影片從搬家開始，最初映入眼簾的是新家的情境。在陣陣鞭炮聲中，嶄新的大樓下是人們忙忙碌碌、卻歡歡喜喜的搬家場景。小孩子跑著說到“爸爸，我的電腦？慢點”一句話交代了整個的時代大背景，這個是現代化的21世紀。
馮先生頭戴一頂黃色的帽子，裡面一身紅色的衣服，外穿卡其色（偏灰色）的外套，腳上穿的是布鞋，這種布鞋的款式是我爺爺奶奶那輩流行的。
搬家隊的頭兒問怎麼稱呼，他答到“都叫我馮先生”可能他自己都不知道了。
“這是哪兒啊”“走錯了吧”“我怎麼糊塗了，這是哪啊”馮先生對高樓聳立的陌生環境驚恐的表情，畏縮在車裡拘謹的動作，甚至還探出車窗去看這個“新世界”，他與這個新時代格格不入。
“如今就這老北京才在北京迷路呢”，馮先生作為地道的北京人卻因為城市拆遷改造而迷路在這座他長大的城市裡，本地人變成外地人，搬家工人對馮先生這個迷路的老北京人的嘲諷，也包含了現代化進程下傳統文明的失落。
汽車拐進一片瓦礫廢墟前，牆上寫著拆字，低矮破敗的院落和遠處鱗次櫛比的高樓形成了鮮明的對比，馮先生一下精神了許多，特地正了正帽子，說“到這裡我就認識了，順著這兒下去就是”看到這搬家隊員是懵的。
馮先生比劃著說：“這是我們家影背，這是我們家院子，兩進的院子。”並且繪聲繪色地向大家描繪了一個古香古色、帶著濃郁傳統氣息的家的景象。
除了一棵大槐樹別的只有一片黃土，但是馮先生的記憶力對百花深處衚衕對曾經居住的院子甚至家裡物件的擺設都印象深刻。
一場虛擬的搬家表演開始了，紫檀的衣櫥、精緻的魚缸、古董的燈座,工人們小心翼翼地搬抬傢俱,上下臺階,並表現出很吃力的模樣。在這裡，導演通過一個虛擬化、或許是帶些欺騙性質的模擬戲將虛幻和現實融合在一起，在新舊明顯的對照中又創造了一個想象中的美好。此時，囿於經驗的觀眾還只會將這種荒誕歸結為馮先生滑稽可笑的瘋癲上。馮先生找到了他們家屋簷下面鈴鐺裡的那個鐺子，然後逢人就說“下雨的時候叮叮噹噹的可好聽了”
搬家隊開車走的時候，馮先生告訴他們前面有條溝，還是自己後來蓋上的，車輪還真壓到了溝裡，刨土的時候挖出來了馮先生說的鈴鐺，馮先生把鐺子掛上去，鈴鐺果真發出了清脆悅耳的聲音，巡著聲音看過去好像真的百花深處衚衕又出現了。
這時，原本只是因為功利原因而進行表演的工人們也開始迷惑了，馮先生的“瘋”似乎並不完全，而所謂的“虛”也並非完全的虛。真實和虛幻在這一刻合而為一，虛擬的魚缸裡出現了水的聲響,原本作為一個背景實體而存在的光禿禿的老槐樹通過定格焦點的漸漸虛化變幻成一幅古色古香的四合院的立體構圖，進而再幻化成一幅雖然有些粗糙卻不失寧靜和諧的中國水墨畫。而那土坡中曾經掩埋著的破碎鈴鐺的美妙樂聲也在夕陽的廢墟中變得清晰而溫暖。
馮先生也在這落日中朝著自己心中的“百花深處”跑去，故事也就這樣淡然落幕了。《百花深處》也在短短的十分鐘裡表現了虛與實的交錯、歷史與現實的傳承、以及對於過往細膩而繁雜的懷戀。
