烟斗清理的步骤，是必不可少的：保证下次使用时，不至被积聚的残余烟油影响烟草的口感﹔同时，抽完一斗后，自己亲自清理，也是乐趣之一。
每次抽完一斗，都应该清理烟斗。具体步骤是：
先把烟斗搁在一旁，等其完全冷却下来（千万不要在烟斗还发烫，甚至只是微温时，拆开烟嘴！）。可以不急于清除钵中的烟灰及烟草残屑，因为干燥的烟灰可以吸收一下水汽。烟斗凉透后，把烟灰和吸剩的烟草残渣，用三合一工具中的小勺小心挖净，动作要轻，不要伤及内壁和积炭。必要时，还可以动用手指。千万不要把烟斗猛磕在硬物上，这样会损坏饰面，甚至令斗柄开裂！可以用柔软的手掌代劳。
每次把冷却后的烟斗拆开，这样能清理得更仔细、干净﹔榫口的死角，也用蘸过烟斗清洁液的化妆棉片清洁。然后，用一条干净的通条，蘸些清洁液，经烟嘴直达钵底小孔，并旋转通条，令其充分吸收残留的焦油。另外再用一到多条干燥的通条，重復以上步骤，以吸干水分。另外可以把干燥的通条留在烟道内过夜，进一步吸收湿汽。也可以把用过的通条，折成“U”形，清除附在钵壁上的烟灰（有不少人，包括我自己在内，喜欢把那少许烟灰留在钵壁，因为烟灰的化学成份也是碳，长此以往，可能有利于炭饼的积存﹔而干燥花白的烟灰还可不停地吸收斗钵的水分，一举两得）。
要注意的是，清洁液千万不要沾到烟斗饰面及烟嘴上：因其多少含有酒精，会把蜡质溶掉，使表面变得暗哑无光，影响美观﹔高浓度酒精所到之处，甚至会溶掉著色，造成饰面顏色深浅不一。
清理过后，把烟斗放在空气循环较佳的地方，让其自然干燥（休息）。另外，一但把烟斗拆开后，湿润的木质榫眼会发胀，所以不宜马上硬要装回。
随著烟油不断积聚在斗钵内壁，并且氧化，烟斗累计抽过五到十次后，可能会散发出令人不快的酸味道。这时，是时候进行彻底的大扫除了。
把烟斗小心拆开，如上叙述，用蘸过清洁液的通条清理烟道，并用化妆棉片小心擦洗榫口残留的“胶物”（常抽调味烟草 ，“胶物”可能会特别多）及烟斗内钵壁（动作要轻，不要把积炭都洗掉了）。如果变味较严重，我的偏方是：用棉片仔细衬入内钵壁，小心淌些白兰地，这时，浸润了的棉片就会紧紧地附在斗壁，烟油就被酒精慢慢地萃取出来，稍待10到30分鐘，等水分完全挥发后，再把褐黄的棉片抽出。
烟斗既有收藏价值，又有实用价值，是一件高尚的艺术品，也是一件优雅的实用物。
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