德州段的京杭大运河是从德州市区及武城、夏津境内穿过。1272年忽必烈定都大都(北京)后，京杭大运河全年线贯通，德州被列为四大漕运码头之一。
清末，随着津浦铁路的建成，德州港成为卫运河与津浦、德石铁路连接的枢纽港。内河航运以东西横向运输为主，北上可达天津，南下可通江淮。
在元代，大运河已成为全国沟通南北的大动脉，年漕运能力由元二十七年(1290)的151.3万余石，到泰定三年(1326)增至335.1万余石。特别是明代和前清时期，运河中兴并达到鼎盛，德州段运河递运南粮赴通州量达400-600万石左右，并成为南北水运的咽喉要地，漕粮转运和开展贸易的重地。当时德州仓辖约69个州县，其中24个县，直接将粮食交到仓口，年货运量、周转量、吞吐量都占运河各港口之首。
新中国成立后，国家除进行堤防岁修外，在1958年和1972年进行了两次治理工程，并多次拨款修建德州段沿河的港口、码头，其中德州港岸线长700米，装卸码头5座，货场面积49万平方米，20世纪50年代，天津经德州至济宁一线，仍可凭借帆船进行小量运输，60年代德州段运河年货运量仍可达125.5万吨，年客量达2万人次。但由于沿河工农业用水速增长，尤其是上游建成岳城水库后，航运水源逐渐枯竭，至70年代末，因河道常年干涸而停航。1981年撤消了成立于1942年的卫运河德州航运局。德州港也随之失去了它的功能。
1908年(清光绪三十四年)秋，修建京浦铁路、德州段的运河疏浚调直，德州市区内的运河废弃成为“旧河”“扒道海子”。1938年(民国二十七年)4月，日军动工扩建了城东北(萧何庄村西)飞机场。1942年(民国三十一年)8月，日本侵略者在德州城西运河东岸修建小型发电厂，路灯开始用电灯。同年，日军在运河东岸、德州兵工厂、煤场周围修筑了一条混凝土路，经盐店口街、商业街、太平街柴市街等直达飞机场，全长4450米。小日本经过这里和运河码头掠夺运走了德州的大量财富，给德州留下了永久的烙印。
建国后，政府把跑单帮的船民们组织起来，成立了德州航运局。公私合营时航运局里有500条船，后来又陆续添置了30艘火轮。那时每天都有七、八十艘船靠岸，昼夜装卸货物，一天的吞吐量将近一万吨。1952年，冀鲁两省投资，在徐家渡口处修建了长60米，宽7米的双排桩木架桥，命名“胜利桥”。随着胜利桥的建成和德州航运局的成立，德州段的运河、码头更加繁荣。德州是运河山东段的第一站，当年这里曾是樯桅船影，满河船桅，纤夫盈堤。沿岸纤夫启航的号子声动十里。小船划向大船，大船靠向码头，小火轮鸣笛而过，漫河舟如穿梭。桥口街、码头旁到处是商铺、酒肆林立，游客如织，卖炸丸子、素馅包子、德州扒鸡、杂货日用品的游商走贩的吆喝声，此起彼应。光腚戏水的半大孩子手扒船帮，露出半截身子踩水，钻出舱口的船家女人，张望着岸上成衣铺里的花衣裳，停泊的船只炊烟缭绕，丹霞映白帆，残阳与夜泊成为德州运河码头的一大景观。诗人朱德润在诗中曾描绘德州漕运：“日中贸易群物聚，红氍碧碗堆成山。商人嗜利暮不散，酒楼歌管相喧阗。”又有骚人咏德州的航运商贸：“红旗飘处网艘满，绿树丛中野市喧。”反映出德州运河的繁荣状况。
1979年卫运河因水源枯竭断航，航运局因此而解散回想起德州运河的历史，唤起了人们的遐想，多少人会想到乘船而行的盛况。今天，走在荒草丛芜，人迹罕至的老运河堤岸上，望着已成为废河枯河排污河的运河，心里别有一番滋味。
