的紫柏大師）、醫生沈令譽和琴士鍾澄。
胡化控告訓導阮明卿“造作妖書”在朝廷調查之下，胡化承認自己是誣告。但錢夢皋上書攻擊郭正域及沈鯉，認為他們是妖書作者。
參與審訊的官員得到沈一貫暗示，想逼迫胡化承認郭正域是妖書的主謀。胡化卻不肯附和，並反駁說：“阮明卿是我的仇家，我才告他，郭正域考取進士二十年間我們不相往來，怎麼說他有牽連？”
康丕揚則上疏指出“妖書案”和“楚藩案”兩案同源。達觀因當時要求朝廷停止徵收礦稅，奔走於京師遭到某些當權者忌，因此也被趁機牽連。
時在京行醫的沈令譽及書辦毛尚文因由於二人與原禮部侍郎郭正域關係密切，被以形跡可疑逮捕下獄，在獄中備受拷訊。沈一貫等想把沈令譽作為牽連打擊次輔沈鯉及郭正域的突破口。在審訊過程中沈一貫等不僅極力想將禍水引向沈、郭二人，還一度想將妖書造作者的罪名強加給沈令譽。
又從沈令譽家中搜出的浙黨老對頭東林黨重要成員于玉立等人書信，又牽連出于玉立。
達觀和沈令譽都受到了嚴刑拷打，達觀更是被拷打而誣以罪，自獄中歸後沐浴端坐圓寂。
沈令譽也被處以酷刑。
但二人都未能如沈一貫所願，牽扯出郭正域等人。
與此同時，有些人抱著各自目的紛紛出來檢舉揭發，錦衣衛都督王之禎等四人揭發同僚周嘉慶與妖書有關，但不久就查明純屬誣告。案情越來越複雜。
史載：“數日間，鋃鐺旁午，都城人人自危！”
東廠、錦衣衛和三法司（刑部、都察院、大理寺）的會審其實搞出不少笑話。
為了讓沈令譽服罪，事先做了不少佈置。沈令譽奶媽的女兒只有十歲，也被叫到大堂作證。東廠提督陳矩（就是之前帶呂坤《閨範圖說》入宮的那位）問小女孩：看到印刷妖書的印版有幾塊。那小女孩說：滿滿一屋子。陳矩聽了忍不住大笑。因為《續憂危竑議》只有短短三百來字，頂多也就兩張紙，哪來的一屋子印版。沈令譽的冤屈顯而易見，由此對郭正域和沈鯉的誣陷自然也不能成立。
針對郭正域的審訊連續進行了五天，因為物證口供缺乏，始終不能定案。萬曆帝震怒，下詔責問會審眾官，眾官惶惶不安。東廠、錦衣衛，包括京營巡捕，壓力山大。
如此一來，必須要儘快找到一隻替罪羊。
正在眾人大尋那隻替罪羊之時，這隻羊卻送上門來---東廠逮捕了一名形跡可疑的男子皦生彩。
皦生彩供出他哥哥皦生光與“妖書案”有關。
皦生光本是順天府生員（明朝的生員不僅是官學生，還是一種“科名”），生性狡詐，專以“刊刻打詐”為生。
智囊全集
明人馮夢龍在《智囊全集》中就記載了一則他的故事：有一鄉紳為巴結朝中權貴，到處訪求玉杯，想送給權貴做為壽禮，也曾託過皦生光。三天後，皦生光拿著一對玉杯求售，說這對玉杯來自官府，價值百金，現在只要五十金就行。縉紳很高興的買下。沒過幾天，忽然卒吏匆忙的押著兩個吵鬧不休的人前來，再仔細瞧，原來是皦生光和一名宦官。皦生光皺著眉頭說，前次賣給縉紳的玉杯本是皇宮中寶物，被宦官偷出變賣，當前事機敗露，只有物歸原處，雙方才能平安無事。縉紳大為窘困，玉杯已送權貴無法索回，只好請皦生光想辦法，皦生光面帶為難色，過了許久才答應幫忙，他建議縉紳出錢賄賂宦官、衙門官員，或者能得以倖免。縉紳不得已，只有答應，於是拿出近千兩銀子。日後雖明知皦生光藉機詐財，但也無可奈何。
皦生光的敲詐對象不僅一般士紳，就是皇帝小舅子也不放過。
