馬達加斯加全境大概有二十個國家公園，除了昂達西貝、石林等比較有名建立較早的國家公園以外，其他 的國家公園都比較偏遠，一般情況下是要先搭乘國內航班到離其最近的城市，然後再包車或者是報團前往， 路程都要兩三天，而且很多公園內部無酒店，需要露營在野外，條件非常艱苦，也許正是因為遠離人類活動， 這些國家公園才能保存好現有的自然環境，宜於動植物生活。
十、Marojejy
這裡的崇山峻嶺覆蓋著馬達加斯加最茂密的原始森林，高低分佈著5種不同的植被系，物種繁多，而且千百年來因為不便的交通一直得到很好的保護，是“馬達加斯加最豐富的自然寶庫”，並在2007年成功入選UNESCO世界自然遺產。這裡生活著11種狐猴，也是鳥兒的樂園（115種鳥類有不少屬於保護品種），更是爬行動物和兩棲動物的滅堂，共有148種（其中16種是當地獨有），可以說33%的島上的爬行動物和兩棲動物都生活在這片區域。
十一、Masoala
這是馬達加斯加佔地而積最大，生態多樣性最豐富的國家公園，和東部的其它6處保護區一起在2007年入選世界自然遺產，瑞士蘇黎世曾經以Masoala為藍本仿造了一個微縮的自然生態公園供遊人參觀。除了保存良好的原始森林，這片海域也以海洋生物的多樣性而出名，這裡的海底保護區是海洋生物愛好者的嚮往之地。
十二、Midongy Befotaka
因為植被茂盛和受季風影響，這裡是馬達加斯加國家公園中少有的全年氣候涼爽無明顯旱季變化的保護區，因為常年溼潤，這裡具有特別豐富的藥用植物資源。這裡生活著的獨有動植物，包括屬於“史前活化石”的守宮類動物Uroplatusfimbriatus，如葉尾壁虎和枯葉壁虎等。另外，這裡的叢林也是馬達加斯加獴經常出沒的地點。
十三、Montagne D'ambre
這裡有著馬達加斯加北部保存最完好，生態系統最允分的熱帶雨林，也是馬達加斯加遊覽人數最多的保護區之一。AMBRE成為國家公園的歷史可以上溯到法國殖民時代，早在1958年就成為了專門的國家保護區。其中生活著7種狐猴（包括最小的日行狐猴）24種爬行動物包括世界上最小的迷你變色龍。大約77種鳥類以及1000多種各種熱帶雨林植物。
十四、Ranomafana
RANOMAFANA在馬語的意思就是"熱水"，這裡是馬達加斯加地熱資源最豐富的地區之一。在這邊國家公園內，也有著露天溫泉可供遊人享受。此外，該國家公園也在2007年一起入選世界自然遺產，是馬達加斯加兩大熱帶雨林生態之一，因為方便的交通和較為完善的基礎設施，是馬達加斯加生態遊重點推薦的國家公園之一。這裡豐富的動植物資源包括12種狐猴，62種爬行動物，98種兩棲動物，90種蝴蝶和115種鳥類。
十五、Tsimanampesotse
這是馬達加斯加所有國家公園裡而最炎熱乾旱的保護區，年降水量不足300毫米，惡劣的氣候促成的是獨特的生態。奇形怪狀的針刺類植物是這半荒漠的主角，有趣的是，生活在這裡狐猴在巨大的仙人掌之間跳躍卻從不會被刺扎到；近海的區域溼地環境，分佈著大小不一宛如碧玉的鹽湖，是不少候鳥的棲息地，這裡是馬達加斯加最大的火烈鳥聚集地之一，常年都能看到。還有黑白狐猴、棕狐猴、魚鷹等珍稀鳥類。
十六、Zahamena
是屬於典型的熱帶雨林生態，常年溼潤，原始茂密的植被保證了物種的多樣性，該保護區也在2007年整體入選世界自然遺產。這裡代表性的動植物包括13種狐猴，48種爬行動物，62種兩棲動物，109種鳥類和多達700多種植物。
十七、Zambitse Vohibasia
具有典型代表性從西向南過渡的馬達加斯加西部熱帶乾旱叢林生態。這裡生活著8種狐猴（包括兩種當地獨有狐猴），比較知名的為紅尾狐猴。馬達加斯加獨有鳥類品種中有47%生活在該保護區。