當時有個叫包繼志的富商為了附庸風雅委託皦生光代纂詩集。皦生光故意在詩集中放了一首五律，其中有“鄭主乘黃屋”一句，暗示鄭貴妃為自己的兒子奪取皇位。包繼志根本就是為了裝文化人，便立刻刊印了詩集。皦生光則馬上託人訛詐包繼志，說他詩集中有“鄭主乘黃屋”等悖逆之語。包繼志情知當了大頭，卻也無可奈何，只好出錢了事。
皦生光卻又拿著詩集去訛詐鄭國泰，鄭國泰膽小，加上朝野上下輿論都對鄭貴妃不利，只好出錢了事。
皦生彩揭發聲名不佳的兄長後，皦生光這些事蹟全部曝光，錦衣衛如獲至寶，立即逮捕了皦生光，將其屈打成招，定為妖書案主犯。
其實所有人都明白“妖書”寫的都是宮闈之事，論述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能為之。
就連急於結案的沈一貫、朱賡都不相信妖書出自皦生光。陳矩也知道皦生光有點冤，但考慮皦生光以前寫“鄭主乘黃屋”詐騙人錢財之事也屬大罪，所以就打算用皦生光來頂罪，以儘快結案，保全所有大臣。
主審的刑部尚書蕭大亨為了討好沈一貫，想把“妖書案”往郭正域身上引。但皦生光卻表現出最後的骨氣，在酷刑下始終沒有牽連他人。他的妻妾和年僅十歲的兒子都受到了拷打，卻都沒有按蕭大亨的意思招供。
於是為了應付皇帝，便以皦結案。
萬曆三十二年（1604年）四月，皦生光被判斬首，萬曆很不滿意，改為凌遲，家屬發配邊疆充軍。
此事才算了結。
而郭正域曾經當過太子朱常洛的講官（老師）。朱常洛聽說此事後，對近侍說：“何為欲殺我好講官？”
明光宗朱常洛
雖然朱常洛的太子地位並不穩固，但畢竟是太子。太子放話了，大家都開始掂量，朱常洛還特意派人帶話給東廠提督陳矩，讓他手下留情。陳矩為人精明，儘管太子地位不穩，但也決不敢輕易開罪太子。又加上沒有任何證據證明郭正域跟“妖書案”有關，於是郭正域才免遭陷害。
第二次“妖書案”中的“妖書”究竟是誰所寫，在史傳中眾說紛紜，很多人懷疑是錦衣衛鄭樸或武英殿舍人趙士楨。
妖書案匆匆結案之後朝野開始流傳“妖書”出於趙士楨之手。
趙士楨的一生頗富傳奇色彩。他早年是太學生，在京師遊學。他能寫一手好字，書法號稱“骨騰肉飛，聲施當世”，時人爭相買他所題的詩扇。有個宦官也十分喜歡趙士楨的書法，買了一把詩扇帶入宮中，結果被萬曆帝看見，大為賞識，於是趙士楨平步青雲，被召入朝任鴻臚寺主簿。
鴻臚寺類似於國賓館，日常職責就是凡外國或少數民族的皇帝、使者，到京師朝見皇帝或進貢時按等級供給予飲食及招待。
趙士楨為人慷慨有膽略，交遊頗廣。萬曆五年（1577年）張居正喪父，因貪戀權位不肯回家奔喪，發生了震驚朝野的“奪情”事件，五名大臣因此被廷杖。趙士楨不畏干連，予以調護，詞翰聲譽甚盛，號稱“他途入仕”名士。不過，他因“生平甚好口訐，與公卿亦抗不為禮”，加上又因為製造火器得罪了不少人，一生並不得志，當了十八年鴻臚寺主簿才升為武英殿中書舍人，還經常受到懷疑、誹謗。
他還是明代歷史上著名的火器專家，一生研製改進了多種火器。但因其在政治上不得志，名字未能如宋應星、徐光啟那樣彪炳史冊。
皦生光被殺後，當時京中盛傳妖書“是東嘉趙士楨所作也”。趙士楨為此而身心勞瘁，據說後來精神錯亂，多次夢見皦生光索命，終於一病不起，抑鬱病亡。
但趙士楨是妖書作者始終只是傳說，並沒有證據。
“妖書案”後接著又發生了著名的“明末三案”(梃擊案、紅丸案、移宮案)，事實上都是晚明黨爭與福王家族覬覦皇權的延續。
而南明發生的“南渡三案”（南明弘光朝發生的三大疑案：“大悲案”、“太子案”和“童妃案”）更是這種政治權利爭奪的延續。
